杜建厂
- 作品数：43 被引量：145H指数：6
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- 相关领域：农业科学生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 一种批量计算基因组直系同源基因进化速率的方法
- 本发明公开了一种批量计算基因组直系同源基因进化速率的方法。本发明所提供的计算基因组直系同源基因进化速率的方法综合运用了基于Blast成对比对结果后进行聚类搜索直系同源基因的InParanoid程序，基于多序列比对分析的M...
- 郭月刘静杜建厂
- 文献传递
- 大豆HGm1 helitron转座元件的鉴定与生物信息学分析
- 2016年
- [目的]helitron转座元件是近年来发现的一种结构新颖和转座方式独特的DNA转座子。我们从全基因组水平上对大豆基因组中拷贝数最多的helitron HGm1家族进行深入分析,旨在为后续进一步明确helitron转座元件在大豆及其近缘种基因和基因组演化中所起的作用提供帮助。[方法]利用基因组学和生物信息学的研究手段,我们对大豆HGm1家族的数量、结构特征、染色体分布、插入基因情况,基因片段的捕获及表达模式等进行了详细的研究。[结果]从公开发表的大豆基因组序列中共鉴定出254个HGm1转座元件。这些元件的3'末端十分保守,主要由GC含量较高的碱基组成。HGm1元件主要分布在AT丰富的区域,并在重组受到显著抑制的异染色质区域富集。研究还发现,68个元件被83个外源的转座元件插入;64个元件插入到编码蛋白的基因附近(<2 kb);115个元件携带154个完整的外源基因;52个元件有潜在的转录活性,在根、茎、叶、花和种子中,以及干旱胁迫和组织培养条件都有所表达。[结论]与玉米中有关helitron的研究结果相似,HGm1家族在大豆基因组中经常以巢式的结构存在,具有频繁插入到基因附近和捕获基因的现象,并且部分成员具有潜在的转录活性。而与玉米helitron不同的是,大豆HGm1 helitron家族主要分布在基因贫乏的异染色质区域。因此,HGm1家族在改变大豆基因结构和调节基因表达以及影响大豆基因组的演化过程中具有较为重要的作用。
- 彭珍刘静郭月李英杜建厂
- 关键词：大豆捕获转录
- 水分胁迫下甘薯叶片渗透调节物质含量与品种抗旱性的关系被引量：56
- 2004年
- 对水分胁迫下甘薯叶片渗透调节物质与品种抗旱性关系的研究结果表明 ,水分胁迫下甘薯不同品种叶片中可溶性糖含量和游离氨基酸总量比对照均明显增加 ,K+ 含量明显下降 ,游离脯氨酸含量有不同程度的增加。叶片中可溶性糖、总游离氨基酸和K+ 的相对值 (占对照 % )与品种抗旱性均呈极显著正相关 (r分别为 0 937、 0 92 3和 0 836 ,P <0 0 1) ,而游离脯氨酸的相对值与品种抗旱性间的相关性不显著 (r=0 2 5 8,P =0 35 3)。因此 ,除游离脯氨酸外 ,其余渗透调节指标均可用于甘薯品种抗旱性的评定。
- 张明生杜建厂谢波谈锋杨永华
- 关键词：甘薯水分胁迫抗旱性
- 生物基因组串联重复序列的整体评估和挖掘方法
- 本发明提供了一种生物基因组串联重复序列的整体评估和挖掘方法，包括以下步骤：利用枚举法的计算机程序构建重复序列的核心序列库，作为重复序列扫描的基础；用核心序列库在整个基因组进行串联重复序列信息扫描，确定核心序列产生的串联重...
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- 文献传递
- 一种批量检测植物基因组LTR-反转座子的方法
- 本发明公开了一种批量检测植物基因组LTR-反转座子的方法。本发明所提供的检测植物基因组LTR-反转座子的方法综合运用了基于结构特征从头寻找的LTR_STRUC程序，基于同源搜索的CROSS_MATCH程序，基于序列相似性...
