刘海隆
- 作品数：20 被引量：47H指数：3
- 供职机构：海南省农业科学院畜牧兽医研究所更多>>
- 发文基金：海南省自然科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 基于全基因组重测序研究文昌鸡产蛋性能的影响因素被引量：3
- 2024年
- 旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征,深入理解影响产蛋性能的因素,为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康文昌鸡(35周龄,15公,20母)和30只健康江汉鸡(35周龄,10公,20母)的血液组织各3 mL提取DNA,采用全基因组重测序方法建库测序。首先,对于原始测序数据用trimmomatic软件过滤,获得高质量序列比对到鸡的参考基因组,GATK软件提取变异位点SNPs,设置参数质控去除低质量、假阳性变异位点,进一步采用snpEff对过滤的SNPs进行基因结构和功能注释。然后,比较文昌鸡和江汉鸡的群体结构差异,分别设置评估群体差异参数Fst、ROD、Tajima′s D的阈值,筛选受到选择的区域,并对这些区域的基因进行功能富集。结果表明:1)文昌鸡测序获得1.05 Tb clean data,平均每个样本大约29.97 Gb,测序深度大约28×;江汉鸡测序获得1.10 Tb clean data,每个样本大约36.72 Gb,测序深度大约35×;平均比对率>98%。2)两个群体基因结构注释总数均是内含子>基因间区>上下游调控区>编码区;系统进化树和主成分分析显示文昌鸡和江汉鸡亲缘关系较远;文昌鸡的连锁不平衡程度低于江汉鸡。3)与产蛋性能相关基因的功能富集结果主要包括3种必须氨基酸(缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸)代谢途径、钙离子沉积、金属肽酶抗氧化、肾上腺素和催乳素受体活性等功能,而且这些通路的基因都位于受到强烈选择的区域。综上所述,影响文昌鸡产蛋性能的因素主要包括必须氨基酸代谢、矿物质沉积和抗氧化、性腺激素分泌,这3个因素在进化过程中都受到强烈选择,对产蛋性能发挥重要调控作用。从进化分子遗传学角度研究鸡的产蛋机理,不但能够促进理解文昌鸡产蛋性能的进化特征,而且有助于加速高产蛋鸡品种或品系的培育。
- 任钰为陈星林燕宁黄潇仙洪玲玲王峰孙瑞萍张艳刘海隆郑心力晁哲
- 关键词：文昌鸡产蛋性能影响因素
- 五指山猪骨骼肌全基因组甲基化鉴定与分析被引量：1
- 2023年
- 为了研究五指山猪背最长肌与半腱肌的遗传差异,鉴定差异甲基化区域(DMRs)和差异甲基化基因(DMGs),采用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)对五指山猪背最长肌和半腱肌进行DNA甲基化水平检测和DMRs分析,对DMGs进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并与已有的转录组数据进行整合分析,探讨基因组甲基化对基因表达差异的影响。结果显示:五指山猪背最长肌和半腱肌全基因组范围内胞嘧啶甲基化主要发生在CG序列上;在CG序列环境下,启动子和第一外显子区域的甲基化水平低于其他基因区域,该环境下五指山猪背最长肌和半腱肌间存在348613个DMRs和17484个DMGs,DMGs主要富集到61个GO条目和289个KEGG通路;在五指山猪背最长肌和半腱肌mRNA差异表达前10位的基因中,锌指结构家族成员4(ZIC4)、锌指结构家族成员1(ZIC1)、成对同源异型结构域蛋白转录因子1(PITX1)、碱性-螺旋-环-螺旋转录因子1(SIM1)、小清蛋白(PVALB)、SEC14类脂质结合因子5(SEC14L5)、丝氨酸蛋白酶抑制剂B家族成员11(SERPINB11)、肌球蛋白结合蛋白H(MYBPH)这8个基因存在DMRs,5个基因(ZIC4、PITX1、SIM1、SEC14L5、MYBPH)存在启动子区甲基化差异。本研究为阐明五指山猪骨骼肌生长发育机制提供表观遗传学依据。
- 张庆玲任钰为孙瑞萍刘海隆王峰李丹丹晁哲
- 关键词：五指山猪背最长肌半腱肌全基因组甲基化
- 临高猪选育提纯与开发利用研究
- 郑心力孙瑞萍魏立民王峰晁哲刘圈炜刘海隆曹宗喜黄丽丽
- 纯种临高乳猪在海南具有巨大消费市场，是传统出口产品，但因受外来猪冲击，纯种临高猪已处于濒危状态，现存临高猪生产性能也逐渐衰退。项目通过研究，取得以下成果：提纯的临高猪的体型外貌等种质特性符合海南省地方标准“临高猪品种”的...
