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蛋白质序列的矩阵图谱表达被引量：1: 2011年; 基于经典HP模型,利用蛋白质序列的矩阵图谱表达法(MGR)及数值刻画的思想提出了一种新的蛋白质序列的比对方法,通过观察蛋白质序列的数值刻画图及计算两蛋白质序列之间的欧氏距离d,对木聚糖酶两家族的蛋白质序列进行了相似性分析.发现被划分为同一木聚糖酶家族的蛋白质序列之间的相似性更大,而且蛋白质序列的相似性程度与分子大小、结构和分子进化相关.; 张堃赵静静唐旭清; 关键词：木聚糖酶

模糊粒度空间的性质研究被引量：2: 2009年; 在文献[16]基础上,进一步将模糊粒度空间推广到更一般地模糊等价关系上,研究了模糊粒度空间的性质,主要获得了3个结论。首先,引入了有序的等价关系集的概念,给出了下列的四个命题是等价的:(1)给定一个模糊等价关系;(2)给定一个等腰归一化伪距离;(3)给定一个有序的粒度空间;(4)给定一个有序的等价关系集。第二,通过模糊等价关系诱导的等腰归一化伪距离的投影距离和扩展距离,建立了模糊粒度空间上的距离,即是等腰归一化距离,并且给出了模糊粒度空间上距离度量的动态性质研究。最后,给出了模糊粒度空间与模糊等价关系之间的序关系,即它们的序是一致的。这些研究工作进一步完善了模糊粒度空间的理论,为模糊粒度计算提供了更为直观的数学理论和工具。; 唐旭清赵静静方雪松; 关键词：模糊等价关系

基于RSCU与QRSCU的F/10和G/11木聚糖酶家族密码子偏好性的比较被引量：5: 2010年; 分别计算了F/10和G/11木聚糖酶家族的同义密码子的相对使用度和拟相对使用度,即RSCU和QRSCU.通过分析和比较得到,基于拟氨基酸基因编码方法能更明显的展示出密码子家族中对同义密码子的一致偏好性.也就是说,基于拟氨基酸基因编码方法下的F/10与G/11木聚糖酶家族更偏好使用密码子-反密码子结合作用强的密码子,恰好是以g/c结尾的密码子,与前人的偏好性研究结果一致,而且进一步验证了拟氨基酸基因编码方法与密码子偏好性的研究结果密切相关.; 赵静静齐斌丁利娟唐旭清; 关键词：木聚糖酶密码子偏好性

基于QRSCU方法的RHD基因的偏好性研究及其应用被引量：1: 2011年; Rh血型系统作为人类最复杂的血型系统之一,其临床意义仅次于ABO血型系统。研究人类Rh血型系统中RHD基因对同义密码子的使用偏好性有助于从生物信息学角度了解RHD基因的编码特征。本文基于拟氨基酸编码方法,计算了人类Rh血型系统中RHD基因的同义密码子的相对使用度(quasi relative synonymous codon usage,QRSCU)及4种碱基分别出现在密码子3'端的相对频率(quasi relative frequency of nucleotide to codon3',QRFN3')。通过分析计算结果中RHD基因的QRSCU值,得出RHD基因偏好使用以C或G结尾的同义密码子,也说明RHD基因偏好使用密码子-反密码子结合作用强的同义密码子,且避免使用结合作用中度的同义密码子。另外,通过分析计算结果中RHD基因的QRFN3'值,得出RHD基因的同义密码子对后面所接的第一个碱基的使用也有很强的使用偏好性。; 齐斌赵静静高雷朱平; 关键词：RHD基因同义密码子

基于矩阵图谱表达法的蛋白质序列的相似性分析被引量：2: 2011年; 在DNA序列的混沌游走方法(CGR)及DNA序列的4线图谱表达方法(4-LGR)的基础上,提出了一种新型DNA序列的表达方法—矩阵图谱表达法(MGR),并进一步,在DNA序列的上述三种表达式基础上,分别推广建立了基于经典HP模型的蛋白质序列的图谱表达法,对蛋白质序列的相似性进行了比较验证。研究表明:矩阵图谱表达方法不仅能够说明蛋白质序列间的相似性,而且与传统的方法相比,该方法更具有灵活性和变通性。; 赵静静齐斌王寒冰唐旭清

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赵静静