白俊
- 作品数：10 被引量：36H指数：4
- 供职机构：南昌大学基础医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江西省自然科学基金漳州市自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生农业科学更多>>
- 短尾类线粒体基因组研究概要及比较分析被引量：3
- 2016年
- 短尾类隶属节肢动物门、软甲纲和十足目,作为十足目中最高等的一个类群,其多变的形态及复杂的生境导致短尾类下各阶元的分类及其系统演化问题长期存在争议。随着分子生物学及DNA测序技术的不断发展,在全基因组水平进一步探讨其分类及系统发生关系成为可能,尤其是具有结构简单、进化速率快及母系遗传等特征的线粒体基因组研究渐成热点。本综述在整理相关文献基础上简要概述了短尾类线粒体全基因组研究现状,并以Geneious 8.1.6、Editseq等生物信息学软件比较分析Gen Bank数据库已公布36种短尾类线粒体全基因组数据,总结了短尾类不同类群的基因组大小、碱基组成、基因数目与排列、密码子利用等线粒体基因组基本特征。
- 白俊朱春潮聂宗恒邹节新汪雁周宪民
- 关键词：线粒体基因组系统发育
- 不同地理群体的克氏原螯虾形态差异多元分析被引量：11
- 2016年
- 外来入侵物种克氏原螯虾（Procambarus clarkii）,原产于美国南部和墨西哥北部,20世纪二十年代经由日本传入我国南京郊区,因其对环境适应性强的生物学特性,迅速入侵我国长江中下游诸省市的江河湖泊等自然水体。本文采用3种多元分析方法,对中国大陆地区长江水系、珠江水系、淮河水系、东南沿海水系与台湾省桃园县及原产地美国路易斯安那州纳契托什共12个自然水体克氏原螯虾群体的14个形态比例性状进行形态差异性分析。聚类分析结果和主成分散布图显示,台湾桃园县与美国路易斯安那州纳契托什2个克氏原螯虾群体首先聚为一类,再与中国大陆地区群体聚为一类。其中中国大陆地区群体趋于分为两类,长江水系中下游干流群体、长江水系鄱阳湖支流群体与珠江水系群体聚为一类,长江水系上游干流群体、长江水系太湖支流群体、长江水系乌江支流群体、长江水系洞庭湖支流群体、淮河水系群体、东南沿海水系群体聚为一类。主成分分析中,雌性群体前4个主成分贡献率依次为31.518%、23.382%、15.823%、8.767%;累积贡献率79.491%;雄性群体前4个主成分贡献率依次为30.396%、23.407%、16.344%、9.665%,累积贡献率为79.811%。对中国大陆地区、台湾地区和美国路易斯安那州群体的判别分析中,雌性群体判别准确率为75.0%～84.0%,综合判别率为82.1%;雄性群体判别准确率为75.0%～86.8%,综合判别率为86.6%。研究结果表明,不同自然水体中的克氏原螯虾群体存在一定的种内不同群体间外部形态差异,该差异主要集中存在于头胸部和腹部的若干性状指标上,可能是因栖地自然水体的不同生态环境因素所导致。
- 张萌白俊金辉徐武杰邹节新石林波张小燕汪雁洪芬芳聂宗恒朱春潮周宪民
- 关键词：克氏原螯虾
- 设计性实验在人体寄生虫学实验教学中的开设与评价被引量：7
- 2016年
- 依据现行人卫版人体寄生虫学教学大纲和人体寄生虫学实验指导,并基于在人体寄生虫学实验教学中所开设的5项设计性/综合性实验内容,以2013级和2014级临床、预防、影像、口腔等专业1 200名本科生为研究对象,通过无记名问卷调查方法对教学效果进行综合评价。统计结果表明,92.1%的学生认为目前所开设的设计性/综合性实验较好;85.3%的学生对实验教学的内容与形式总体表示满意;96.1%的学生认为有必要坚持开设下去;85.1%的学生认为分类鉴定是其最大难点。对于参与实验教学的教师而言,也是一个自我提高和教学相长的积极过程。
- 洪芬芳邹节新张小燕朱春潮石林波汪雁南高典李洪张萌白俊周宪民
- 关键词：人体寄生虫学设计性实验实验教学
- 鄱阳湖流域华溪蟹属DNA条形码被引量：5
- 2015年
