胡婕
- 作品数：3 被引量：6H指数：2
- 供职机构：南京林业大学信息科学技术学院更多>>
- 发文基金：江苏省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术更多>>
- 两种带约束的序列比对算法
- 2009年
- 通过理论证明,得出了当距离函数中惩罚因子φ=0时的解应满足的条件,并在此基础上改进两种最长公共子序列的优化算法,使之能够求解出带约束的序列比对问题。这两种改进算法的时间复杂度分别为O(nmr)和O(nm(r+1)),空间复杂度分别为O(nmr)和O((n+m)(r+1))。推导出算法应满足在两序列中插入的空位符数目分别为(m-l)和(n-l),使比对结果中不会出现错配,保证了比对的质量。实现了基于回溯的改进算法,验证了其求解带约束的序列比对问题的有效性。
- 胡婕业宁崔静张俊杰张倩倩
- 关键词：生物信息学距离函数
- LCS及其变体问题的算法研究
- 序列比较是生物信息学中重要的研究内容,在挖掘序列间的相似性方面发挥着重要作用。最长公共子序列问题及其衍生出的相关问题是序列比较中被广泛研究的重点。近年来,两序列比较逐渐向多序列比较过渡,多序列比对、多基因相似性预测等方面...
- 胡婕
- 关键词：生物信息学最长公共子序列
- 文献传递
- 多序列的近似LCS改进算法被引量：4
- 2011年
- 提出2种针对3条源序列的近似LCS算法,近似因子均为1/|∑|。其中,线性近似LCS算法的时空复杂度均为O(n),n为最长源序列的长度,适于解决大规模问题。递归近似LCS算法时空复杂度均为O(nlogn),适于要求高精度问题。同时,这2种算法都能用于解决多序列的LCS和CLCS问题。实验验证了这2种算法的有效性。
- 胡婕业宁罗晓波崔静董程玲
- 关键词：生物信息学最长公共子序列
