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两例染色体1p36缺失综合征胎儿的产前诊断被引量：7: 2017年; 目的应用单核苷酸多态性微阵列芯片（single nucleotide polymorphism array，SNP array）对两例超声提示多发畸形的胎儿进行检测，并结合文献探讨染色体1p36缺失综合征的产前诊断。方法对两名孕妇进行羊膜腔穿刺。通过培养的羊水细胞对其胎儿进行G显带染色体核型分析，并采用SNP array对胎儿进行全基因组分析，对胎儿的双亲进行外周血染色体G显带分析。结果胎儿1的G显带核型为46，XY，add（1p36）？，胎儿2的核型为46，XX，add（1p36）？。胎儿1SNP array检测结果为arr[19]1p36．33p36．32（752566—3393462）×1，7q35q36．3（144480549—159119486）×3；胎儿2的检测结果为arr[19]1p36．33p36．23（752566—8362754）×1，6p25．3p22．3（204909—20182185）×3。胎儿1母亲的G显带核型为46，XX，t（1；7）（p36；q35），胎儿2母亲的核型为46，XX，t（1；6）（p36；p22），两名父亲的染色体核型均未见异常。结论SNParray具有高分辨和高准确性等优点，适用于lp36缺失综合征的产前诊断，并可为遗传咨询提供更为详细的信息。; 季修庆胡焕然王艳梁栋罗春玉孟露露周静曹荔马定远胡平许争峰; 关键词：产前诊断

孕妇外周血游离DNA检测结果的随访及妊娠结局分析被引量：3: 2020年; 目的通过分析孕妇外周血游离DNA(cf-DNA)检测结果的随访资料及相关的妊娠结局,评估cf-DNA检测在产前筛查中的价值。方法收集2011年8月至2017年12月于南京医科大学附属妇产医院进行cf-DNA检测的孕妇的临床资料,包括孕妇的一般情况、cf-DNA检测结果及随访结果。并分析cf-DNA检测结果为常见染色体三体(包括21三体、18三体、13三体)高风险和低风险孕妇的妊娠结局,评价cf-DNA检测的价值,包括敏感度、特异度及阳性预测值、阴性预测值。结果(1)本研究共纳入了43615例行cf-DNA检测的孕妇,其中44例(0.10%,44/43615)检测失败;检出结果为常见染色体三体高风险314例(0.72%,314/43571),低风险43257例(99.28%,43257/43571)。(2)cf-DNA检测结果为常见染色体三体高风险的314例孕妇中,277例(88.21%,277/314)完成随访,其中228例(82.31%,228/277)孕妇接受了侵入性产前诊断为低风险的43257例孕妇中,36826例(85.13%,36826/43257)完成随访,其中572例(1.55%,572/36826)妊娠结局不良,包括4例为cf-DNA检测结果假阴性。(3)在完成随访的37103例孕妇中,21三体、18三体、13三体的敏感度分别为97.96%、96.67%、100.00%,特异度分别为99.96%、99.95%、99.95%,阳性预测值分别为90.57%、63.04%、17.39%,阴性预测值分别为99.99%、99.98%和100.00%。结论cf-DNA检测在胎儿常见染色体三体的产前筛查中具有极高的敏感度和特异度,但仍有一定数量的cf-DNA检测结果为常见染色体三体高风险的孕妇拒绝行侵入性产前诊断以验证cf-DNA检测结果。常见染色体三体低风险的孕妇,因未行侵入性产前诊断,导致部分孕妇出现不良妊娠结局时,无法获得胎儿的染色体核型信息。; 梁栋林颖李航胡平许争峰; 关键词：游离核酸非整倍性随访研究

通过患者来源iPS细胞建立阵挛性癫痫伴破碎红纤维综合症心肌细胞疾病模型被引量：1: 2018年; 目的对阵挛性癫痫伴破碎红纤维综合症(MERRF)患者来源的诱导多能干细胞(i PSC)进行体外分化,获得携带MERRF疾病相关线粒体突变的心肌细胞,评估其在建立MERRF的心肌细胞疾病模型中的价值。方法采用定向分化的方法体外将患者来源的i PSC及对照H9分化为心肌细胞,免疫荧光染色和RT-PCR对两组心肌细胞进行鉴定,并对心肌细胞的搏动频率进行统计,比较两组心肌细胞的功能。结果患者来源的i PSC及H9均成功分化为心肌细胞;在心肌分化的第10、13、15、16天,MERRF-i CMs平均搏动频率分别为13次/分、24次/分、15次/分、18次/分,H9-i CMs平均搏动频率分别为80次/分、96次/分、120次/分、120次/分,差异均具有统计学意义(P均<0.05)。结论通过患者来源i PSC向心肌细胞的分化及功能评估,获得了携带MERRF疾病相关线粒体突变的心肌细胞模型。; 徐天慧林颖梁栋王霞胡平许争峰; 关键词：线粒体遗传病心肌分化