- 关键词：
- 关键词：乳猪饲养管理疫病防治
- 屯昌猪及其不同杂交组合MC1R基因型鉴定
- 2025年
- 为了鉴定屯昌猪及其不同杂交组合的黑色素皮质受体1(MC1R)基因的遗传变异与毛色表型之间的关联,试验以1月龄体重为4.5 kg的20头屯昌猪(上黑下白)、25头杜屯猪(黑色)、25头川杜屯猪(5头黑色、10头红色、10头白脚黑背)为研究对象,利用PCR扩增和Sanger测序法对屯昌猪及其不同杂交组合MC1R基因型进行鉴定,并与其他毛色猪种的MC1R基因序列进行比较分析。结果表明:以海南野猪、大黑猪和杜洛克猪MC1R基因型作为参考序列时,屯昌猪、杜屯猪、川杜屯猪MC1R基因序列中共鉴定到8个编码区(conding region,CDS)突变,以欧洲野猪MC1R基因型作为参考序列时,发现了一个新的错义突变g.255G>A(V85H),突变率为15%;以杜洛克猪MC1R基因型作为参考序列时,在非翻译区(non-translation region,UTR)鉴定到7个UTR突变,与我国其他地方猪种进行比较时,5′UTR区差异较小,3′UTR区差异较大。屯昌猪、黑色川杜屯猪和白脚黑背川杜屯猪的MC1R基因型为纯合ED1,杜屯猪和红色川杜屯猪的MC1R基因存在ED1和e两种基因;红色川杜屯猪与带有黑色毛的猪在95密码子、102密码子和5′UTR的突变频率表现出较大差异,说明MC1R基因CDS和UTR区是关联的,MC1R基因能影响屯昌猪杂交组合的毛色。
- 唐文丹肖倩刘宏孙瑞萍晁哲刘海隆黄丽丽王峰
- 关键词：杂交组合毛色SNP
- 五指山猪MYH基因家族结构变异对背最长肌肌纤维性状的影响
- 2024年
- 旨在通过探究五指山猪背最长肌MYH基因家族结构变异(SVs)对背最长肌肌纤维性状的影响,为深入理解肌纤维生长规律和分子机制提供基础。研究对象为五指山猪,采用大白猪作为对照组。屠宰前一周将3头五指山猪(4月龄母猪,平均体重14.2 kg)和3头大白猪(4月龄母猪,平均体重58.0 kg)饲养在相同的环境中,饲喂充足的食物和水,所有猪饥饿处理24 h之后屠宰。采集6头猪背最长肌组织,提取完整DNA,PacBio平台建库测序,每个样本测序大约40 Gb,测序数据与参考基因组(Sscrofa 11.1)比对,使用Sniffles和PBSV软件的默认参数检测SVs,过滤条件:50 bp≤SVs≤10 kb;提取每头猪背最长肌总RNA,转录组测序,计算基因表达量;统计五指山猪和大白猪SVs在染色体上分布位置和数目,比较五指山猪相对于大白猪SVs差异,筛选五指山猪特异性SVs,构建五指山猪MYH基因家族系统发育树,预测结构域,分析MYH基因表达量与肌纤维指标相关性。结果表明:1)五指山猪共有7个特异性MYH基因,主要分布在第3、5、6、12、13号染色体,第12号染色体包含3个MYH基因;2)系统进化树显示,五指山猪7个MYH基因分化为2个分支,分别编码非肌肉肌球蛋白和肌肉肌球蛋白,MYH9与MYH11基因、MYH1与MYH4基因同源性最高;7个MYH基因都包含结构域Motor domain,5个MYH基因包含结构域Myosin-N,MYH基因头部结构域(Myosin-N和Motor domain)相对保守,中间和尾部结构域差异较大;其中五指山猪MYH1、MYH4和MYH9基因包含SVs而大白猪没有SVs,皮尔森系数统计表明,MYH基因是否包含SVs可能与基因表达量相关;综合转录组测序和Q-PCR试验,检测这3个MYH基因的表达量与肌纤维指标相关性,MYH1基因表达量与肌纤维密度和数量正相关,MYH4基因表达量与肌纤维密度和数量负相关,MYH9基因表达量与肌纤维密度负相关,与直径正相关。综上所述,五指山猪第12号染色体上特异性MYH基因最多;MYH基因
- 任钰为王峰孙瑞萍张艳刘海隆林燕宁洪玲玲黄潇仙晁哲
- 关键词：五指山猪肌纤维
- 五指山猪和杜洛克猪全基因组选择信号差异分析被引量：5
- 2022年
