赵芹
- 作品数：64 被引量：133H指数：7
- 供职机构：江苏省农业科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 节瓜抗感镰刀菌酸突变体LINE逆转座子RT序列特征分析被引量：3
- 2016年
- 根据LINE逆转座子逆转录酶(RT)保守序列设计简并引物,PCR扩增节瓜g DNA,获得580 bp左右目的片段;PCR产物克隆测序后经相关生物信息学软件分析,获得41条来自感枯萎病材料及其抗性突变体的RT序列。感、抗材料的序列长度变化范围分别为548~590 bp与573~590 bp,存在明显缺失突变,核苷酸序列相似性分别为73.6%~98.9%与46.1%~99.3%;核苷酸序列聚类分析分为5个家族,家族I包含29个序列,为节瓜LINE逆转座子主要家族成员。对推导氨基酸序列分析发现,感、抗材料分别包含25个与4个保守氨基酸,抗性突变体半保守氨基酸数目略少,氨基酸序列相似性分别为53.5%~100%与10.3%~100%;与抗性突变体相比,感病材料终止密码子突变发生率较高(23条,100%),移码突变生率略低(11条,47.82%);仅发现1条抗性突变体序列具转录活性。两种材料均存在较高缺失突变、终止密码子突变与移码突变发生率,表现高度异质性。将节瓜RT序列与已知物种相应序列构建系统发育进化树,表明节瓜LINE逆转座子RT序列较保守,与拟南芥、葡萄、李等亲缘关系较近。
- 赵芹谢大森何晓明江彪罗少波彭庆务陈俊秋
- 关键词：节瓜逆转录酶
- 冬瓜组培再生体系的初步建立被引量：3
- 2012年
- 以冬瓜子叶节为试材．探讨培养条件、不同基因型及诱导、伸长和生根培养基不同激素类型与配比情况．初步建立了冬瓜组培再生体系。结果表明：种子剥皮消毒后．在纸桥培养基暗培养发芽率较高，且节约成本：以暗培养5d、见光培养1d刚转为淡绿色的闭合子叶，其不定芽诱导率最高，约75％；以13个不同基因型冬瓜子叶节为外植体．接种至不同激素浓度组合的培养基上，筛选出分化率较高的品种B214，其不定芽再生率可达到79-2％．诱导分化培养基为MS＋4．0mg／L6一BA＋0．4mg／LNAA，伸长培养基为MS＋I．0mg／L6-BA＋0．5mg／LNAA．生根培养基为1／2MS＋0．5mg／LIAA；当冬瓜组培植株高4-5cm时，炼苗移栽，其移栽成活率在60％以上。
- 赵芹谢大森何晓明罗少波
- 关键词：冬瓜子叶节
- 基于NBS-LRR类R基因保守结构域克隆瓠瓜抗病基因同源序列被引量：7
- 2015年
- 【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列（Resistance gene analogs,RGAs）,为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复（Nucleotide binding site and leucine rich repeat,NBS-LRR）类抗病基因保守区设计简并引物,从“大籽瓠”抗性材料基因组DNA中分离抗病基因同源序列,并利用生物信息学软件进行长度变异、保守结构域、同源比对与系统进化分析.【结果和结论】基于同源克隆策略,获得23条瓠瓜NBS抗病同源序列,命名为HNB1～HNB23,GenBank登录号为KJ908192～KJ908214.序列分析及同源比对结果表明,这些RGAs长度变异在242～261nt之间,18条序列具有连续开放阅读框（Open reading frame,ORF）,推导氨基酸序列具有P-loop、Kinase-2a典型NBS类R基因保守结构域;核苷酸序列相似性为41.5% ～98.8%,氨基酸序列相似性为21.5% ～100.0%;利用NCBIBlast同源搜索发现,与其他植物尤其是冬瓜、黄瓜、葫芦及丝瓜的已知R基因具有40% ～100%相似性;氨基酸序列聚类分析将其分为5个组;同源进化分析表明,23条瓠瓜RGAs均为non-TIR-NBS-LRR类R基因,与推导氨基酸序列多重比较结果一致.
- 赵芹谢大森何晓明罗少波彭庆务
- 关键词：瓠瓜抗病基因同源序列
- 节瓜多基因型种群的优势性状分析被引量：2
- 2010年
- 作物多基因型种群育种理念由广东省农科院水稻所研究员李晓方博士提出,近年来在水稻、棉花等作物上已有应用研究。为了探讨多基因型种群在节瓜上是否存在优势性状,2006年组成节瓜多基因型种群A,并开展与单基因型品种粤农的初步比较试验,结果表明多基因型种群A的坐果率超过单基因型品种粤农。2007年进行了多基因型种群Ⅰ、多基因型种群Ⅱ与其单基因型组分的逐个比较试验,结果显示多基因型种群的疫病抗病性、存活率、生长势、产量均超过了各单基因型组分,特别是疫病抗病性的差异达显著水平。两年研究表明多基因型背景下的自交系种群存在优势性状,这也是下一阶段开展节瓜多基因型品种选育的基础。
- 彭庆务何晓明谢大森赵芹李晓方
- 关键词：节瓜
- 水稻瘤矮病毒S7编码运动蛋白的鉴定
- 本研究将S7及其翻译提前终止突变体(△S7)构建至植物表达载体上，与运动缺陷型载体PVX-GUS-BSP共轰击本生烟叶片，组织化学染色显微观察，发现只有PVX-GUS-BSP+△S7组合存在肉眼可见的蓝色斑点，100倍物...
