杨世鹏
- 作品数：47 被引量：138H指数：8
- 供职机构：青海大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金青海省科技厅基金青海省科技厅应用基础研究项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学轻工技术与工程更多>>
- 菊芋果聚糖合成酶基因克隆与表达分析
- 菊芋(Helianthus tuberosusL.)，属菊科向日葵属，又名洋姜、鬼子姜，是一种多年宿根性草本植物，菊芋高1-3米，有块状的地下茎及纤维状根。菊芋抗逆性好，果聚糖含量高。因此从菊芋中发掘果聚糖合成酶基因以及...
- 杨世鹏
- 关键词：菊芋原核表达果聚糖合成酶基因克隆
- 基于转录组测序菊芋果聚糖代谢生物合成相关基因的挖掘
- 菊芋(Helianthus tuberosus L.)块茎中富含果聚糖,果聚糖作为一类重要的贮藏性碳水化合物,其代谢与植物碳素分配、源库关系调节、抗逆性及人类健康等有密切关系。为探明菊芋中果聚糖的代谢合成途径,利用Ill...
- 钟启文杨世鹏王丽慧田洁李莉孙雪梅
- 关键词：菊芋果聚糖转录组基因分析
- 16份菊芋(Helianthus tuberosus L.)种质资源花粉形态观察和比较分析被引量：1
- 2021年
- 利用扫描电镜对16份不同来源地的菊芋种质资源进行了花粉形态学的观察研究,比较分析来自中国、欧洲、东南亚和北美洲的不同菊芋种质资源之间的花粉形态差异。结果表明,菊芋花粉大部分为球形,极个别为近球形或扁状;表面纹饰呈刺状突起,周围分布其花粉的萌发孔沟。聚类分析将16份资源分成6类,大部分国外资源被聚在一起,总体上各分类组的花粉大小及形态较为相似,根据花粉特性能够将不同来源地的菊芋种质资源进行区分。本研究为菊芋花粉形态的分类、亲缘关系和演化提供科学依据和线索。
- 钟启文钟启文杨世鹏王丽慧孙祝李毅
- 关键词：菊芋种质资源花粉多倍体
- 基于转录组的茎用莴苣抽薹相关差异表达基因分析
- 2024年
- 为探究影响茎用莴苣抽薹的相关关键基因,采用高通量转录组测序的方法,研究茎用莴苣产品器官收获期和抽薹期的差异表达基因。结果表明,茎用莴苣种质资源1号在产品器官收获期和抽薹期的差异表达基因数量为6 754个,茎用莴苣种质资源3号在产品器官收获期和抽薹期的差异表达基因数量为5 444个。基因本体(GO)功能富集分析结果表明,差异表达基因主要富集在结合、催化活性、细胞过程、代谢过程、细胞解剖实体等GO条目中。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析结果表明,茎用莴苣种质资源1号和茎用莴苣种质资源3号分别有133条和129条KEGG代谢通路,其中有128条代谢通路在2份种质资源中均被注释;差异表达基因富集较多的KEGG代谢通路有次生代谢物的生物合成、植物激素信号转导、植物-病原体的相互作用等。转录因子分析结果表明,茎用莴苣产品器官收获期和抽薹期的差异表达基因大多数属于AP2/ERF、bHLH、bZIP、C2H2、MYB、NAC、WRKY等转录因子家族。对茎用莴苣产品器官收获期和抽薹期差异表达基因的研究结果进行综合分析,发现在AP2/ERF、WRKY、bHLH等转录因子家族以及次生代谢物的生物合成、植物激素信号转导等通路中存在较多的差异表达基因,推测这些转录因子家族和代谢通路可能参与茎用莴苣抽薹的调控网络。本研究结果为解析茎用莴苣抽薹相关基因及其分子机制奠定了基础。
- 武一孙雪梅杨世鹏谭龙王丽慧
- 关键词：茎用莴苣抽薹转录组差异表达基因
- 菊芋果聚糖合成酶基因1-SST启动子克隆与活性研究被引量：1
- 2020年
- 【目的】本文分离了菊芋蔗糖:蔗糖-1-果糖基转移酶(1-SST)基因的启动子并验证其功能。【方法】通过Tail-PCR方法克隆到菊芋1-SST基因起始密码子上游约1816 bp的序列(SSTP),并通过PLANTCARE对SSTP序列进行了功能预测。【结果】SSTP序列中共检测到140个顺式作用元件,除启动子所具有的44个TATA-box和31个CAAT-box等基本元件之外,还有65个参与1-SST基因表达调控的顺式作用元件,其中23个顺式作用元件可预测其功能:参与光调控过程的调控元件有13个,参与脱落酸、厌氧过程、低温胁迫的调控元件各2个,参与水杨酸、抗逆反应、分生组织表达和胚乳表达的调控元件各1个。分别用SSTP、1/2SSTP和1/4SSTP的序列替换pCAMBIA1301载体的CaMV 35S启动子后,在烟草叶片中进行瞬时表达并进行GUS染色,结果表明不同长度的SSTP序列均具有驱动GUS基因表达的启动子活性,且与CaMV35S启动子活性相当。【结论】据此推测1-SST基因的启动子核心区域在起始密码子上游400 bp以内。