一种基于线粒体分离纯化技术的新型线粒体DNA深度测序方法被引量：1: 2023年; 目的开发并评估一种基于线粒体分离纯化技术的线粒体DNA(mtDNA)深度测序方法。方法探索从细胞中分离mtDNA的最适条件;基于该方法对外周血单个核细胞(PBMC)样本进行mtDNA深度测序,通过测序片段(reads)中mtDNA reads占比评估测序文库中mtDNA的纯度,通过Sanger测序验证该方法所检出的mtDNA变异的准确性。结果采用含低浓度NP40和不含Tween-20的裂解液裂解细胞获得的mtDNA纯度高,几乎不含细胞核基因组。在6例PBMC样本中应用该方法检测结果显示,mtDNA reads占比为87.8%~92.8%,且检测出多个mtDNA变异。对其中1个异质性变异和3个同质性变异进行Sanger测序验证,二者结果相一致。结论本研究开发的基于线粒体分离纯化技术的mtDNA深度测序方法可应用于PBMC样本,能准确且灵敏地检出线粒体基因组的同质性和异质性变异。; 朱玉青朱琳黄明涛胡平沈彬梁栋许争峰; 关键词：线粒体基因组线粒体DNA 高通量测序

孕妇血浆游离DNA无创产前筛查检测失败及相关妊娠结局: 2023年; 孕妇血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)无创产前筛查(noninvasive prenatal screening,NIPS)是胎儿常见染色体非整倍体最有效的一种产前筛查方法,国内外已广泛开展。值得注意的是,该技术存在无法避免的检测失败,且近几年的一些研究报道发现,这种检测失败可能与胎儿染色体非整倍体和妊娠相关并发症发生存在一定相关性。目前,这方面的报道文献还相对有限,临床意义尚未完全明确。本文将回顾研究报道,探讨无创产前筛查检测失败原因及与胎儿染色体非整倍体、妊娠并发症相关性,探索在检测失败后对孕妇进行临床咨询和妊娠管理指导的理论依据。; 林颖梁栋胡平; 关键词：血浆游离DNA 妊娠并发症染色体非整倍体

一种新型线粒体DNA深度测序方法的准确性评估: 2023年; 目的与基于长片段PCR(lrPCR)的传统mtDNA测序方法比较,评估本课题组前期研究开发的一种新型非PCR依赖的mtDNA深度测序方法的可靠性。方法同时采用新方法和传统方法对10例产前筛查孕妇外周血样本进行平行试验,对比两种方法所得结果,结合人群数据库(MitoMAP和mtDB)信息,评估新方法的准确性。结果 10例样本中共检出380个变异,其中351个变异同时被两种方法检出,29个变异仅被单一方法检出。对29个不一致变异中出现于2个或2个以上样本的8个变异进一步分析发现,2个仅被新方法重复检出的变异在人群数据库中存在记录;而6个仅传统方法重复检出的变异在人群数据库中未见记录。结论与传统基于lrPCR的mtDNA测序方法相比,新方法针对同质性变异及高异质度变异的检测能力相当,而针对低异质度变异检测时具有更高的准确性。; 朱琳林颖朱玉青黄明涛梁栋胡平许争峰张军; 关键词：线粒体DNA 高通量测序

构建阵挛性癫痫伴破碎红纤维综合征患者来源的诱导多能干细胞系被引量：1: 2016年; 目的构建阵挛性癫痫伴破碎红纤维综合征(MERRF)患者来源的诱导多能干细胞(i PSCs)。方法采集MERRF患者外周血并分离PBMC,用含有4个重编程转录因子(OCT4、SOX2、KLF4和c-MYC)的仙台病毒感染PBMC,获得患者来源的i PSCs;用细胞形态学、免疫荧光染色、拟胚体形成分化和RT-PCR对i PSCs的多能性进行鉴定;核型分析验证其安全性;焦磷酸测序检测患者来源的i PSCs中线粒体DNA(mt DNA)第8344位的突变比例。结果患者来源的i PSCs经过多能性验证实验证明其具有多能性;核型分析表明,i PSCs核型正常;建立的6个i PSCs细胞系中,mt DNA 8344位点的突变比例分别为68.24%、60.51%、45.95%、24.06%、62.11%和0。结论通过非整合重编程技术成功构建MERRF患者来源i PSCs细胞系,为进一步研究MERRF疾病提供多能干细胞资源。; 胡焕然徐天慧梁栋罗春玉林颖季修庆胡平许争峰; 关键词：诱导多能干细胞重编程仙台病毒