- 赵芹邓永枢李华平
- 关键词：水稻瘤矮病毒分子鉴定
- 水稻瘤矮病毒S11-S12组分基因沉默抑制子的鉴定和功能分析
- 水稻瘤矮病毒(Rice gall dwarf virus,RGDV)为植物呼肠孤病毒属(Phytoreovirus)成员,此病毒最早于1979年在泰国发现,连续多年在广东、福建等地发生,使水稻分蘖数和抽穗率显著减少,给水...
- 沈文锦赵芹万婕邓永枢阮小蕾李华平
- 文献传递
- 番木瓜环斑病毒外壳蛋白基因原核表达蛋白的抗血清制备及其检测应用被引量：5
- 2012年
- 以受番木瓜环斑病毒(Papaya ring spot virus,PRSV)侵染的番木瓜(Carica papaya)叶片为供试材料,采用RT-PCR方法克隆其外壳蛋白基因cp,并将其连接到原核表达载体pET-28b(+)上,酶切鉴定及克隆测序确定开放阅读框的正确性,将获得的重组质粒转化大肠杆菌表达宿主菌。通过摸索转化的表达宿主菌种类、IPTG浓度及诱导时间,获得高效表达PRSVcp的条件。SDS-PAGE分析结果表明,CP融合蛋白分子量为36.8kD。以Ni2+-NTA亲和层析柱纯化的融合蛋白为抗原,免疫注射新西兰大白兔制备得到高效价抗体,间接ELISA测定效价为1︰16384。Western blot检测结果表明,制备的抗血清可与诱导表达的融合蛋白发生特异性反应。通过ID-ELISA检测田间样品证实了制备的抗血清与PRSV侵染病叶发生了良好的特异性反应。本试验为PRSV的快速检测以及PRSV编码蛋白的功能研究奠定了基础。
- 赵芹李华平谢大森何晓明张曙光罗少波
- 关键词：番木瓜番木瓜环斑病毒原核表达抗血清制备
- 水稻瘤矮病毒S9基因的生物信息学分析及原核表达蛋白的抗血清制备被引量：3
- 2010年
- 以广东德庆市水稻瘤矮病的典型病株为材料,RT-PCR扩增并克隆了水稻瘤矮病毒(Rice gall dwarf virus,RGDV)的第9组分全长核苷酸序列。生物信息学分析表明,其基因结构特征与已报道的其他分离物基本一致。Pns9蛋白为细胞膜外蛋白,在植物呼肠孤病毒属内没有发现同源蛋白,与霍乱弧菌(Vibrio cholerae)的入口蛋白(portal protein)及姜氏军团菌(Legionella drancourtii LLAP12)的假设蛋白(hypothetical protein LDG_3259)分别有33%和24%的氨基酸序列相似性,功能尚待确定。将S9基因克隆至原核表达载体pET-28b(+)得到高效表达,融合蛋白经亲和层析纯化后,免疫新西兰大白兔制备抗血清。Western blot和ELISA分析表明制备的兔抗为特异抗血清,效价为1∶13 1072。
- 赵芹邓永枢阮小蕾李华平
- 关键词：水稻瘤矮病毒S9原核表达抗血清制备
- 节瓜与枯萎病菌互作中抑制消减文库的构建及初步分析
- 枯萎病是危害节瓜(Benincasa hispida Cogn.var.chieh-qua How)生产的主要病害之一。本研究中以感病节瓜种质A06及其抗性突变体LT3为材料,通过抑制差减杂交技术构建了枯萎病菌诱导的cD...
- 赵芹谢大森罗少波彭庆务周念郭巨先
- 关键词：节瓜枯萎病菌抗病相关基因
- 瓠瓜LINE逆转座子RT序列的克隆与特征分析被引量：1
- 2015年
- 以瓠瓜[Lagenaria siceraria（Molina）Standl．]品种‘大籽葫芦’（‘Dazihulu’）和‘杂交瓠瓜’（‘Hybridbottlegourd’）为供试材料，对其基因组总DNA中的LINE逆转座子RT序列进行扩增，并对30个克隆产物的核苷酸序列及其编码的氨基酸序列进行比对、同源性分析和系统进化分析。结果表明：瓠瓜品种‘大籽葫芦’与‘杂交瓠瓜’的基因组总DNA均包含长度约580bp的RT序列片段。从2个瓠瓜品种中获得的30条LINE逆转座子RT核苷酸序列（编号为LsRT1至LsRT30）长度为564～599bp，碱基A、T、G和C的数量分别为143—193、157～205、104～139和83～134，AT／GC比为1．29～1．76，表现出高度异质性。缺失突变和终止密码子突变是造成瓠瓜LINE逆转座子RT核苷酸序列长度差异的主要因素。30条瓠瓜LINE逆转座子RT核苷酸序列的相似性为47．1％～99．5％，其编码的氨基酸序列相似性为26．7％～100．0％。根据核苷酸替代值，30条瓠瓜LINE逆转座子RT核苷酸序列可分为4个家族（family），分别包含14、8、1和7条序列。氨基酸序列分析结果显示：瓠瓜LINE逆转座子RT氨基酸序列包含20个保守氨基酸残基和多个半保守氨基酸残基；有14条氨基酸序列具有终止密码子突变。Family1、Family2和Family4是可能具有转座活性的逆转座子家族，分别包含8、3和5条无终止密码子的RT氨基酸序列。根据瓠瓜与其他15种植物的LINE逆转座子RT氨基酸序列构建的系统进化树，瓠瓜与葡萄（Vitis vinifera Linn．）和黄瓜（Cucumis sativus Linn．）等种类的LINE逆转座子RT氨基酸序列有较高同源性。研究结果表明：瓠瓜LINE逆转座子是一类较古老元件，LINE逆转座子可在瓠瓜与其他种类的基因组间横向传递。
- 赵芹谢大森何晓明罗少波彭庆务陈俊秋
- 关键词：瓠瓜系统进化
