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Pseudomonas protegens H78中抗真菌剂藤黄绿菌素的合成及其基因簇分析被引量：3: 2015年; 假单胞菌株H78是本实验室从油菜根际分离得到的一株生防细菌。通过16S r RNA及藤黄绿菌素(pyoluteorin,Plt)合成基因plt C基因(编码聚酮合成酶)保守区段进行PCR测序,初步确定H78菌株可能属于P.protegens。本研究旨在进一步克隆H78菌株的Plt生物合成基因簇,分析其Plt合成特性以及H78菌株的分类地位。对假单胞菌株H78进行全基因组de novo测序;使用blast工具,分析假单胞菌株H78与P.protegens Pf-5、CHA0、P.aeruginosa M18、LESB58中Plt合成基因簇的同源性;使用KMB培养基对菌体进行发酵,测定菌体生长,对Plt合成进行HPLC测定。假单胞菌H78的Plt合成基因簇与其它4个菌株都存在保守的基因组成与布局,在Plt合成基因编码氨基酸序列上,H78与CHA0、Pf-5菌株的一致性高达99%~100%,其中与CHA0同源性更高;而与铜绿假单胞菌M18及LESB58菌株的一致性相对较低,为52%~88%。在KMB培养基中,假单胞菌株H78中累积合成Plt超过30滋g/m L。H78菌株属于P.proteg...; 杨国环王正吴玲玉张雪洪黄显清; 关键词：藤黄绿菌素生物合成基因簇

防御假单胞菌H78中sRNA基因crcY/Z正调控藤黄绿菌素合成: 2022年; 防御假单胞菌(Pseudomonas protegens)H78能产生藤黄绿菌素(pyoluteorin,Plt)等多种广谱抗生素,这些抗生素的合成存在复杂的调控机制与网络。本研究旨在研究H78菌株碳分解代谢阻遏调控系统(Cbr/Crc)中两个同源小RNA(small RNA,sRNA)基因crcY和crcZ对Plt合成的调控机制。首先,利用无痕敲除方法构建crcY/Z双基因敲除突变体,发酵分析结果显示crcY/Z双敲除使H78菌株几乎完全丧失Plt的合成;其次,基因互补实验证实crcY或crcZ基因的外源互补能恢复crcY/Z双敲除突变体的Plt合成;最后,利用lacZ报告基因分析技术进一步证实crcY/Z双突变使Plt合成操纵子pltLABCDEFG的表达显著降低。结果表明:防御假单胞菌sRNA基因crcY/Z对Plt合成及基因表达存在显著的正调控作用。本研究将为进一步阐明Plt合成的调控网络及通过代谢工程提高Plt产量奠定基础。; 潘静文王正张雪洪黄显清; 关键词：藤黄绿菌素

6sRNA对Pseudomonas protegensH78抗生素合成的调控: 2017年; Pseudomonas protegens H78是本实验室从上海奉贤油菜根际分离得到的一株生防菌株,可以分泌多种抗生素和铁载体等次级代谢产物,6S RNA(ssrS编码产物)主要调控细菌DNA的转录过程。以H78菌株基因组DNA为模板,体外缺失体内同源重组构建H78 ssrS突变菌株,KMB培养基中测定菌体生长,进行藤黄绿菌素(Plt)发酵分析和pltL'-、prnA'-、pchD'-'lacZ表达酶活测定,分析6S RNA对H78抗生素生物合成等次级代谢的调控作用。与H78野生型比较,ssrS突变菌株Plt产量下降大约50%,pltL、pchD基因表达没有明显变化,prnA表达约为野生型的1.5倍,表明6S RNA对H78菌株的抗生素合成存在部分但不显著的调控作用。; 吴玲玉王正刘玉洁张雪洪黄显清; 关键词：PSEUDOMONAS RNA LACZ

