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高通量自动化SNP检测技术研究进展被引量：19: 2019年; 单核苷酸多态性(SNP)作为第三代分子遗传标记,因其在遗传学、医学等领域的研究重要性而得到广泛的关注,建立高通量自动化的SNP检测技术是十分必要的。该文简要概述了有代表性的传统SNP检测方法:单链构象多态性和限制性片段长度多态性的原理、应用及特点。详尽概述了当今几种有代表性的高通量自动化SNP检测方法:Sanger测序法、焦磷酸测序法、MassARRAY(测序)技术、基因芯片法的原理、应用以及特点,并对未来高通量自动化SNP检测技术做出了展望。; 苏睿林峻陈鲤群蔡伟文; 关键词：单核苷酸多态性高通量自动化

同时检测四种致病弧菌的多重PCR引物组及检测方法和试剂盒: 本发明公开了一种同时检测四种致病弧菌的多重PCR引物组及检测方法和试剂盒，其检测引物组包含检测霍乱弧菌、溶藻弧菌、河流弧菌和鳗弧菌的引物对。本发明建立一种多重PCR检测方法及试剂盒，利用设计得到的所述引物组，对待测样品中...; 陈鲤群黄蓝青林峻蔡伟文赵依依; 文献传递

Bst DNA聚合酶大片段在全基因组扩增中的应用被引量：1: 2016年; Bst DNA聚合酶大片段作为一种常用的DNA聚合酶,因其独特的特点:能引发链置换反应、高保真、耐高温等,而成为一种重要的DNA多重置换扩增酶。目的:为减少成本,设计一种高产,方便且扩增活性高的Bst DNA聚合酶大片段表达体系;探究该酶应用于胃癌石蜡包埋组织基因组DNA的扩增条件。方法:采用p TWIN1质粒作为载体克隆表达Bst DNA聚合酶大片段,应用几丁质亲和层析柱纯化该酶,使用该酶对人类基因组DNA进行不同温度下扩增,探究其最适反应温度,并据此对胃癌石蜡包埋组织基因组DNA进行扩增。结果:由此得到的Bst DNA聚合酶大片段能运用于胃癌石蜡包埋组织基因组DNA的扩增,扩增效率可达200倍,并能应用于a CGH芯片。结论:扩增得到保真性高,覆盖基因组范围大的DNA扩增产物。该应用与a CGH结合,使得对少量的癌症石蜡包埋组织DNA样本进行全基因组扩增,并进行其基因拷贝数变异研究成为可能。; 张心愿邓佳刘馨陈琳林峻蔡伟文; 关键词：BST 多重置换扩增石蜡包埋组织全基因组扩增

G蛋白偶联受体计算研究的进展和前瞻被引量：2: 2016年; G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptor,GPCR)是含有七个跨膜螺旋的一类重要蛋白,是迄今为止发现的最大的多药物靶标受体超蛋白家族。例如,目前上市药物中有超过30%是以GPCR为靶点的。然而,与GPCR重要性形成强烈反差的是科学界对于其结构与功能的了解非常贫乏,主要原因是通过实验手段来获得GPCR的结构与功能信息极其困难。利用生物信息学方法从基因组规模的数据中识别GPCR并预测三维结构是可行途径之一。基于生物信息学的GPCR研究将为新型药物靶标的筛选和药物的开发提供一定的帮助。本文论述了几种较为典型的GPCR计算方法,并基于已有研究提出可能的创新性研究策略来解决GPCR蛋白识别、跨膜区定位、以及结构和功能预测等问题。; 许伟明王晓锋林娟蔡伟文鄢仁祥; 关键词：G蛋白偶联受体蛋白结构预测

蛋白质折叠识别方法综述(英文): 2015年; 蛋白质折叠识别算法是蛋白质三维结构预测的重要方法之一,该方法在生物科学的许多方面得到卓有成效的应用。在过去的十年中,我们见证了一系列基于不同计算方式的蛋白质折叠识别方法。在这些计算方法中,机器学习和序列谱-序列谱比对是两种在蛋白质折叠中应用较为广泛和有效的方法。除了计算方法的进展外,不断增大的蛋白质结构数据库也是蛋白质折叠识别的预测精度不断提高的一个重要因素。在这篇文章中,我们将简要地回顾蛋白质折叠中的先进算法。另外,我们也将讨论一些可能可以应用于改进蛋白质折叠算法的策略。; 鄢仁祥王晓峰许伟明林娟蔡伟文

