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何永刚

作品数:1 被引量:1H指数:1
供职机构:复旦大学基础医学院更多>>
发文基金:国家重点基础研究发展计划更多>>
相关领域:医药卫生更多>>

文献类型

  • 1篇中文期刊文章

领域

  • 1篇医药卫生

主题

  • 1篇蛋白
  • 1篇点突变
  • 1篇乙型
  • 1篇乙型肝炎
  • 1篇乙型肝炎病毒
  • 1篇乙型肝炎病毒...
  • 1篇生物信息
  • 1篇生物信息学
  • 1篇生物信息学分...
  • 1篇突变
  • 1篇突变位点
  • 1篇热点突变
  • 1篇位点
  • 1篇肝炎
  • 1篇肝炎病毒
  • 1篇氨基酸
  • 1篇氨基酸序列
  • 1篇病毒

机构

  • 1篇复旦大学
  • 1篇上海交通大学...
  • 1篇太仓市第一人...

作者

  • 1篇谢幼华
  • 1篇王葳
  • 1篇潘少坤
  • 1篇何永刚

传媒

  • 1篇微生物与感染

年份

  • 1篇2016
1 条 记 录,以下是 1-1
排序方式:
乙型肝炎病毒Ⅹ蛋白的优势氨基酸序列与热点突变位点的生物信息学分析被引量:1
2016年
乙型肝炎病毒X蛋白(hepatitis B virus X protein,HBx)全长154个氨基酸,与肝癌发生密切相关.为确定HBx的优势氨基酸序列和热点突变位点,在GenBank中下载所有HBx的氨基酸序列13950条,剔除插入突变、缺失突变和起始密码子非甲硫氨酸的序列,最后保留7126条.通过分析这7126条序列,计算出HBx每个位点的氨基酸分布情况,出现频率最高的氨基酸为该位点的优势氨基酸,其他氨基酸为突变氨基酸.154个位点的优势氨基酸组成HBx优势氨基酸序列.突变率〉10.0%的热点突变位点有32个.其中第36、42、44、87、88和127位氨基酸有4种(突变率〉1.0%)以上突变形式,具有较高的多态性.与肝癌密切相关的K130M/V131I双突变率为34.7%.通过7126条HBx序列与优势序列的同源性比较,随机选出其中50条序列(2条与优势序列同源性〈75%,48条同源性为76%~99%),与23条参考序列及优势序列共同构建系统发生树.结果显示,HBx优势氨基酸序列属于基因型C,这与基因型C为全球主要流行型一致.本研究首次系统性分析了GenBank中HBx的优势序列,确定了32个HBx热点突变位点和6个多态性较高的位点,为基于HBx突变的基础和应用研究奠定了基础.
王葳何永刚浦永兰潘少坤谢幼华
关键词:乙型肝炎病毒X蛋白热点突变
共1页<1>
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