- 旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据(SRA:PRJNA378496);通过生物信息学方法分析59个样本WGS数据的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),进行SNPs过滤,定位SNPs在基因组的位置,分析其结构特征和基因型频率,并注释对应基因的功能;使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域,分析两个品种相关通路基因的功能差异。结果表明,五指山猪平均每个样本共筛选到36961902个SNPs位点,内含子区域分布最多,平均每个样本16729364个,约占45.26%,编码区(起始、终止密码子)平均有2073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路;免疫反应通路中,9个基因(TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B)功能区域SNPs位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型,而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型(野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型),其中野生纯合基因型比例最高;脂类代谢通路中,关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似。在五指山猪中突变纯合基因型比例为100%,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48%~93%(14/29-27/29)。本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个,发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪,为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考。
- 任钰为王峰王成张艳孙瑞萍刘海隆乔传民邢漫萍黄丽丽曹宗喜晁哲
- 关键词：五指山猪脂类代谢
- 海南黑山羊附红细胞体病诊断及防治被引量：3
- 2020年
- 羊附红细胞体病临床主要特征为贫血、发热和黄疸,是由羊的附红细胞体病原引起的亚急性、非接触性传染性疾病。本文结合海南黑山羊附红细胞体病临床症状、病理变化、诊断措施,总结了黑山羊附红细胞体病的防治体会,希望对黑山羊附红细胞体病诊治提供一定的帮助。
- 林贻录刘海隆
- 关键词：黑山羊附红细胞体病
- 定安黑猪常见少食和不食的原因及预防被引量：1
- 2021年
- 定安黑猪是用本地母猪与杜洛克公猪杂交培育来的商品肉猪。具有早熟、耐粗饲、适应性强、繁殖力强、肉质好等优点。本文分析了定安黑猪育肥过程出现不食和少食的常见原因,并针对不同原因提出了解决方案及预防对策,希望引起养殖户的重视。
- 王驰波刘海隆
- 关键词：育肥猪不食少食
- 中兽医诊治牛呕吐2例
- 2012年
- 呕吐是食物由胃吐出的一种病症，中医认为胃气以降为和，不论何种原因，伤及于胃，使胃气失降，气逆而上，均能发生呕吐。临床上本症以猪多见，牛很少看到呕吐，发病多因春秋季节，天气长期阴冷潮湿，多吃凉性多汁草料而发病。症状是患牛在清晨吐出大量食糜，状如稀粪，故农民称为“吐屎病”。笔者在临床上遇到过不少类似病例，先将其中2例整理如下，供同行借鉴。
- 刘海隆
- 关键词：呕吐中兽医诊治春秋季节发病病症
- 海南定安鹅肠道寄生虫流行病学调查
- 2020年
- 为了解定安鹅肠道寄生虫流行状况,收集定安鹅粪样180份,用自然沉淀法和饱和盐水漂浮法对鹅肠道寄生虫进行流行病学调查,结果表明定安鹅寄生虫感染主要有蛔虫、绦虫、吸虫、线虫、球虫5种。线虫感染率最高,吸虫最低。
- 张太雷刘海隆
- 关键词：寄生虫流行病学
