黄俏
- 作品数：7 被引量：12H指数：2
- 供职机构：内蒙古师范大学物理与电子信息学院更多>>
- 发文基金：内蒙古自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- mRNA序列中回文密度对蛋白质折叠速率的影响被引量：1
- 2016年
- 建立了一个包括回文结构特征等核苷酸信息的蛋白质折叠数据库,以数据库中每一个蛋白质为研究样本,计算了相应mRNA序列中回文结构的回文密度,分析了回文密度与蛋白质折叠速率之间的相关性.结果证实,对于所有蛋白质,回文密度与蛋白质折叠速率呈负相关;进一步研究发现,对蛋白质折叠进程真正起阻碍作用的是那些被几个回文结构重复使用的碱基,而且对于不同二级结构类蛋白质以及不同折叠类蛋白质,回文密度与蛋白质折叠速率的相关性有很大的差异.
- 李雪李瑞芳张培龙黄俏郭春阳
- 关键词：MRNA序列回文结构
- 大肠杆菌的同义密码子使用偏性对蛋白质折叠速率的影响被引量：1
- 2015年
- 考虑到同义密码子使用偏性的物种差异性,选取大肠杆菌的54条核蛋白为研究对象,将每条核蛋白按二级结构截取出α螺旋片段、β折叠片段和无规卷曲(α-β混合)片段,然后找到每个片段相关的核酸序列信息,计算其同义密码子使用度和相应肽链的折叠速率.在此基础上,分析了同义密码子使用偏性和相应肽链折叠速率之间的相关性,发现对于不同二级结构类的肽链片段,都有部分密码子的使用偏性与其对应的肽链折叠速率显著相关.因此,在蛋白质折叠中,同义密码子的使用偏性起着重要作用.
- 黄俏李瑞芳于志芬
- 关键词：大肠杆菌核蛋白同义密码子
- A型流感病毒同义密码子的使用偏性对RNA二级结构的影响
- 2016年
- 以A型流感病毒为研究样本,分析了同义密码子使用偏性对RNA二级结构的影响,为进一步研究同义密码子存在的意义及A型流感病毒RNA特征提供一些理论依据。收集整理了NCBI中收录的全部A型流感病毒的核酸序列信息,计算了每一条核酸序列的RNA二级结构,计算出RNA环结构含量和茎结构含量及折叠自由能。在此基础上,计算了RNA二级结构的柔性。同时,计算了每一条核酸序列的相对同义密码子使用值。由此,建立了A型流感病毒RNA二级结构数据库。分析每条核酸序列的相对同义密码子使用值与RNA的环结构、茎结构及柔性之间的关系。分析结果表明,50%的氨基酸的相对同义密码子使用值与RNA茎结构含量和环结构含量显著相关;60%的氨基酸的相对同义密码子使用值与单位平均折叠自由能显著相关;50%的氨基酸的相对同义密码子使用值与RNA柔性显著相关。进一步分析发现,与茎结构含量和环结构含量都显著相关的密码子,它们的相对同义密码子使用值与两种结构含量的相关性截然相反,而且发现,在所选的参量中,RNA柔性与相对同义密码子使用值显示出更好的相关性。结果证实,对于A型流感病毒,同义密码子的使用偏性对RNA二级结构存在很大的影响。
- 李瑞芳于志芬黄俏郭春阳李雪
- 关键词：A型流感病毒RNA二级结构
- mRNA的二级结构对蛋白质折叠速率的影响被引量：10
- 2014年
- 建立了一个包含核酸序列信息的蛋白质折叠数据库。以此为基础,对于每一个蛋白质,计算了其相应编码mRNA序列的茎结构含量、环结构含量、折叠自由能及mRNA的柔性等描述mRNA二级结构特征的基本参量。进一步分析了这些mRNA二级结构参量与相应蛋白质折叠速率的关系。结果表明,mRNA茎结构含量与蛋白质折叠速率呈显著负相关性,而环结构含量则与蛋白质折叠速率呈显著正相关性;同时,mRNA的柔性与相应蛋白质折叠速率呈极显著正相关性。进一步的分析表明,当把蛋白质分为不同二级结构类型和折叠类型后,mRNA的柔性对不同类型蛋白质的折叠速率均为重要的影响因素,而mRNA的茎结构含量和环结构含量主要影响二态蛋白质的折叠。结果证实,mRNA的二级结构对蛋白质的折叠有着重要作用。
- 李瑞芳于志芬黄俏
- 关键词：MRNA
- 冠状病毒同义密码子使用对mRNA二级结构的影响
- 2015年
- 从NCBI中获得了45种冠状病毒的mRNA序列总计416条.分别计算了每条编码序列中相对同义密码子使用度(RSCU),然后预测每条mRNA序列的RNA二级结构,计算相应mRNA茎结构含量、环结构含量、单位平均折叠自由能以及mRNA柔性.由此,建立了冠状病毒mRNA二级结构数据库.在此基础上,分析每条mRNA序列同义密码子使用度与mRNA二级结构之间的相关性.分析结果表明,有90%的氨基酸所对应的密码子使用度与mRNA茎结构含量显著相关;有75%的氨基酸所对应的密码子使用度与mRNA环结构含量显著相关;有90%的氨基酸所对应的密码子使用度与单位平均折叠自由能显著相关;有85%的氨基酸所对应的密码子使用度与mRNA柔性显著相关.进一步分析发现,同时与茎结构含量和环结构含量都显著相关的密码子,它们的使用度与两种结构含量的相关性截然相反,在所选的参量中,柔性与同义密码子使用度显示出更好的相关性.结果证实,冠状病毒同义密码子的使用对mRNA二级结构存在很大的影响.
- 黄俏李瑞芳于志芬李雪
- 关键词：冠状病毒MRNA二级结构
- 枯草芽孢杆菌同义密码子使用偏性对蛋白质折叠速率的影响被引量：2
- 2014年
- 目前,有关同义密码子使用偏性对蛋白质折叠的影响研究中,样本蛋白均来源于不同的物种。考虑到同义密码子使用偏性的物种差异性,选取枯草杆菌的核蛋白为研究对象。首先,将每条核蛋白按二级结构截取为α螺旋片段、β折叠片段和无规卷曲(α-β混合)片段,并计算其蛋白质折叠速率。然后,整理每个片段相应的核酸序列信息,计算其同义密码子使用度。在此基础上,分析枯草芽孢杆菌核蛋白的同义密码子使用偏性与蛋白质折叠速率的相关性。发现对于不同二级结构的肽链片段,都有部分密码子的使用偏性与其对应的肽链折叠速率显著相关。进一步分析发现,与肽链片段折叠速率显著相关的密码子绝大部分为枯草杆菌全序列或核蛋白序列的每一组同义密码子中使用度最高的密码子。结果表明,在蛋白质的折叠过程中,枯草芽孢杆菌的同义密码子使用偏性起着重要作用。
- 于志芬李瑞芳黄俏
- 关键词：枯草芽孢杆菌同义密码子
- 同义密码子使用偏性对mRNA二级结构及其相应蛋白质折叠速率的影响
- 生物学家们对同义密码子使用偏性问题的研究一贯都是非常关注的。Grantham以及其他学者在很早就发现了密码子的偏性具有物种差异性的特点,以及发现具有相同偏好的不同表达基因。随着生物科学技术的迅速成长,许多的密码子使用偏性...
- 黄俏
- 关键词：冠状病毒MRNA二级结构大肠杆菌
- 文献传递
