张晓丽
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：上海交通大学生物医学工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金教育部留学回国人员科研启动基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 雌性生殖干细胞全基因组范围选择性多聚腺苷酸化位点分析
- 2016年
- 目的描绘小鼠雌性生殖干细胞(FGSCs)和胚胎干细胞(ESCs)全基因组范围内选择性多聚腺苷酸化(APA)位点,通过细胞间的比较,分析生殖干细胞特异性的APA位点对其生物学特性的影响。方法利用本实验室之前建立的基于高通量测序的转录本3’末端poly(A)位点捕获方法3T-seq确定并比较两个细胞系中所有APA位点,通过DAVID对具有APA位点差异的基因进行Gene Ontology分析。结果在两种细胞系中共确定16 973个基因的50 243个APA位点,发现FGSCs中相较于ESCs 3’UTR发生长度变化的基因1148个,其中795个(66%)3’UTR变短,353个(34%)基因3’UTR变长,与生殖发育密切相关的基因3’UTR存在显著的缩短现象。结论 FGSCs存在与ESCs不同的APA谱,APA介导的3’UTR变化参与生殖发育相关的生物学过程,揭示了生殖干细胞的基因转录后调控机制。
- 沈挺挺张晓丽张盼康亚妮田静赵小东
- 关键词：小鼠胚胎干细胞
- 少量胃癌细胞SHP1基因启动子区CpG岛甲基化的状态
- 2014年
- 目的检测胃癌细胞中SHP1基因启动子区CpG岛异常甲基化状态。方法使用甲基化分析软件Cpgplot预测SHP1基因转录起始位点-1 000 bp^1 340 bp区域的CpG岛并用MethPrimer软件设计甲基化特异性PCR(MSP)引物;建立一种基于Bisulfite修饰、无需提取DNA而直接检测少量细胞甲基化的新方法,并将其用于胃癌细胞SHP1基因启动子区甲基化状态的检测;克隆MSP产物、Sanger测序、分析测序峰图;比较Bisulfite修饰前后序列并分析CpG位点甲基化状态。结果 MSP引物均位于SHP1基因第一外显子区近转录起始位点;CpG岛长度>200 bp、GC含量>50%、Obs/Exp>0.60;MSP检测仅出现甲基化引物特异性扩增条带,提示该区域高甲基化。结论胃癌细胞中SHP1基因启动子区CpG岛存在高甲基化。
- 康亚妮赖登攀张晓丽陈健赵小东
- 关键词：胃癌甲基化甲基化特异性PCR
