梁文娟
- 作品数：16 被引量：33H指数：5
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- 大肠埃希菌CRISPRs间隔序列的来源研究
- 2019年
- 目的研究大肠埃希菌全基因组中规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)的间隔序列分布及来源规律。方法通过BLAST、CRISPRs finder、ClustalX和CRISPRTarget分析CRISPR/Cas、间隔序列及其来源。结果 203株大肠埃希菌中74.4%含有I-E CRISPR/Cas,9.4%含有I-F CRISPR/Cas,17.2%存在CRISPR3-4;CRISPR1,CRISPR2,CRISPR3和CRISPR4的间隔序列数目范围分别为1-25、1-27、4-7和2-22;其独特间隔序列数目分别为339、346、57和66。CRISPRTarget分析I-E和I-F CRISPR/Cas的间隔序列分别匹配816条质粒和293条噬菌体,2 428条质粒和139条噬菌体,差异有统计学意义(χ~2=319.30,P<0.01)。结论大肠埃希菌中CRISPR/Cas分布广泛,I-E和I-F CRISPR/Cas可能发挥不同的免疫功能。
- 梁文娟梁文娟段广才段广才徐亚珂郗园林杨海燕陈帅印
- 关键词：噬菌体质粒大肠埃希菌
- O26：H11及NM大肠埃希菌CRISPR的分子分布特征及其与stx噬菌体的关系被引量：4
- 2017年
- 目的探讨026：H11及NM血清型大肠埃希菌中成簇规律间隔短回文重复序列（CRISPR）的分子分布特征及其与stx噬菌体的关系。方法135株026：H11及NM血清型大肠埃希菌从NCBI数据库获取，利用CRT软件及CRISPRFinder提取CRISPR信息，并用Excel软件对间隔序列进行编号及分析CRISPR亚型，并分析CRISPR与stx噬菌体之间的关系。结果135株026：H11及NM血清型大肠埃希菌中均存在CRISPR结构，CRISPRl包括19个亚型，CRISPR2．1包括22个亚型，CRISPR2．2包括1个亚型，CRISPR3—4包括1个亚型。stx噬菌体在CRISPR群组C中出现，stx^＋菌株比stx^＋菌株拥有更多的间隔序列。结论CRISPR位点在026：H11或NM血清型大肠埃希菌中广泛存在，且存在着不同的亚型，stx噬菌体与CRISPR的分子分布特征有关，可能作为鉴定高毒菌株的分子靶标。
- 龙金照徐亚珂段广才梁文娟刘慧莹陈帅印郗园林王鹏飞王颖芳
- 关键词：大肠埃希菌
- 一种基于CRISPR的大肠杆菌O157:H7菌株检测试剂盒及检测方法
- 本发明公开了一种基于CRISPR的大肠杆菌O157:H7菌株检测试剂盒及检测方法，属于分子生物学技术领域。该检测试剂盒包含针对大肠杆菌O157:H7菌株的CRISPR1位点基因序列或其同源性达95％以上的同源序列设计的引...
- 段广才梁文娟张荣光杨海燕张卫东郗园林范清堂
- 文献传递
- 基于特异序列的沙门菌检测引物、试剂盒及检测方法
- 本发明公开了一种基于特异序列的沙门菌检测引物、试剂盒及检测方法，属于分子生物学技术领域。该引物针对沙门菌的一段特异序列或其同源性达99％以上的同源序列设计合成，具体如序列表中SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2...
- 段广才梁文娟陈帅印张荣光杨海燕张卫东范清堂郗园林
- 文献传递
- 基于CRISPRs的大肠埃希菌分型方法及其与耐药和毒力关系
- 致病大肠埃希菌引起人类或动物腹泻、出血性肠炎、溶血性尿毒综合症、血小板减少性紫癜、脑膜炎和败血症等疾病，甚至导致死亡，给公众健康带来严重危害。可移动元件的水平转移在高毒力、强耐药和新型大肠埃希菌形成过程中发挥重要作用。C...