外显子捕获测序技术用于室间隔缺损胎儿遗传学病因检测被引量：1: 2015年; 目的:探讨外显子捕获-高通量测序技术检测室间隔缺损(VSD)胎儿遗传学病因的可行性。方法:选择超声心动图诊断为VSD且微阵列比较基因组杂交(a CGH)和G显带检测结果均正常的19例胎儿作为研究对象;将已知的63个人类先心病致病基因作为检测靶点制作成捕获芯片,对各个样本DNA进行外显子捕获后高通量测序,数据经过滤、数据库比对、生物学软件分析得到最终病理性突变位点;病理性突变位点用Sanger测序验证。结果:19例VSD胎儿中共检测到1540个基因突变位点,数据库比对、生物信息学分析后得到8个病理性突变位点:JAG1 c.1078T>G(p.C360G),CHD7 c.6718G>T(p.D2240Y),NOTCH2c.6131G>A(p.R2044H),MYH7 c.77C>T(p.A26V),ZFPM2 c.2107A>C(p.M703L),CHD7 c.7198C>T(p.R2400W),HAND2 c.341G>A(p.S114N),MLL2 c.12140_12168del GGCCGTTAGCAATAGGAACTACCCCTGAG(p.G4047Vfs*5),其中MYH7、ZFPM2两个突变点为已报道突变,其余6例未见报道。8个突变位点的Sanger测序结果与高通量测序结果一致。父母溯源分析均为新发突变。结论:外显子捕获芯片用于VSD胎儿遗传学检测可提高阳性检出率,具有较好的临床应用价值。; 刘翠云孙瑞红王艳曹荔张菁菁罗春玉成建梁栋马定远胡平许争峰; 关键词：室间隔缺损高通量测序基因突变 NOTCH2

构建脆性X染色体综合征患者来源的诱导多能干细胞系: 2020年; 目的构建脆性X综合征(FXS)患者来源的诱导多能干细胞(iPSCs)。方法采集2个FXS家系患者外周血并分离外周血单个核细胞(PBMC),用含4个重编程转录因子(OCT4、SOX2、KLF4和c-MYC)的仙台病毒感染PBMC,获得患者来源的iPSCs;采用细胞形态学、免疫荧光染色等技术对iPSCs进行多能性鉴定;核型分析验证其基因组完整性;利用PCR扩增结合微流控毛细管电泳技术检测重编程前后CGG重复数。结果成功对2个脆性X家系患者的PBMC细胞进行了重编程。患者来源的iPSCs经过多能性验证试验证实,其表达多能性标志基因并具有向三胚层分化潜能;核型分析结果证实iPSCs核型正常;2例先证者细胞系重编程前后的CGG重复数差异无统计学意义。结论通过非整合重编程技术成功构建2个FXS患者来源iPSCs细胞系,为进一步研究FXS疾病提供多能干细胞资源。; 包勤敏梁栋乔凤昌王艳马定远张翠平胡平许争峰; 关键词：诱导多能干细胞重编程脆性X综合征仙台病毒

外显子捕获-高通量测序技术用于法洛四联症胎儿遗传学检测被引量：2: 2015年; 目的用外显子捕获-高通量测序(exon-capture high-throughput sequencing,EC-HTS)技术寻找法洛四联症(tetralogy of fallot,TOF)胎儿可能存在的遗传学致病性证据,并探讨其在产前分子遗传学诊断中的价值。方法选择经超声心动图发现且G显带和微阵列比较基因组杂交(array-based comparative genomic hybridization,a CGH)分析结果均正常的9例TOF胎儿作为研究对象,以63个人类已知的先天性心脏病致病基因作为检测靶点制作捕获芯片,用EC-HTS技术进行检测,数据经过Calling、数据库比对、软件分析得到最终病理性突变位点;并用Sanger测序对其进行验证。结果在9例胎儿中共检测到单核苷酸多态性(SNP)位点732个,结果经过生物信息学分析得到致病性突变位点3个:CITED2 c.574_579 del AGCGGC(p.S192_G193del纯合突变,CHD7c.2550_2554 del GAGAA(p.K850Nfs*6)杂合突变,NOTCH2 c.4918T>C(p.F1640L)杂合突变。Sanger测序结果验证了这3个突变位点的真实存在,父母溯源检测发现这3个点突变均为新发突变。结论用靶向性EC-HTS技术发现了3例TOF胎儿存在病理性基因突变,可能为其致病的遗传学病因。; 刘翠云王艳孙瑞红罗春玉张菁菁成建梁栋马定远胡平许争峰; 关键词：高通量测序技术法洛四联症基因突变 NOTCH2

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梁栋

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