- 杜建厂刘静徐珍珍倪万潮
- 文献传递
- 油菜杂交种宁杂21号及其双亲苗期在盐胁迫条件下差异表达基因分析被引量：2
- 2020年
- 为了解甘蓝型油菜杂种优势在盐胁迫中的表现,遏制减产,以油菜强优势杂交种宁杂21号及其亲本为材料,通过转录组测序,筛选鉴定得到1078个芽苗期差异表达基因(DEG)与耐盐杂种优势密切相关,并能被已有盐胁迫相关QTL注释,部分基因的表达能被荧光定量PCR验证,说明所得DEG具有可靠性,有潜在的油菜耐盐育种价值。杂交组合中耐盐杂种优势相关DEG表达模式与母本更为类似,大部分表现为正调控,功能倾向于生物合成的同化作用,而表达模式类似父本的DEG其功能倾向于氧化还原等调节作用。本研究还对耐盐性杂种优势特异的SNP位点进行了预测和注释,以期为杂交油菜耐盐分子标记的开发以及耐盐育种提供理论依据。
- 郭月郭月龙卫华龙卫华杜建厂刘静付丽浦惠明张洁夫高建芹袁娜胡琼
- 关键词：甘蓝型油菜杂种优势
- 棉花FAR1/FHY3基因家族的全基因组分析被引量：8
- 2018年
- 【目的】FAR1/FHY3是1类起源于转座子酶的转录因子,在光敏色素A(phyA)信号通路的启动中起到非常重要的作用。通过对FAR1/FHY3家族进行全基因组学分析,为深入研究FAR1/FHY3在棉花光信号通路中的分子调控机理提供基础。【方法】利用生物信息学方法对亚洲棉(Gossypium arboreum L.)、雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii Ulbrich)和陆地棉(Gossypium hirsutum L.)中的FAR1/FHY3基因进行了全基因组鉴定和分析。【结果】共鉴定出88个FAR1/FHY3基因,其中陆地棉中数量最少。聚类分析将所有成员分为3个亚组。Ka/Ks值表明大部分基因都经历了负选择过程。转录组数据分析发现,大部分FAR1/FHY3基因在棉花叶片中表达,少数在茎、花瓣和花托中表达。陆地棉中的Gh FAR14在4种组织中均有较高水平的表达,且与拟南芥FHY3具有较高的同源性,推测其在陆地棉phyA信号通路的启动过程中可能起到关键作用。【结论】该研究结果有助于了解棉花FAR1/FHY3基因家族的进化与功能,为下一步深入研究该基因家族在棉花生长发育和响应红光信号通路中的分子调控机理提供基础。
- 袁娜王彤刘廷利杨郁文郭月刘静张保龙杜建厂
- 关键词：亚洲棉陆地棉生物信息学
- 基于靶向测序技术的菜豆SNP液相芯片开发及验证被引量：1
- 2024年
- 根据公开发表的菜豆基因组和重测序数据,利用生物信息学的方法筛选出61950个高质量SNP位点,通过对目标位点进行探针设计评估,最终设计开发出分别包含40352、20855和10486个SNP位点的40K、20K和10K液相芯片。利用10K液相芯片,对89份菜豆品种进行靶向测序基因分型检测,结果显示菜豆的平均多态性信息含量值和基因多样性值分别为0.35和0.29。STRUCTURE和聚类分析将89份菜豆划分为2个品种群,该分类结果显示同一地域的菜豆品种遗传背景和果实性状大都较为相似。基于选择信号分析,共鉴定到103个处于强烈选择状态的区域,这些区域中的位点可为后续功能基因研究提供候选。
- 袁娜徐勤圆徐照龙周玲刘晓庆陈新杜建厂
- 关键词：菜豆单核苷酸多态性
- 拟南芥中DNA二态性起源和保存的分子机制
- 本文以模式植物拟南芥(A．thaliana)为主要研究对象，利用生物信息学的手段和群体遗传学的研究方法，系统的分析了拟南芥96个基因组在996个位点上的遗传差异和变异规律。统计分析结果显示，在拟南芥基因组中存在一种频率很...
- 杜建厂
- 关键词：DNA分子机制生物信息学群体遗传学
- 制备DNA接头的方法
- 制备DNA接头的方法，选择有一个多克隆位点的长度100bp-100K常用质粒，以此质粒为模板设计引物，通过突变PCR方法构建突变质粒，在ScaII和多克隆位点之间的片段引入新的酶切位点分别构建两种突变质粒或在质粒中引入新...
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- 文献传递
