邹丹
- 作品数：6 被引量：2H指数：1
- 供职机构：国防科学技术大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 新型DNA甲基化状态预测程序的研发和并行优化
- 已有的相关方法和软件在解决表观遗传学领域中DNA 甲基化状态预测问题时,存在不准确、速度慢、时空效率低等问题.针对该问题我们设计并研发了新的甲基化状态预测程序("Hint-Hunt").新程序通过对含...
- 高明朱小谦邹丹朱敏彭绍亮
- 关键词：XEON
- 面向Lustre文件系统的固态盘存储加速技术研究
- 磁盘的随机I/O延时制约了存储系统的性能提高,具备高性能随机I/O特性的固态盘（solidstate disk,SSD）逐渐成为关注的热点.分析了磁盘、Flash型SSD以及DRAM型SSD三类设备不同的性能特点,讨论了...
- 刘光明邹丹张超
- 关键词：固态盘LUSTRE
- 文献传递
- 基于FPGA的带回溯的Smith-Waterman算法加速器的设计与实现被引量：1
- 2009年
- 针对传统的Smith-Waterman硬件算法加速器未保存回溯路径而无法回溯的问题,通过将计算路径存入外存,在FPGA平台上基于脉动阵列实现了带回溯的Smith-Waterman算法加速器,详细阐述了算法加速器回溯设计中的关键技术以及算法加速器的系统结构。实验表明,与传统的解决方案相比,带回溯的算法加速器最高可获得161倍加速比,能够有效提高带回溯的Smith-Waterman算法执行效率。
- 邹丹窦勇夏飞倪时策
- 关键词：FPGASMITH-WATERMAN算法脉动阵列
- 布尔矩阵乘的分布式异构并行优化被引量：1
- 2017年
- 布尔多项式求解是当今密码代数分析中的关键步骤,F4算法是布尔多项式求解的高效算法。分析了Lachartre为F4矩阵专门设计的高斯消去算法,针对其中布尔矩阵乘这一耗时的计算步骤,设计并实现了分布式异构(CPU+MIC)并行算法。布尔矩阵相对于普通矩阵主要体现在矩阵元素取值区间不一样上,由于布尔矩阵元素(0,1)导致矩阵乘操作的特殊性,普通矩阵乘的优化方法不能很好地满足布尔矩阵乘的需求。分别从布尔矩阵的存储、OpenMP多线程组织、访存、任务划分和调度等方面进行了性能优化,实现了布尔矩阵乘的分布式异构并行算法。通过随机生成布尔矩阵测试,优化后的分布式异构并行程序相较于分布式同构并行程序达到了2.45的加速比,体现了良好的性能提升。
- 朱敏唐波赵娟邹丹李金才
- 自修复磁盘阵列技术研究
- 以数据为中心的计算模式对数据的可靠性提出新的需求,高可靠存储设备成为高性能计算的基础.自从Xiotech公司提出ISE结构并取得成功后,关注磁盘失效之前的征兆而不是失效后的具体处理的"自修复"概念已成为磁盘阵列设计新的指...
- 刘光明张超邹丹
- 文献传递
- 一种基于CPU-GPU异构平台的MrBayes MC3并行优化算法
- MrBayes软件在生物信息学领域应用广泛.它使用Metropolis coupled Markov chain Monte Carlo(MC3)算法对一组能够反映生物物种遗传信息的DNA序列进行贝叶斯系统发育推断,最后...
- 夏徐伟朱小谦邹丹朱敏彭绍亮
- 关键词：并行优化算法图形处理器异构平台
- 文献传递