- 孙雪梅孙雪梅杨世鹏王丽慧杨世鹏张怀刚
- 关键词：菊芋果聚糖启动子克隆顺式作用元件
- 辣椒疫霉菌SSR-PCR反应体系的建立及优化
- 2017年
- 为快速有效地确定辣椒疫霉菌SSR-PCR反应体系,采用正交优化设计方法,对影响辣椒疫霉菌SSR-PCR反应体系的4个主要因素(模板DNA、引物、d NTPs、Taq酶)在4个水平上进行优化。结果表明,不同因素下各水平浓度对SSR-PCR的反应结果均有显著性影响,最佳反应体系(20μL)为:1.0 ng模板DNA,0.8μmol/L引物,0.5μmol/L d NTPs,1.0 U Taq酶。PCR扩增程序为:94℃预变性2 min;94℃变性15 s,58.4℃退火30 s,36个循环,72℃延伸2 min,最佳循环数为36。利用该体系对12份辣椒疫霉菌进行验证,证明该体系稳定可靠,本试验为辣椒疫霉菌遗传多样性分析研究及分子育种奠定了理论基础。
- 陶丽婷杨世鹏王丽慧李屹李莉
- 关键词：辣椒疫霉菌SSR-PCR正交设计
- 一种基于转录组和代谢组筛选大蒜果聚糖逆境响应关键酶基因和代谢物的方法
- 本发明公开一种基于转录组和代谢组筛选大蒜果聚糖逆境响应关键酶基因和代谢物的方法，本发明通过转录组和代谢组联合分析的方法，将转录组测得的果聚糖相关的差异表达基因与代谢组测得的果聚糖相关代谢变化明显的物质进行联合分析，可以构...
- 田洁边海燕钟启文杨世鹏王丽慧
- 文献传递
- 菊芋果聚糖:果聚糖1-果糖基转移酶1-FFT基因的克隆及表达分析被引量：8
- 2016年
- 果聚糖作为一种重要的渗透调节物质,与植物碳素分配和抗逆性的密切相关。为明确果聚糖在植物生长发育过程中的作用,本研究以菊芋为材料,克隆出果聚糖:果聚糖1-果糖基转移酶1-FFT基因,其CDS长2 025 bp,编码641个氨基酸,该蛋白的分子量(Mw)为73.906 k D,蛋白的等电点(p I)为10.01。进化树分析显示菊芋中1-FFT基因与维氏菊的1-FFT基因进化距离最近,具有较高的保守性。荧光定量检测结果显示,1-FFT基因在菊芋的叶、根、花、茎和块茎中均有表达,其中在块茎中表达量最高。本研究为解析果聚糖合成酶的分子调控机理及功能鉴定提供依据。
- 杨世鹏刘宝龙王丽慧赵孟良钟启文李莉孙雪梅
- 关键词：菊芋克隆
- 基于转录组测序菊芋果聚糖代谢生物合成相关基因的挖掘
- 菊芋（Helianthus tuberosus L.）块茎中富含果聚糖,果聚糖作为一类重要的贮藏性碳水化合物,其代谢与植物碳素分配、源库关系调节、抗逆性及人类健康等有密切关系。为探明菊芋中果聚糖的代谢合成途径,利用Ill...
- 钟启文杨世鹏王丽慧田洁李莉孙雪梅
- 关键词：菊芋果聚糖转录组基因分析
- 文献传递
- 基于人参果转录组测序的SSR和SNP特征分析被引量：11
- 2020年
- 【目的】对人参果转录组测序产生的SSR以及SNP进行分析。【方法】提取总RNA,利用MISA(MicroSatellite,鉴定微卫星序列的软件)软件对人参果转录组经过拼接获得的68891条Unigene进行SSR位点发掘,利用Illumina Hiseq 2500测序平台进行转录组测序,通过MISA及GATK对转录本中的SSR和SNP信息进行分析。【结果】在本研究中,利用高通量测序平台对人参果进行测序,获得68891条Unigene。研究发现,有15846个Unigene在人参果转录组中被搜索到是有SSR位点的,这些SSR位点总个数为5282,出现频率为7.18%,约6148 bp就会有1个SSR位点被搜索到,且以单核苷酸、三核苷酸的重复为主,这2种重复分别占总重复类型的58.78%,23.93%。A/T和AG/CT这2种基元的出现频率最高,是人参果SSR的优势基元。最多的重复基元数量集中在6~10次,且长度基本小于15 bp。对68891条序列进行SNP位点搜索后,成功搜索到315132个SNP位点,SNP的分布密度为1/103 bp,即平均约103 bp就会出现1个SNP位点。其中转换类型有192575个,颠换类型有120621个。A/G所占的比率最高,占总量的36.01%,C/T占19.24%,位居其次。比例较高的A/G和C/T均属于转换类型,而剩下的4种颠换类型所占比例均低于15%。转换类型占61.10%,显著大于颠换类型的38.27%。【结论】人参果的SNP变异类型以转换类型为主,转录组SSR位点的分布频率不够高,但种类较多且多态性也十分丰富,能为之后针对人参果展开的一系列研究提供坚实的基础。
- 陈姝欣朱浩东杨梦思陶连德钟启文杨世鹏
- 关键词：人参果SSRSNP转录组
