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排序方式：

一种新的EST聚类方法被引量：14: 2003年; 该研究发展了一种EST(expressedsequencetag)聚类方法 (ESTClustering) ,用于分析大规模EST测序中所产生的大量数据 ,以获得高质量、非重复表达序列。该方法在聚类过程中采用MEGABLAST工具对一致序列进行序列同源比较 ,并用phrap程序对每一EST簇进行拼接检验。这一聚类策略能降低测序错误带来的影响 ,有效识别基因家族成员 ,并避免选择性剪接的干扰。与NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)的UniGeneclustering方法相比 ,ESTClustering的聚类结果可以更好地反映表达序列的多样性。用ESTClustering对 112 2 5 6条拟南芥EST聚类测试 ,产生 2 35 81个EST簇 ,其中 135 97个EST簇有对应拟南芥基因组编码序列 ,与该基因组中有EST作为依据的预测基因数目接近。应用该方法对收集的 14 7191条水稻EST序列进行聚类 ,形成 33896个EST簇。; 张利达袁德军张建伟王石平张启发; 关键词：基因测序

序列同源性分析软件Blast的WEB界面构建及其应用被引量：12: 2001年; 基于局域网 (Intranet)内的PC/Linux服务器 ,构建了序列同源性分析软件Blast的WEB界面 .局域网内的所有计算机均可通过WEB方式访问该服务器进行公共数据库和自建数据库的查询 ,具有保密、高效、免费的优点 ,能够满足实验室和研究院所的大规模。; 张成岗张利达欧阳曙光张启发贺福初; 关键词：LINUX操作系统 WEB界面生物信息学序列同源性分析软件

水稻生物信息数据库及本地化生物信息分析平台的构建: 该实验室采用大规模EST测序策略来研究与农艺性状相关基因的表达差异.为了对这些数据进行有效分析以发现重要基因,我们建立了一个与大规模EST测序相适应的生物信息分析平台.解决实验数据管理和处理的瓶颈,加速数据分析进程,从中...; 张利达; 关键词：生物信息表达序列标签聚类分析; 文献传递

水稻全生育期均一化cDNA文库的构建和鉴定被引量：46: 2002年; 以优良杂交水稻的恢复系明恢63为材料,构建覆盖水稻基因组的cDNA文库,用于功能基因组的研究.选择水稻全生育期过程中的9个时期的不同组织和病原诱导的组织分别构建了15个定向cDNA文库.依据基因组DNA饱和杂交的原理,将从15个独立的cDNA文库中提取的质粒混合,并与固定在磁珠上具有互补性的2份基因组DNA亲和体系饱和杂交,收集杂交组分中的质粒并重新转化大肠杆菌,获得全生育期均一化cDNA文库.该文库平均插入片段1.4 kb,含62000个克隆子.反向Northern杂交显示,该文库收集了众多表达丰度极低的基因以及特异表达的基因.对文库中随机的10750个克隆进行了测序,序列分析比较后获得6399条非重复的EST(expressed sequence tag)序列,非重复序列占59.5％,.目前,用该文库制作的cDNA芯片已被用于功能基因组的研究.; 储昭晖彭开蔓张利达周斌魏君王石平; 关键词：水稻 CDNA文库 DNA芯片全生育期功能基因组

Copia类型反转录转座子在籽粒苋中的表现被引量：6: 2002年; 利用籽粒苋为材料 ,通过PCR扩增、克隆研究了copia类型反转录转座子的反转录酶序列在籽粒苋中的表现 ,结果表明 :(1)反转录转座子在苋属的 30个品系中同时检测到 ,说明反转录转座子在籽粒苋的不同种中普遍存在 ;(2 )对野生苋 (A .quitensis)中克隆、序列分析 2 8个反转录转座子的反转录酶序列 ,碱基分析表明 ,它们存在高度异质性 ,不同的反转录酶序列均存在不同程度的碱基缺失突变和终止密码子的突变 ;(3)对 2 8个序列与已发表的一些不同物种 (如水稻、矮牵牛和果蝇等 )的同一类型序列聚类分析表明 ,存在于野生苋中的反转录转座子与来源于双子叶或单子叶植物的反转录转座子关系密切 ,它们与果蝇的copia因子和; 何予卿孙梅朱英国张利达; 关键词：籽粒苋反转录酶分子进化

猪圆环病毒(PCV)序列分析与进化被引量：22: 2004年; 从 Gen Bank数据库下载了世界各地分离的猪圆环病毒基因组全序列 ,并对其进行多重比对 ,绘制系统进化树 ,发现来自同一国家或地区的 PCV毒株亲缘关系较近。提取 PCV ORF1编码的蛋白质序列 ,进行多序列比较 ,分析保守氨基酸序列 ,搜索结构域相似序列 ,结果发现玉米线条病毒属与 PCV的起源有密切的关系。此外 ,在数据处理过程中通过自编程序结合互联网及免费软件 ,能迅速进行大规模序列比较分析 (35个序列以上 ) ,提高了生物数据分析处理的速度。; 马相如陈焕春肖少波刘正飞曹胜波张利达; 关键词：系统进化生物信息学猪圆环病毒

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张利达