为了研究湿地土壤微生物群落结构及其因时间和环境改变而产生的变化,找出与环境因子密切相关的微生物,有必要建立一种土壤微生物群落多样性代表全、提取率高的土壤总DNA提取方法。这有利于完成实验后,同一个土壤样品还留有足够的总DNA供多次使用,并可构建特定时空下的总DNA样品库,为科技水平更发达的未来留下一批不可再得的全息DNA样品。通过综合比较已报道的微生物总DNA提取方法的优缺点,设计出一种新的提取方案,关键步骤包括用焦磷酸钠溶解并洗脱样品的腐植酸;联合使用蛋白酶K-SDSCTAB和热激裂解细胞;加入聚合氯化铝再次沉淀去除残存的腐植酸并同步去除蛋白。结果用聚合氯化铝提取土壤总DNA的方法所获得的DNA量明显高于常规试剂盒法,每个1.5 m L提取管可得到25.831μg DNA;OD260nm/OD280nm比值达到或接近理想水平;OD260nm/OD230nm比值在0.550.73之间,说明还有盐污染,但可直接用于PCR扩增。通过实验和Illumina Mi Seq高通量测序应用验证,确立了一种土壤微生物群落多样性代表全、完整性好、提取率高、经济、安全、快捷的土壤总DNA提取方法,为今后的相关工作提供了一种技术手段。
为了解鄱阳湖水域的细菌群落多样性,选择鄱阳湖核心区具有代表性的15个点,运用16Sr DNA PCRDGGE分析技术结合化学分析方法进行分析,并将其部分结果与同种样品的高通量测序分析结果进行比较。结果表明:15个区域的水体均可分离出30到61种优势菌群,隶属于7门69属90种,各区域之间细菌群落相似性系数在49.0%~74.0%;PCR-DGGE与高通量测序分析方法相比较,PCR-DGGE方法只分析了样品中细菌群落数的1/10左右、看似与高通量方法中的丰度大于50的优势细菌群落数相接近,而且代表了样品总细菌群落丰度的91.7%,但2种方法的细菌多样性指数差异显著。主要环境指标(DO、电导率、ORP、NTU、PAR、矿化度和盐度)和营养盐(TN、TP、NO_2、NH_4、NO_3、PO_4)与细菌群落多样性指数之间存在一定的相关性,显示了鄱阳湖细菌群落对湖泊生境的适应性。
