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石榴皮对非酒精性脂肪肝病的基因表达调控数据分析被引量：4: 2017年; 目的:应用生物信息学分析方法,阐述石榴皮对非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的基因表达调控机制。方法:运用生物信息学分析工具QOE、DAVID和STRING,对NCBI的GEO数据库中石榴皮对NAFLD可能治疗作用的相关数据进行挖掘分析。结果:分析喂养与未喂养石榴皮的高脂饮食大鼠基因芯片数据,筛选出8个差异表达基因。其中包括7个高表达基因:CAD、C1QBP、RPL10、RPS7、NHP2、CARM1、LPL;1个低表达基因:NR3C1。这些基因主要涉及的功能包括:嘧啶核酸的生物合成、RNA的修复与加工、核糖体的生物合成、核糖核蛋白复合体、细胞质和细胞器重要物质、脂蛋白生物功能相关基因等。结论:石榴皮可能通过上调LPL、CARM1、C1QBP、NHP2、RPL10、RPS7、CAD和下调NR3C1基因表达的分子机制,促进甘油三酯(TG)的水解,降低血液中游离脂肪酸的含量,缓解胰岛素抵抗,增强肝细胞的抗氧化应激能力及维持线粒体功能的稳定,进而维持肝细胞的正常生物代谢,从而对NAFLD具有一定的疗效。; 林献威林贯川马文丽潘星华; 关键词：石榴皮 NAFLD 生物信息学分析分子机制

鼩鼱科三物种转录组初步分析被引量：1: 2021年; 中国是鼩鼱科物种十分丰富的国家,已知有12属61个物种在中国分布,并演化出多种生态适应型。本研究采用高通量测序技术对小纹背鼩鼱、云南长尾鼩鼱和蹼足鼩3个物种的心和肺组织样本进行转录组测序。其中小纹背鼩鼱和云南长尾鼩营地表生活,蹼足鼩适应半水生生活。3个物种的转录组测序一共获得20.5 Gb的Clean Data,拼接后分别获得131045条、153621条和135838条Unigenes,BUSCO分析显示其中完整的保守基因最高为82.2%,共有同源基因家族超过8000个。此外,我们发现通过优化分析方案,可以将单拷贝基因的比例提高18%~25%,同时将多拷贝基因比例从28.4%~31.8%降为0.7%~1.1%。同物种不同组织间的基因差异表达分析找到各组织的标志性基因。转录组差异表达分析发现,蹼足鼩心脏和肺均高表达HIF1A基因,该基因是缺氧诱导因子信号通路中的关键基因,调节下游与缺氧应激相关基因的表达,可能与水生适应有关。; 周婧晶丘银彬万韬何水旺蒋学龙潘星华何锴; 关键词：鼩鼱科低氧适应

六味地黄丸对绝经期肾阴虚骨质疏松症的基因表达调控数据分析被引量：39: 2017年; 目的利用生物信息学分析工具,从基因调控的角度阐述六味地黄丸治疗绝经期肾阴虚骨质疏松症的分子机制。方法运用生物信息学分析工具QOE、DAVID和STRING,对美国国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)中的GEO数据库中六味地黄丸治疗绝经期肾阴虚骨质疏松症的相关数据进行挖掘分析。结果生物信息学分析显示中药六味地黄丸在治疗绝经期肾阴虚骨质疏松症的过程中基因TNP1和MAP3K10的表达显著增加,而ZNF家族基因和XRN1、XPO1、NUP54等基因的表达显著下降。这些差异基因的功能富集和相关作用机理分析显示,下调XRN1基因和ZNF家族基因的表达可以降低其对雌激素表达的抑制;上调TNP1基因的表达促进雌激素与雌激素受体结合;上调MAP3K10基因的表达并下调XPO1基因和NUP54基因的表达能降低免疫应答。结论六味地黄丸对绝经期肾阴虚骨质疏松症的有益影响主要是通过促进雌激素表达及与其受体结合,并平衡免疫应答而促进骨组织的形成,从而达到改善骨质疏松。; 卢严方林贯川刘倩倩刘梦宜马文丽潘星华; 关键词：中医中药六味地黄丸数据分析

鼹科长吻鼩鼹和库氏长吻鼹的首次转录组分析: 2020年; 现生的鼹科动物分布于欧亚大陆和北美大陆,包括54种已知物种。鼹科动物有丰富的生态类型,是研究适应性进化的较好模型。本研究通过二代测序的方法分别获得了长吻鼩鼹和库氏长吻鼹两个物种心脏和肺脏以及脾脏和肺脏的转录组数据。这两个物种分别代表了分布于中国西南部、缅甸北部的没有特化的原始类群鼩鼹亚科以及高度适应地下生活的鼹亚科鼹族。我们首次报道了库氏长吻鼹在中国的分布。通过从头拼接,分别获得长吻鼩鼹和库氏长吻鼹197 092个和225 956个转录本,以及125 427个和94 023个unigene。通过与GenBank中的基因组注释文件比对,得到鼹科物种同源基因家族8 376个,及鼹科鼩鼱科同源基因家族8 114个。差异表达基因的各组织高表达基因中均找到10个以上组织特异性基因。然而BUSCO分析确定完整单拷贝基因在两个物种中分别为43.0%和56.6%,提示死亡后mRNA迅速降解并影响转录组拼接。比较两个物种肺部基因的表达差异发现库氏长吻鼹335个相对高表达的基因,其中包括HMGB1、HSPD1、SF3B1、COL3A1、SUMO1和JUNB等,已有报道表明上述基因可能与低氧或高海拔适应有关。; 王琳琳丘银彬万韬王霞周鸿艳蒋学龙潘星华何锴; 关键词：转录组测序

食管鳞状细胞癌组织pp-GalNac-T10高表达与淋巴结转移有关: 2017年; 目的研究多肽N-乙酰氨基半乳糖转移酶10(pp-GalNac-T10)在食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中的表达水平及其与临床指标的关系。方法对120例ESCC患者的组织芯片,采用免疫组织化学法检测pp-GalNac-T10在ESCC中的表达,并分析其表达与临床病理参数之间的关系。结果 ESCC组织中pp-GalNac-T10表达与癌旁组织类似,但pp-GalNac-T10表达的阳性率与ESCC淋巴结受累、TNM分期情况相关,pp-GalNac-T10在发生转移患者的癌组织表达强度明显高于未发生转移患者的癌组织。结论 pp-GalNac-T10的表达与ESCC的淋巴结转移有关。; 姜浩元潘星华高媛; 关键词：淋巴结转移

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潘星华