T4多聚核苷酸激酶的原核表达、纯化及初步应用: 2019年; 原核表达、纯化T4多聚核苷酸激酶,并尝试将纯化的T4 PNK用于短探针序列的连接。本研究以合成的pseT基因为模板,PCR扩增出带有NdeⅠ和Bam HⅠ位点的目的片段,构建pseT-pET-15b原核表达载体,并转入E. coli ER2566中诱导表达。Ni-Agarose亲和层析柱纯化重组蛋白后,再进行Western blot鉴定。用纯化后再浓缩的T4 PNK参与探针连接反应,并设置商品T4 PNK和阴性对照。PCR扩增成功获得大于900 bp的目的基因片段,原核表达载体pseT-pET-15b构建成功,经诱导表达的重组蛋白分子量大小约为35 kD,Western blotting确认蛋白表达正确,浓缩后的蛋白浓度达到826μg/m L。电泳结果显示,重组T4 PNK在探针连接中效果较好。本研究成功表达并纯化了可溶性的T4多聚核苷酸激酶,且具有较好的活性,该蛋白可进一步用于后续大批量探针连接反应或其他相关研究,具有一定实际应用价值。; 左锐林峻蔡伟文; 关键词：原核表达

一种调控基因表达的方法: 本发明提供一种调控基因表达的方法，包括：确定靶基因以及该靶基因的转录因子结合位点；设计一具有与该转录因子结合位点相同序列的寡聚核苷酸探针；将该寡聚核苷酸探针导入含该靶基因的系统中进行基因表达，在该基因表达过程中，该寡聚核...; 陈鲤群刘国娟林峻蔡伟文; 文献传递

STR分型法鉴定人SW-13、293T及AGS细胞系种内及种间污染: 2017年; 目的检测研究所使用的人肾上腺皮质癌细胞SW-13、人胚肾细胞293T及人胃癌细胞AGS 3种细胞系污染情况,并探索短串联重复序列(short tandem repeat,STR)分型方法检测人类细胞系污染的可靠性。方法人类基因组上的微卫星位点携带着大量STR,每个STR核心序列的重复次数随个体不同存在差异,作为一种DNA标记使得细胞系在DNA水平上具有个性化。通过荧光聚合酶链式反应体系扩增STR位点,检测的数据与DSMZ细胞库进行匹配以对细胞系进行鉴别。结果比对得出SW-13基本匹配,其中20个STR基因位点中只有TH01位点的两个等位基因重复数为7和8,与DSMZ细胞库中此等位基因重复数7和7有差异,其余均一致在可接受范围内。细胞系293T、AGS等位基因的重复数与DSMZ细胞库完全匹配。结论 STR分型检测方法被ATCC、DSMZ等权威机构推崇,且此研究采用20位点检测法涵盖ATCC-9位点及中检院-16位点检测法,该法权威可靠。本所3种细胞系遗传稳定,均无种内或种间污染。; 刘国娟蔡伟文林峻陈鲤群; 关键词：STR分型

用于同时检测四种致病弧菌的多重PCR引物组及检测方法和试剂盒: 本发明公开了一种用于同时检测四种致病弧菌的多重PCR引物组及检测方法和试剂盒，其检测引物组包含检测副溶血性弧菌、创伤弧菌、哈氏弧菌和拟态弧菌的引物对。本发明还建立了一种用于同时检测四种致病弧菌的多重PCR检测方法及试剂盒...; 陈鲤群黄蓝青林峻蔡伟文赵依依; 文献传递

不同方法提取肠道微生物宏基因组DNA的比较被引量：2: 2018年; 目的:比较几种不同的肠道微生物宏基因组DNA的提取方法。方法:分别使用两家不同公司的粪便基因组提取试剂盒,以及CTAB-SDS法提取肠道微生物宏基因组DNA,琼脂糖凝胶电泳、超微量核酸蛋白测定仪Nanodrop 2000、16S rDNA PCR以及二代测序等检测。结果:均能够提取出肠道微生物宏基因组DNA,PCR均能扩增出16S rDNA基因。结论:三种方法都能较好满足提取宏基因组DNA、下游分子生物学实验的要求,可根据具体实际进行选择。; 左锐林峻朱琳妍姜文倩蔡伟文; 关键词：小鼠肠道微生物 DNA提取方法

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蔡伟文

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