杨晓华
- 作品数：1 被引量：1H指数：1
- 供职机构：扬州大学信息工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 基于GBrowse的多源长非编码RNA数据可视化系统被引量：1
- 2017年
- 针对长非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)数据类型多样带来的有用信息提取困难的问题,提出基于基因组浏览器GBrowse(Generic Genome Browser)的多源lnc RNA数据可视化系统.该系统主要包括网页服务器和lnc RNA数据存储.其中,网页服务器主要由HTTP服务和GBrowse网页组件构成,支持纯文本、My SQL、SQLite等多种数据存储方式.系统实现流程包括GBrowse安装与配置、多源lnc RNA数据的收集、数据预处理、数据存储、数据访问及可视化配置.原型系统收集了六种人类lnc RNA数据,包括人类基因注释、基因组序列、组蛋白修饰H3K4me3信号及其位点、转录因子CTCF绑定位点信号及其位点的数据,并对数据进行了预处理.通过My SQL、SQLite等建立了lnc RNA数据库,对数据的访问方式和可视化参数进行配置.实验结果表明,多源lnc RNA数据在GBrowse框架下能够得到整合与可视化,并在基因组空间同时呈现,这使得研究者能够以更加直观的方式观测数据,进而建立新的科学假说.
- 孙磊陈璇唐红魏李婷姬岚洋施胜飞杨晓华
- 关键词：数据库可视化
