秦笙
- 作品数：4 被引量：1H指数：1
- 供职机构：南京师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金内蒙古自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 酵母蛋白质相互作用网络中Hub蛋白分类及作用规律的研究
- 2010年
- 在蛋白质相互作用网络层面研究蛋白质的生物学功能已成为系统生物学的一项重要工作。Hub蛋白是指蛋白质相互作用网络中连接数较高的蛋白,在生命活动中行使着极为重要的功能。然而仅仅依靠连接数并不能准确反映出蛋白质在生物学网络中的真实地位,连接数相近的Hub蛋白在生物网络中发挥的作用未必同等重要。依据Gene ontology数据库中的生物学注释信息,使用X均值聚类法将Hub蛋白分为系统、组分和过程Hub三类;对这三类Hub蛋白构成的子网络进行研究,发现系统Hub和非Hub蛋白子网络分布均匀,而组分Hub和过程Hub的子网络有明显的模块性;进一步引进描述各类Hub蛋白之间相互作用倾向性的参数并对其进行分析,结果表明:三类Hub蛋白之间(包括同一类Hub蛋白间)、非Hub蛋白与Hub蛋白间相互作用的倾向性强烈,而反过来,三类Hub蛋白与非Hub蛋白之间、非Hub蛋白内部相互作用的倾向性很弱。
- 秦笙蔡禄
- 关键词：蛋白质相互作用网络GENE
- 蛋白质相互作用预测及Hub蛋白分类与作用规律研究
- 后基因组时代,蛋白质相互作用及其网络的研究已成为系统生物学的一项重要工作。发展理论方法预测蛋白质相互作用不仅是对实验方法的有益补充,更能从本质上研究蛋白质相互作用的机理。对蛋白质网络的研究则可以从整体上理解生命进化与生命...
- 秦笙
- 关键词：蛋白质相互作用贝叶斯网络
- 文献传递
- 离散增量结合二次判别分析预测人类DNA甲基化位点
- 2012年
- DNA甲基化作为直接作用于DNA序列的一种表观遗传修饰,能够在不改变DNA分子一级结构的情况下影响基因表达,在生命活动中扮演着重要的角色.在哺乳动物中,DNA甲基化主要发生在C_pG二核苷酸的胞嘧啶上,并且在基因组中呈现不均匀分布.准确预测DNA甲基化位点有助于阐明DNA甲基化对基因表达的调控作用,并为肿瘤的早期诊断及治疗提供新的依据.本文应用离散增量结合二次判别分析的方法,对人类的C_pG二核苷酸甲基化状态进行了识别.5折交叉检验的整体准确率超过了80%,受试者操作特性曲线面积也达到了0.86.与现有方法相比,预测成功率显著提高.这说明离散增量结合二次判别分析方法适用于甲基化位点的预测;基因组序列中甲基化位点具有序列依赖性.
- 刘佳赵秀娟裴智勇秦笙蔡禄
- 关键词：DNA甲基化二次判别分析
- 基于二级结构信息的蛋白质相互作用贝叶斯分类预测被引量：1
- 2010年
- 蛋白质相互作用在许多生物学过程中扮演重要角色.蛋白质直接相互作用依赖其空间结构,蛋白质二级结构作为其空间结构的基本元件应该包含相互作用的信息.基于相互作用蛋白对二级结构信息,提出一个蛋白质相互作用的贝叶斯分类器预测模型.对酵母、人类数据的开放测试和对小鼠、果蝇的独立集测试的初步预测分别取得59.16%和59.85%的精确度,这表明蛋白质二级结构信息和贝叶斯分类器的确可以用于蛋白质相互作用预测.
- 秦笙蔡禄
- 关键词：蛋白质相互作用贝叶斯分类
