肖巍
- 作品数：2 被引量：21H指数：1
- 供职机构：南京林业大学更多>>
- 发文基金：江苏省普通高校研究生科研创新计划项目江苏省高校优势学科建设工程资助项目高层次人才科研启动基金更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 石榴转录组密码子使用偏向性被引量：21
- 2017年
- 对石榴(Punica granatum)转录组数据进行从头组装,预测完整CDS序列的密码子使用偏向性;将石榴转录谱与其他8种蔷薇分支物种基因组编码序列进行同义密码子相对使用度(RSCU)比较,并对石榴WRKY和MYB家族基因进行亚家族进化分析和RSCU比较。结果表明:(1)石榴转录组主要受自然选择压影响。密码子偏向性极强的基因多为细胞相关功能基因;没有密码子使用偏向性的基因多与维持生命活动本质相关。(2)基因差异高表达影响RSCU,CpG二核苷酸富集影响密码子适应性。(3)物种间亲缘关系越近,RSCU值越相似。对蔷薇分支物种密码子进行RSCU比较,石榴与巨桉(Eucalyptus grandis)偏向性基本一致。(4)亚家族功能分化影响密码子偏向性。石榴WRKY亚家族1、4和13在翻译精氨酸、亮氨酸时分别偏向使用AGG、CUC,这与其不断进化的抗逆功能相关。石榴MYB亚家族8在翻译苏氨酸时偏向选择ACA,这与其扩张中的木质化功能相关。
- 张太奎起国海叶红莲张孟伟肖巍苑兆和
- 关键词：石榴转录组基因家族
- 石榴果皮和籽粒转录组分析及MYB基因克隆
- 石榴(Punica granatum L.)为千屈菜科(Lythraceae)石榴属(Punica granatum)古老的果树,是重要的功能性水果,在我国栽培历史悠久,遗传多样性丰富。果实富含类黄酮类、安石榴苷等抗氧化...
- 肖巍
- 关键词：石榴转录组MYB基因克隆生物信息学
- 文献传递