- 探讨DNA条形码分子标记作为华溪蟹属(Sinopotamon)淡水蟹类辅助分类工具的可行性。选取分布于鄱阳湖流域的6种华溪蟹属淡水蟹类78个样本,采用线粒体COI和16SrRNA基因片段以及ITS2核基因片段,作为分子标记,结合GenBank数据库中同属序列片段,经DNA提取、引物筛选、PCR扩增、产物纯化测序及测序数据处理和分析,在计算得到的遗传距离和所构建系统发生树进行华溪蟹DNA条形码标准基因的选择。在本实验涉及的淡水蟹类个体及类群的识别上,16SrRNA和ITS2基因片段不适宜作为DNA条形码标准基因,而COI基因片段结合GenBank部分华溪蟹属序列数据分析,可区分本次研究所涉及的75%的物种。以线粒体COI基因片段为DNA条形码标准序列,可作为华溪蟹属淡水蟹类物种鉴定的辅助分类工具。
- 徐武杰邹节新白俊朱春潮朱春潮张小燕张萌汪雁周宪民
- 关键词：鄱阳湖流域华溪蟹属DNA条形码COI
- 秦岭山脉华溪蟹属(Sinopotamon)淡水蟹DNA条形码被引量：2
- 2016年
- 选取秦岭山脉地区华溪蟹属(Sinopotamon)淡水蟹进行DNA条形码研究,探讨DNA条形码在华溪蟹分类中的适用性。经与模式标本比对,采集样本为光泽华溪蟹指名亚种(Sinopotamon davidi davidi)、尖叶华溪蟹(S.acutum)、长安华溪蟹(S.changanense)和陕西华溪蟹(S.shensiense);选择线粒体COI基因片段及核ITS2序列片段作为DNA条形码,经DNA提取、PCR扩增、产物纯化测序及测序数据分析,发现ITS2序列获取效率过低,不适宜作为DNA条形码;将实验获得62条COI序列与GenBank中的55条华溪蟹COI序列共同组成数据集,构建的NJ、ML树可明确鉴别光泽华溪蟹指名亚种(S.davidi davidi)、兰氏华溪蟹(S.lansi)、长江华溪蟹指名亚种(S.yangtsekiense yangtsekiense)、凹肢华溪蟹(S.depressum)及福建华溪蟹(S.fukienense),但尖叶华溪蟹(S.acutum)与长安华溪蟹(S.changanense)、陕西华溪蟹(S.shensiense)与长江华溪蟹桐柏亚种(S.yangtsekiense tongbaiense)及陕县亚种(S.yangtsekiense shanxianense)均因遗传距离过小而无法鉴别;NJ树显示长安华溪蟹(S.changanense)、尖叶华溪蟹(S.acutum)基本依据在秦岭两侧分布而分为两支,提示山脉对于华溪蟹分布起一定阻隔作用。
- 白俊聂宗恒朱春潮邹节新汪雁周宪民
- 关键词：华溪蟹属DNA条形码COI
- 福建西南地区华溪蟹属种群DNA条形码分析被引量：1
- 2021年
- 目的采用DNA条形码分析福建西南地区华溪蟹属物种及其地域种群的特征,并验证分子鉴定对形态学分类的有效性。方法在福建西南部龙海市程溪等10地采集华溪蟹标本,进行形态学分类鉴定。选择线粒体细胞色素氧化酶1(CO1)基因片段作为DNA条形码,经PCR扩增、测序后获取目的序列数据,结合GenBank数据库中相关序列数据,构建系统发生树。结果获得的华溪蟹属下平和华溪蟹、将乐华溪蟹、漳州华溪蟹和福建华溪蟹4个种的标本,其形态学雄性第一腹肢形态特征可分为3种类型:(1)末部扁凹扭转型,漳州华溪蟹雄性的第一腹肢形态特征最为独特,其末节前半部扁而宽大,呈掌心样内凹,并明显向外方扭转,以及末端分叶等特征非常显眼而区别于已知华溪蟹种类;(2)末节收缩末缘具缺刻型,平和华溪蟹与其地域种之间共同特征是雄性第一腹肢末节收缩,末端具缺刻样分叶,两地蟹的末节收缩和末端裂隙程度,以及末部指向存在差异;(3)末部趋窄小且弯向腹外型,将乐华溪蟹、将乐华溪蟹地域种群和福建华溪蟹雄性第一腹肢十分相近,或易混淆,它们的末节形状、末部指向和弯曲程度等仅有细微差异。CO1基因测序获得的11条序列与GenBank获取的3条序列共同组成有效分子数据集,经比对及选择保守区,最终获得582个碱基位点,其中保守位点462个,可变位点120个,简约信息位点64个,自裔位点56个,碱基组成为:T(37.4%)、C(18.6%)、A(28.3%)、G(15.6%)、A+T(65.7%),具有后生动物普遍的AT偏向性。系统发生树显示,在平和华溪蟹分支中,采集于龙岩市武平县的标本与采集于漳州市(平和县、南靖县)分为两支,且两支间的遗传距离为0.025~0.029。除平和华溪蟹外,漳州华溪蟹、福建华溪蟹和将乐华溪蟹共同组成一分支。产于福建西南部永安市的福建华溪蟹与产于福建北部政和县福建华溪蟹,显示出极小的遗传差�
- 蔡茂荣白俊程由注罗鋆许姝歆林国华黄明松陈锦钟邹节新
- 关键词：华溪蟹属DNA条形码
- 复殖亚纲线粒体基因组特征分析及其应用进展被引量：2
- 2018年
- 日本血吸虫（Schistosoma japonicum）等具有重要流行病学意义的寄生虫,在分类学上均隶属于吸虫纲（Trematoda）的复殖亚纲（Digenea）。目前,对复殖亚纲成虫及虫卵形态、生活史及其防治的研究已较为深入,分子生物学手段也已逐渐应用于人体寄生虫学研究领域,但在基因组学角度对该类群遗传特征的系统性研究尚不多见。自首条人类线粒体基因组公布以来,线粒体基因组凭借其母系遗传、缺乏重组、进化速率快等特点,逐渐成为遗传学及动物进化生物学等领域的研究热点。当前,Gen Bank已公布复殖亚纲36个物种的线粒体全基因组数据。本综述在总结各类群研究进展的基础上,对已有线粒体基因组的碱基偏好、基因组成及排列、密码子利用、t RNA二级结构及非编码区等方面进行了比较分析。综合当前研究进展发现,基因排列等特征与系统发生的关联性研究较为匮乏,线粒体全基因组数据严重不足,数据积累及深度挖掘仍是当前的重要基础性工作。
- 聂宗恒白俊许姝歆汪雁朱春潮王洪举卓玛央金刘彩马兵成石林波张小燕洪芬芳王一帆闵卫平邹节新周宪民
- 关键词：复殖亚纲线粒体基因组系统发育基因重排
- 秦岭山脉华溪蟹属淡水蟹类的DNA条形码研究及淡水蟹线粒体基因组的初步分析
- 目的： 1.尝试运用DNA条形码鉴别秦岭山脉华溪蟹属（Sinopotamon）淡水蟹类，以探讨DNA条形码在华溪蟹属淡水蟹中的适用性，同时初步揭示大型山脉在淡水蟹类群分布中具有阻隔作用抑或充当走廊。 2.获取我国特有...
- 白俊
- 关键词：淡水蟹DNA条形码线粒体基因进化过程
- 从物种识别到生物多样性评估——DNA条形码与DNA metabarcoding技术被引量：6
- 2016年
- 在生命科学研究中,物种识别和生物多样性评估是重要的基础环节。从基于形态学特征分类的经典分类学,到近来被分子分类学家广泛接受的DNA条形码,以及在高通量测序技术基础上衍生出的DNA metabarcoding研究方法,人类正以前所未有的速度与深度重新认识生命世界。DNA metabarcoding可快速、简便、有效地从多物种混合DNA样本中还原其中的生物类群及其居群结构,实现从物种的有效识别到生物多样性的评估。概述了DNA条形码与DNA metabarcoding的概念、技术方法、应用及最新进展。
- 王荣亮段润平包丹白俊周宪民汪雁
- 关键词：DNA条形码生物多样性
- 吸虫类线粒体基因组的特征及系统发生分析被引量：1
- 2019年
- 本研究分析了吸虫纲下单殖亚纲的13个物种和复殖亚纲的37个物种,共50个物种的线粒体全基因组序列,旨在揭示吸虫类线粒体基因组的主要基本特征,探究吸虫纲物种的系统发生关系。吸虫类的线粒体基因组具有明显的A+T含量偏向性。吸虫类的12个蛋白质编码基因和两个核糖体RNA基因的变异程度很大,其变异比例在48.8%到92.0%之间。根据线粒体基因组的12个蛋白质编码基因和两个核糖体RNA基因的差异位点分析,建议采用ND5、CYTB和ND4基因作为16S、12S和COⅠ基因的辅助分子标记。吸虫类各物种的线粒体基因组出现了大量的基因重排现象,除鸮形目裂体科和多后盘目外,其余物种均遵循类似的基因排列顺序。线粒体基因组的系统发育结果强烈支持将单殖亚纲提升到单殖纲,并支持将目前分类地位未定的腹盘科野牛平腹吸虫归入斜睾目同盘总科。本研究将为吸虫类线粒体基因组的研究、分子进化和分子诊断等方面提供诸多信息,并在今后的实践应用中起到一定的指导作用。
- 许姝歆聂宗恒白俊王一帆朱春潮卓玛央金王洪举刘彩马兵成石林波张小燕洪芬芳闵卫平汪雁汪雁邹节新
- 关键词：吸虫线粒体基因组系统发育
