张博阳
- 作品数：3 被引量：16H指数：3
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- 桑氏链霉菌KJ40全基因组测序及分析被引量：4
- 2018年
- 【背景】桑氏链霉菌(Streptomyces sampsonii)KJ40是一株具有防病、促生多重功能的放线菌,有作为生物农药的潜力。目前还没有相关研究报道S.sampsonii全基因组序列,这限制了其功能基因、代谢产物合成途径及比较基因组学等研究。【目的】解析S.sampsonii KJ40的基因组序列信息,以深入研究该菌株防病促生机制及挖掘次级代谢产物基因资源。【方法】利用Illumina HiSeq高通量测序平台对KJ40菌株进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行基因组组装、基因预测和功能注释、预测次级代谢产物合成基因簇、共线性分析等。【结果】基因组最后得到9个Scaffolds和578个Contigs,总长度为7 261 502 bp,G+C%含量平均为73.41%,预测到6 605个基因、1 260个串联重复序列、804个小卫星序列、67个微卫星序列、90个tRNA、9个rRNA和19个sRNA。其中,2 429、3 765、2 890、6 063和1 911个基因分别能够在COG、GO、KEGG、NR和Swiss-Prot数据库提取到注释信息。同时,还预测得到21个次级代谢产物合成基因簇。基因组测序数据提交至NCBI获得Gen Bank登录号:LORI00000000。S.sampsonii KJ40与Streptomyces coelicolor A3(2)、Streptomyces griseus subsp.griseus NBRC 13350三株链霉菌基因组存在翻转、易位等基因组重排,3个基因组共有1 711个蛋白聚类簇。【结论】研究为从基因组层面上解析KJ40菌株具有良好促生防病效果的内在原因提供基础数据,为深入了解链霉菌次级代谢合成途径提供参考信息,对S.sampsonii后续相关研究具有重要意义。
- 张博阳朱天辉韩珊王莹李姝江谯天敏
- 关键词：基因组基因注释次级代谢
- 桑氏链霉菌KJ07抗菌蛋白的分离纯化及部分特性被引量：6
- 2016年
- 【目的】桑氏链霉菌(Streptomyces sampsonii)KJ07对无性阶段的杨树紫纹羽病菌(Rhizoctonia violacea)有较强的拮抗作用。为研究其抗菌物质,对其发酵液中主要抗菌物质进行分离纯化并明确其部分性质。【方法】采用硫酸铵分级沉淀、DEAE Sepharose Fast Flow离子交换层析、Sephadex G-50分子筛层析等方法进行分离纯化。【结果】获得单一抗菌活性蛋白,分子量约为28.4 k D。该抗菌蛋白抑菌谱较广,能使R.violacea菌丝畸形,菌丝隔膜不明显,细胞壁及胞内原生质开始降解,并产生黑色物质。稳定性试验显示抗菌蛋白最适温度为25°C,最佳p H为6.0,当温度≥60°C时,抑菌活性下降大于20%,当p H<4.0或≥8.0时,抑菌活性下降大于12%。其活性还受金属阳离子影响,但对蛋白酶K不敏感。利用自动Edman降解法测得抗菌蛋白N端10个氨基酸序列,但通过NCBI BLAST程序未检索到与其相似性较高的已知抗菌蛋白。【结论】推测该抗菌蛋白可能是一种新的蛋白质。
- 彭艳朱天辉张博阳龙旭梅
- 关键词：抗菌蛋白分离纯化
- 桑氏链霉菌几丁质酶ChiKJ40基因的克隆表达及其抑菌作用被引量：7
- 2018年
- 【背景】目前关于桑氏链霉菌(Streptomyces sampsonii)生防基因的研究不多,仅从其基因组中克隆了2个几丁质酶基因片段,其单个几丁质酶的完整基因序列相关研究未见报道。【目的】克隆S.sampsonii KJ40的几丁质酶基因Chi KJ40并进行原核表达,纯化重组蛋白并研究其抑菌作用。【方法】采用PCR扩增法从S.sampsonii KJ40中克隆几丁质酶基因Chi KJ40,连接到表达载体p ET-32a,导入Escherichia coli BL21(DE3)进行诱导表达。使用His标记蛋白质微量纯化试剂盒对重组几丁质酶进行纯化,Bradford蛋白浓度测定试剂盒测定粗酶液和纯化酶液的浓度,几丁质酶试剂盒测定粗酶液和纯化酶液的几丁质酶活性。观察重组几丁质酶对桉树焦枯病菌(Cylindrocladium scoparium)、栗疫病菌(Cryphonectria parasitica)、链格孢菌(Alternaria alternate)、紫丝核菌(Rhizoctonia violacea)几种致病真菌的抑菌作用。【结果】Chi KJ40基因(登录号为MF434484)在E.coli中经IPTG诱导表达,获得42 k D的重组几丁质酶,不同浓度IPTG在37°C诱导3 h,蛋白产量无明显变化。0.2 mmol/L IPTG 16°C诱导过夜,重组几丁质酶主要以可溶性形式存在于上清,小部分以包涵体存在于沉淀中。粗酶液几丁质酶活性为0.080 U/m L,酶比活力为0.041 U/mg,纯化酶液几丁质酶活性为0.046 U/m L,酶比活力为0.115 U/mg,纯化倍数为2.8,酶活回收率为57.5%。重组几丁质酶处理后,C.scoparium、C.parasitica和A.alternata菌丝细胞出现分节、膨胀,R.violacea菌丝溶解且部分被破坏成碎片。【结论】Chi KJ40基因的研究补充了S.sampsonii的生防背景,为几丁质酶基因找到了新的来源,并为其应用奠定了理论基础。
- 张博阳朱天辉韩珊王莹李姝江谯天敏
- 关键词：几丁质酶克隆原核表达抑菌作用