- 梁文娟
- 关键词：大肠埃希菌分子分型血清型毒力作用耐药基因
- 临床分离的志贺菌对Hela细胞的致病性分析
- 目的 研究志贺菌中CRISPR位点的分布对细菌毒力的影响.方法 选用23株志贺菌进行PCR扩增和测序等方法检测细菌中CRISPR1位点的分布,并通过台盼蓝染色实验观察菌株对Hela细胞的侵袭能力.
- 洪丽娟张冰段广才梁文娟王鹏飞
- CRISPR/Cas系统间隔序列同源质粒耐药信息与志贺菌耐药的关系被引量：9
- 2016年
- 目的比较志贺菌耐药信息与其spacer同源质粒或噬菌体耐药信息的关系。方法应用CRISPR Target和BLAST寻找spacer同源质粒和噬菌体,根据登记号在NCBI或GenBank中寻找目标质粒或噬菌体上的耐药信息;应用Bioedit软件寻找GenBank中志贺菌的的耐药信息。结果数据库及临床分离株志贺菌共52条spacer中有7个spacer与4个携带耐药基因的质粒同源;间隔序列CRISPR2-mel-3同源质粒pUMNF18_IncFV及携带该间隔序列的志贺菌mel-ss1998011/zz、mel-ss1998024/zz、mel-sf2005082/sx、mel-sf2013004/bj均含有相同耐药基因blaTEM、aadA2和dfrA12,间隔序列CRISPR-Q1-S1、CRISPR-Q4-S1同源的质粒pM5A24P及该间隔序列所在志贺菌sd1012均携带耐药基因ampC和tetB;间隔序列CRISPR3-mel-33同源质粒plasmid:5与该间隔序列所在志贺菌mel-sf2000102/zz均携带相同耐药基因ampH、mrdA,且二者均携带毒力相关基因yafO、yafN、virK、ldrB、ychO。该质粒上还存在I-F型CRISPR/Cas系统。结论志贺菌spacer同源质粒与该菌耐药信息分布存在相似性;CRISPR可能对志贺菌的耐药和毒力实现共调控。因此推测在最初前间隔序列整合到CRISPR基因座形成一个新的间隔序列的过程中,志贺菌可能将携带前间隔序列外源遗传物质的其他基因片段如耐药基因和毒力基因也整合到志贺菌基因组中,影响其生存及性状。
- 张冰王鹏飞段广才梁文娟洪丽娟王琳琳郭向娇杨海燕郗园林
- 关键词：志贺菌耐药
- 基于CRISPR／Cas的大肠埃希菌分子标志物的监测研究被引量：8
- 2016年
- 目的 探讨基于CRISPR/Cas的大肠埃希菌分子标志物的监测研究。方法 通过BLAST收集GenBank数据库中135株全基因组测序大肠埃希菌、203株鸟枪法测序大肠埃希菌的CRISPR/Cas和PCR扩增、测序获得本实验室保存361株大肠埃希菌（包括38株大肠埃希菌O157：H7）的CRISPR序列，应用CRISPR Finder在线软件分析CRISPR特征、DNAMAN软件进行间隔序列的比对，使用Clustal Ⅹ进行cas多序列比对和Mega 5.1软件构建系统进化树。结果 本研究以全新的视角对大肠埃希菌的CRISPR/Cas位置进行描述；结果显示，135株全基因组测序、203株鸟枪法测序和361株本实验室测序的大肠埃希菌中分别有77.04%、100.00%和75.62%的大肠埃希菌具有CRISPR1，分别有74.81%、100.00%和92.24%的大肠埃希菌具有CRISPR2，分别有11.85%、0和1.39%的大肠埃希菌具有CRISPR3和CRISPR4；GenBank数据库下载的全基因组测序的1株和本实验室测序的2株大肠埃希菌存在4个CRISPR位点；缺少cas的CRISPR1下游有插入序列存在。在699株大肠埃希菌中，8株O55：H7、180株O157：H7、8株O157：HNM、40株O104：H4、4株O145：H28有独特的CRISPR；间隔序列的缺失可发生在CRISPR中间；依据I-E和I-F的cas构建系统发育树，均可分为两类。结论 大肠埃希菌的CRISPR/Cas可能作为鉴定强毒株大肠埃希菌或者新型菌株的分子标志物。间隔序列的缺失或获得可能与噬菌体有关。
- 梁文娟张荣光段广才洪丽娟张冰郗园林杨海燕陈帅印娄婷叶赵永新
- 关键词：大肠埃希菌分子标志物
- 基于CRISPR对大肠埃希菌O157∶H7的检测被引量：5
- 2016年
