孙桂玲
- 作品数：3 被引量：15H指数：1
- 供职机构：中国科学院昆明植物研究所更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生生物学更多>>
- 多组学揭示玉米特异识别粘虫口水诱导的防御反应
- 齐金峰孙桂玲王蕾吴建强
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- 齐金峰孙桂玲王蕾吴建强
- 银杏细胞转录组高通量测序及分析被引量：15
- 2013年
- 利用Illumina的Genome Analyzer IIx对银杏(Ginkgo Biloba)细胞转录组进行高通量测序,挖掘银杏内酯和紫杉醇生物合成基因,特别是新的羟基化酶基因,为今后最终完善红豆杉细胞紫杉醇生物合成途径中未知的羟基化步骤作准备。通过测序,获得了银杏细胞69 286个contig,56 387个scaffold,32 032个unigene。Unigene平均长度636bp。另外从gap分布、GC含量、基因组coverage等方面对unigene进行评估,数据显示测序质量好,可信度高。通过分析unigene的表达和功能注释等信息,发现66个属于CYP450基因家族,726个参与次生代谢物合成,其中59个与萜类合成有关,17个与二萜类合成相关。利用生物信息学方法从Michigan State University银杏成熟叶、侧根、成熟果实、无菌苗以及次生茎的转录组数据中找到了与银杏细胞CYP450高度同源的紫杉烷羟基化酶候选基因15个,为后续研究奠定了基础。
- 张楠孙桂玲戴均贵杨艳芳刘洪伟邱德有
- 关键词：GENOMEANALYZER转录组