假单胞菌H78中PhoR/B系统对磷元素吸收及其藤黄绿菌素合成的调控被引量：2: 2016年; 【目的】研究根际荧光假单胞菌(Pseudomonas protegens)H78中双组分系统PhoR/B对Pst磷转运系统以及Plt生物合成的调控作用。【方法】通过同源重组的方法敲除pho R和pho B基因;使用lac Z报告基因融合质粒研究PhoR/B系统对Pst磷转运系统表达的调控;在不同磷浓度下测定H78野生型及H78pho BR突变株的生长,并在KMB培养基中测定其Plt产量。【结果】H78野生型中pst S′-′lac Z融合质粒表达的Lac Z酶活是H78pho BR突变株的15倍;在磷饥饿条件下H78的生长是H78pho BR菌株的3倍;在KMB培养基中,H78的Plt产量为H78phoBR菌株的2倍。【结论】PhoR/B系统正调控Pst转运系统的表达;在磷饥饿条件下,PhoR/B促进磷元素的吸收和利用;PhoR/B同时对Plt生物合成存在一定程度的正调控作用。; 王正吴玲玉刘玉洁张雪洪黄显清; 关键词：磷饥饿藤黄绿菌素

Pseudomonas protegens H78中Crc调控基因突变的转录组学分析被引量：1: 2019年; 转录后调控子Crc蛋白(Catabolite repression control protein)在防御假单胞菌(Pseudomonas protegens)H78中发挥着重要的代谢调控作用。运用RNA-seq(RNA sequencing)技术,针对H78野生型和H78Δcrc突变株开展比较转录组学研究,利用COG(Clusters of orthologous groups of proteins)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)数据库对受到Crc调控的基因进行功能分类。转录组结果显示:Crc突变导致218个基因的转录子水平发生两倍以上的显著变化,其中105个基因表达上调,113个基因表达下调。Crc蛋白对碳、能量、脂肪及氨基酸代谢、抗生素合成等次级代谢具有全局调控作用,比如,脂质转运和代谢的基因簇(H78_00275~00283)表达显著下调约2.7~8.1倍,能量生产和转换的cyoA_2B_2C_2D_2E_1基因簇(H78_05248~05252)基因表达显著下调约3.4倍,调控氨基酸转运与代谢的H78_04826astAA_4DB基因簇(H78_04822~04826)基因表达显著上调约4倍,抗真菌剂藤黄绿菌素(pyoluteorin,Plt)的合成基因簇(pltLABCDEFG)、转运基因簇(pltIJKNOP)表达下调平均约3倍,而调控基因簇(pltR,pltM,pltZ)的表达平均下调不足2倍,整体上Plt合成受到Crc的显著正调控。Crc转录组学结果为进一步开展Plt等抗生素合成的分子调控网络与代谢工程研究奠定基础。; 张晴晴王正刘玉洁张雪洪黄显清; 关键词：PSEUDOMONAS CRC 转录组藤黄绿菌素

吩嗪合成蛋白PhzA和PhzB的功能比较: 2022年; 为研究PhzA/B蛋白之间的功能差异及其对吩嗪核心前体(PDC和PCA)合成的影响,通过比对、筛选并合成不同来源的phzA/B基因,发现在异源phzB基因替换内源phzAB基因突变株的代谢产物中都检测到PDC和PCA的合成;而通过异源phzA基因替换内源phzA基因及异源phzB基因替换内源phzB基因的突变株,其代谢产物中只检测到PCA的存在,且phzAB的同时存在会促进PCA的大量合成。对PhzA/B蛋白的结构分析发现:不同来源的PhzB蛋白结构中部分区域存在一定差异,PhzA与PhzB的蛋白结构之间相似性较高,但PhzA缺少相应的PhzB活性氨基酸位点。不同来源的PhzA/B蛋白序列相似性较高,在结构与功能上有一定差异,都在吩嗪类化合物的合成过程中起着重要的作用,其中PhzB蛋白促进PDC的催化合成,而PhzA蛋白促进PCA的合成。; 孔德毓王正聂晨曦张雪洪; 关键词：代谢工程生物合成

假单胞菌H78中全局调控蛋白Crc对Plt生物合成及其基因表达的调控被引量：1: 2017年; 【目的】研究Pseudomonas protegens H78中全局调控蛋白Crc对藤黄绿菌素(Pyoluteorin,Plt)生物合成及其基因表达的调控。【方法】通过同源重组方法无痕敲除crc基因,并将H78Δcrc突变株与H78野生株在KMB培养基中发酵测定Plt产量;采用lac Z报告分析研究Crc对plt合成基因表达的调控。【结果】突变株H78Δcrc的Plt产量显著下降;Crc在整体水平、转录水平及转录后水平均正调控plt合成基因的表达。【结论】全局调控因子Crc对Plt合成及基因表达表现为正调控作用。; 刘玉洁王正张雪洪黄显清; 关键词：CRC 生物合成

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王正

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