- 目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）,建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌（310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2,并将PCR产物测序;提取CRISPR database数据库中（标准法）100株肠道细菌（47株非O157∶H7大肠埃希菌、5株大肠埃希菌O157∶H7、9株志贺菌和39株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2序列。使用CRISPR Finder在线软件分析PCR产物测序序列和CRISPR database数据库的CRISPR序列。Clustal X软件进行间隔序列比对。比较标准法和PCR扩增CRISPR两种方法检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性。结果共分析543株肠道细菌,其中75.6%的非O157∶H7大肠埃希菌、75.5%志贺菌、91.7%沙门菌和95%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR1,其间隔序列数目为3～26、2～9、2～32、3。57.1%的非O157∶H7大肠埃希菌、77.6%志贺菌、85.4%沙门菌和100%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR2,其间隔序列数目为1～20、1～6、2～27、1或4个。95%的O157∶H7大肠埃希菌的CRISPR1和90%CRISPR2分别含有3条独特间隔序列（S1-1,S1-2,S1-3）和1条独特间隔序列（S2-1）。间隔序列比对结果显示,S1-1＋S1-2＋S1-3和S2-1检测O157∶H7大肠埃希菌的特异性分别是100%和99.6%。标准法检测和PCR扩增CRISPR1和CRISPR2检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性分别达99.6%和99.3%。基于CRISPR检测大肠埃希菌O157∶H7在模拟样品中的应用,结果显示在原样品大肠埃希菌O157∶H7浓度约2.3CFU/mL时,经12h增菌后即能检测出来。大肠埃希菌O157∶H7聚类分析显示,40株O157∶H7大肠埃希菌可分为3类。结论基于CRISPR的大肠埃希菌O157∶H7的检测方法,可以作为监测大肠埃希菌O157∶H7感染和高毒株大肠埃希菌O157∶H7有价值的流行病学工具。
- 梁文娟张荣光段广才王颖芳洪丽娟张冰王鹏飞郗园林杨海燕
- 关键词：聚合酶链反应
- CRISPR1上游侧翼序列用于大肠埃希菌和志贺菌鉴定的效果评价被引量：2
- 2018年
- 目的探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列(CRJSPR)1上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。方法通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因(CRISPR-associated,cas),并分析其种系;选取CRISPRs上、下游各500bp侧翼序列,使用ClustalX进行序列比对;采用PCR方法扩增CRISPR1上游侧翼序列,以确定其对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。结果73.4%(149/203)的大肠埃希菌存在I-E型CRISPR/Cas系统,包含了A、B1、D种系;8.4%(17/203)的大肠埃希菌存在I-F型CRISPR/Cas、17.2%(35/203)的大肠埃希菌不存在CRISPR/Cas,这2种大肠埃希菌均属于B2种系;9株志贺菌均存在I-E型CRISPR/Cas。在大肠埃希菌(B2种系外)、志贺菌CRISPR1上游和大肠埃希菌(B2种系)各存在61bp侧翼序列,序列一致性为99%,且有种属特异性,PCR扩增此区域鉴定大肠埃希菌和志贺菌的灵敏度和特异度均>91%。结论基于CRISPR1上游序列可用来鉴定大肠埃希菌和志贺菌,且具有良好的效果。
- 梁文娟梁文娟段广才刘慧莹段广才郗园林杨海燕陈帅印
- 关键词：大肠埃希菌志贺菌侧翼序列
