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一种新的沙门氏菌成簇重复序列的预测方法被引量：1: 2017年; 目的建立一个新的、直观的鉴定和显示细菌基因组成簇重复序列的方法,了解沙门氏菌基因组成簇重复序列的组成特征。方法直接将细菌的基因组用滑动窗口法切割成重叠片段,每一个片段自体比对,利用Pip Maker生成共线性图。通过共线性图特征识别成簇重复序列区。结果用所设计方案-成簇重复序列预测器(CRpred)对鼠伤寒沙门氏菌LT2菌株基因组进行扫描,总共鉴定出151个成簇重复区。特征分析表明,这些成簇重复区包含低拷贝简单串联重复、高拷贝简单串联重复、间隔串联重复、反向回文重复和反向间隔重复等5种类型。此外,沙门氏菌基因组中有9个复杂重复区域无法使用上述模式进行归类。结论提出了一个新的、简便直观的基因组成簇重复序列的鉴定方法,为搜寻成簇的、规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)、数目可变串联重复序列(VNTR)以及其他重复序列相关研究提供支持。; 程希郭志荣胡跃明汪业军; 关键词：沙门氏菌数目可变串联重复序列

沙门氏菌Ⅲ型分泌候选基因yiiG的比较基因组分析被引量：1: 2017年; 目的研究沙门氏菌Ⅲ型分泌候选基因yiiG的分布和进化。方法利用序列比对检测yiiG分布,通过比较基因组学和进化树重建分析基因进化史。结合RNA-seq数据,分析yiiG和其他沙门氏菌毒性基因表达相关性。生物信息预测Yii G蛋白是否含有公认的Ⅲ型分泌系统(T3SS)分泌信号。结果 yiiG在S.enterica种内enterica亚种高度保守,在其他亚种多变;S.bongori种内无分布。在沙门氏菌外其他菌属中,仅在部分志贺氏菌和大肠杆菌中有yiiG分布。所有yiiG所在基因组近邻区域位置保守。S.enterica种内enterica亚种的大量血清型中,yiiG基因上游存在一个head-to-head排列的高同源未注释基因(yiiGRrc)。RNA-seq数据分析揭示yiiG在细菌侵染环境刺激下表达、表达水平和T3SS相关毒性基因高度相关。各种新效应蛋白预测软件分析提示Yii G具有T3SS分泌/转运信号。结论 yiiG基因座为一个古老、遗传重组活跃的热点区域;yiiG与沙门氏菌毒性高度相关;另外,新鉴定的yiiG密切相关基因yiiGRrc,为进一步理解yiiG基因家族及其功能分化研究奠定基础。; 程希胡跃明郭志荣汪业军; 关键词：沙门氏菌比较基因组

耐药菌检测方法与广泛耐药结核菌早期发现的相关性分析: 目的利用改良的结核菌细菌学检测法观察结核分枝杆菌对抗结核药物耐药的动态变化,以期寻找早期发现广泛耐药结核分枝杆菌的新方式。对比聚合酶链式反应及单链构象多态分析,印证改良的微生物学检测法在发现广泛耐药结核菌方面的可靠用途。...; 张健源程君刘毅孙勇任卫聪姜晓颖车南颖郭志荣李传友; 关键词：结核分枝杆菌; 文献传递

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郭志荣