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李洪云: 作品数：27 被引量：13H指数：2; 供职机构：山东交通学院理学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金山东省高等学校科技计划项目博士科研启动基金更多>>; 相关领域：理学生物学医药卫生文化科学更多>>

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肿瘤蛋白MDMX与抑制剂PMI作用机制的分子动力学研究: 2012年; 恢复抑癌蛋白p53的功能已经成为一种治疗癌症的新途径。本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法计算了抑制剂PMI与肿瘤蛋白MDMX的结合自由能。结果表明范德华相互作用驱动了PMI与MDMX的结合。同时也使用基于残基对的自由能分解方法计算了残基–残基相互作用,结果不仅表明PMI的5个残基能与MDMX产生强烈的相互作用,而且也表明CH-CH,CH-π,π-π相互作用主导了PMI在MDMX疏水性裂缝中的结合。我们期望这个研究能为抑制p53-MDMX相互作用药物的研发提供理论上的启示。; 程伟渊梁志强王伟伊长虹王克彦李洪云陈建中; 关键词：分子动力学 MM-PBSA

氢分子在磁场中回归谱的散射矩阵理论研究: 利用散射矩阵理论,结合扩展的半经典闭合轨道理论和多通道量子亏损理论,计算了磁场中高里德堡 H分子的回归谱．该方法使用了两个空间散射矩阵来描述里德堡电子的动力学性质,计算中可以包括所有阶的实散射的作用,回归谱的每一个尖峰对...; 李洪云徐学友王文鹏林圣路; 关键词：散射矩阵回归谱闭合轨道理论; 文献传递

HIV-1蛋白酶与抑制剂3G3相互作用机制的分子动力学研究被引量：2: 2013年; HIV-1蛋白酶已经成为治疗艾滋病药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PB/SA方法计算了抑制剂3G3与HIV-1蛋白酶的结合自由能,结果表明范德华作用驱动了3G3与蛋白酶的结合.同时也采用了基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果证明残基Ala28,Val32/Val32′,Ile47,Gly49,Ile50/Ile50′,Ile84/Ile84′和Pro81′能与蛋白酶产生较为强烈的相互作用,同时也表明CH-π,π-π和CH-O相互作用控制了3G3与蛋白酶的结合.我们期望这个研究能为抗艾滋病的药物设计提供理论上的指导.; 伊长虹梁志强王伟尹妍妍李洪云陈建中; 关键词：分子动力学模拟

正方体量子台球的半经典分析(英文)被引量：3: 2008年; 近几年,量子台球问题引起人们的广泛兴趣.以前有很多对二维量子台球做过研究,相对于二维台球来说,三维台球更接近实际体系.本文以三维正方体量子台球为例,利用半经典闭合轨道理论计算了正方体量子台球中的经典开轨道,并研究量子谱函数与经典轨道长度之间的对应关系,发现他们之间对应的很好.这将有助于我们分析开放型量子台球中输运性质问题.利用这种方法物理图像清晰,计算量小并且可以帮助理解一些混沌体系的性质.这是半经典理论为联系量子力学与经典力学起桥梁作用的又一证明。; 徐学友李洪云王树宝林圣路; 关键词：量子谱傅立叶变换

强磁场中Rydberg NO分子的回归谱研究: 2010年; 利用分子的闭合轨道理论和多通道量子亏损理论,考虑核的转动影响,计算了Rydberg NO分子在外磁场中的回归谱.研究表明,复杂谱的结构可以用包含分子实散射的闭合轨道理论来解释,不管是同一通道内的弹性散射还是不同通道间的非弹性散射都起着非常重要的作用,尤其是较大标度作用量下,散射作用远大于基本轨道和重复轨道的贡献,很大程度上影响着体系的动力学性质。; 李洪云刘伟林圣路; 关键词：闭合轨道理论多通道量子亏损理论回归谱

氢分子在磁场中回归谱的散射矩阵理论研究: 2007年; 利用散射矩阵理论,结合扩展的半经典闭合轨道理论和多通道量子亏损理论,计算了磁场中高里德堡H2分子的回归谱.该方法使用了两个空间散射矩阵来描述里德堡电子的动力学性质,计算中可以包括所有阶的实散射的作用.回归谱的每一个尖峰对应着一条闭合轨道,新的额外峰是由于弹性散射和非弹性散射所引起的通道内和通道间的轨道组合,进一步证明了体系通道间和通道内的散射具有同等的重要性.; 李洪云徐学友王文鹏林圣路; 关键词：散射矩阵回归谱闭合轨道理论

氦里德堡原子在外场中的回归谱研究: 该文采用了包括离子实散射的分区自洽迭代方法,结合B.Hüpper的模型势和量子亏损理论,在模型势中我们特别引进电子交换势,计算了谱的大标度结构(△E大,相应时间△T小),即作用量较小的闭合轨道的贡献,因为它们对谱性质起决...; 李洪云; 关键词：半经典闭合轨道理论交换势回归谱; 文献传递

双平行金属板间的里德堡氢原子的动力学性质: 2009年; 用相空间分析方法研究了双金属板间里德堡氢原子的动力学性质.结果表明:标度变换后,其动力学行为敏感地依赖于标度能量ε.当标度能量ε较小时,体系是近可积的,规则的,随着标度能量的增大,体系是不可积的,运动是混沌的,电子可能被金属表面俘获.; 李洪云刘伟苏福一冯博楷林圣路; 关键词：POINCARÉ截面混沌

抑制剂8Q9和8QC与bromodomain结构域蛋白4作用机理的分子动力学研究被引量：1: 2021年; Bromodomain结构域蛋白4(bromodomain-containing protein 4,BRD4)已成为治疗多种疾病药物设计的重要靶标.最近在实验上发现了几种有效的靶向BRD4的抑制剂,但具体的抑制机理尚不清楚.此工作采用分子动力学模拟,动态相关性分析和结合自由能计算研究抑制剂8Q9和8QC与BRD4(1)的结合模式.分子动力学分析表明抑制剂结合对BRD4(1)的结构柔性产生重大影响.同时动态相关性分析进一步表明抑制剂结合极大地改变了BRD4(1)的运动模式.结合自由能计算结果表明范德华相互作用是抑制剂与BRD4(1)结合的主要驱动力.采用基于残基的自由能分解方法评估了分离残基对抑制剂结合的贡献,数据表明氢键相互作用和疏水相互作用是影响抑制剂与BRD4(1)结合的关键因素.本研究有望为设计和开发靶向BRD4的抑制剂提供有意义的理论指导.; 吴世亮孙海波尹妍妍李洪云王青王立飞; 关键词：分子动力学

强外场中原子、分子动力学的半经典理论研究——多通道量子亏损理论和半经典散射矩阵方法: 激光理论和技术的发展极大地改变了原子分子物理学的面貌,人们关注的焦点开始由侧重能级结构转向相关的动力学性质。特别是由于实验室中短脉冲、高强度激光器的出现,使得原子的高激发里德堡态的制备和探测成为可能,从而推动了光与物质的...; 李洪云; 关键词：半经典闭合轨道理论多通道量子亏损理论回归谱