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郭家中: 作品数：16 被引量：48H指数：4; 供职机构：四川农业大学动物科技学院更多>>; 发文基金：西安市科技计划项目陕西省“13115”科技创新工程国家高技术研究发展计划更多>>; 相关领域：农业科学生物学更多>>

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TNF-α基因多态性及其与奶牛乳房炎的相关性分析被引量：4: 2010年; 以417头中国荷斯坦奶牛为研究对象,根据体细胞评分(Somatic cell score,SCS)的大小将该奶牛群体划分为感染牛群(100头)和健康牛群(317头)。通过PCR-RFLP和CRS-RFLP方法检测了肿瘤坏死因子α(Tumor necrosis factor-alpha,TNF-α)基因在荷斯坦奶牛群体中的多态性,并分析这些多态位点和奶牛乳房炎的相关性。研究发现了3个单核苷酸多态位点(Single-nucleotide polymorphism,SNP):第2外显子39bp处G→A的突变;第4外显子293bp处C→T的突变;5′侧翼区(5′-flanking region,5′UTR)C→G的突变。这3个突变位点分别是DraⅠ、AfaⅠ和DdeⅠ限制性内切酶的酶切多态位点,其中DraⅠ为创造酶切位点。经过基因型分析与χ2检验表明:3个酶切多态位点在荷斯坦奶牛群中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态。运用SPSS13.0软件,采用最小二乘拟合线性模型分析3个酶切多态位点与SCS的关系,结果表明:AA基因型个体在DraⅠ酶切位点中的SCS显著大于BB及AB基因型个体(P<0.05),BB基因型表现出乳房炎抗性。AfaⅠ酶切位点中BB基因型个体的SCS显著大于AA及AB基因型个体(P<0.05),AA基因型表现出乳房炎抗性。DdeⅠ酶切位点中,AB基因型个体的SCS显著低于AA基因型个体(P<0.05),AB基因型为优良基因型。因此BB、AA、AB基因型分别为DraⅠ、AfaⅠ、DdeⅠ酶切位点中的优良基因型,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性筛选。; 徐阿娟刘小林郭家中夏志; 关键词：TNF-Α基因 PCR-RFLP 多态性乳房炎

比较基因组学分析鉴定影响藏山羊耳朵大小的遗传位点被引量：2: 2019年; 耳型是山羊的一个品种标准性状,但有关山羊耳型变异的遗传机制尚不清楚。利用来自西藏自治区仲巴县的正常耳和小耳藏山羊群体及前期测定的5个山羊群体的基因组序列,采用比较基因组学鉴定影响山羊耳朵大小的遗传位点。100 kb窗口大小和25 kb步长滑动窗口的全基因组FST以及HP比值的结果显示,2号染色体56.475~56.575 Mb基因组区域在两种耳型藏山羊之间分化程度最高(FST=0.36)。在该窗口内,30个SNPs位点的等位基因频率差异较大(△AF>0.5),特别是其中1个SNP位点(chr2:56559507,C>T)的△AF高达0.87。在7号染色体45.05~59.76 Mb区域内,受选择基因数量多达52个。对离异值窗口包含的372个基因进行富集分析,SPINK5、TCOF1、PPARD等基因显著富集在10个与哺乳动物耳朵发育相关的表型条目中;特别是SPINK5基因上游5kb处2个SNPs(c.-4283A>G、c.-4295G>A)的等位基因频率差异高达0.9和0.83。主成分分析结果表明,仲巴地区藏山羊的遗传组成与低海拔地方山羊品种更接近;而措勤地区藏山羊的遗传组成与其他山羊品种区别较大。初步鉴定到与藏山羊耳型变异相关的基因组区域,为深入研究山羊耳朵发育的分子机制提供依据;并揭示出不同地区藏山羊群体遗传组成存在较大差异。; 钟杰李利宋天增张红平郭家中; 关键词：藏山羊全基因组测序

奶牛CRP基因SNP的生物信息学分析被引量：2: 2011年; 利用PCR-SSCP方法检测了CRP基因在中国荷斯坦奶牛群体中的单核苷酸多态性,并用各种网络分析软件分析了单核苷酸改变对其功能的影响。结果表明:CRP基因在P1引物扩增片段中存在PCR-SSCP多态性并引起编码氨基酸的改变。经测序分析可知,位于P1引物扩增片段内存在G→T突变,该突变位点使编码的氨基酸发生Q→H的改变。对引起编码氨基酸的P1位点进一步进行生物信息学分析发现,由于编码的改变引起新的转录结合们点vaccinia-term-s的产生,但没有引起其它CRP二三级结构的变化。这一分析结果可为奶牛CRP基因突变所产生的性状功能的改变提供分子水平的解释。; 夏志刘小林郭家中徐阿娟; 关键词：单核苷酸多态奶牛 SSCP

哈萨克羊和藏绵羊尾部脂肪组织差异表达基因和可变剪接的鉴定与分析被引量：2: 2017年; 为鉴定哈萨克羊和藏绵羊尾部脂肪组织的差异表达基因和可变剪接,分别提取6只(3公,3母)无亲缘关系的2岁成年哈萨克羊与藏绵羊尾部脂肪组织总RNA,构建2个高通量测序文库,利用TopHat2软件将短序列定位到绵羊参考基因组,采用cuffdiff软件分析基因表达丰度和差异表达基因。结果表明,共有19个基因在2个品种绵羊尾脂中的表达丰度均高于1 000FPKM,包括ADIPOQ、SPARC、VIM等。其中,2个品种尾部脂肪组织中表达量最高的转录本均定位于线粒体基因组5 331~14 154bp,该区域主要包含COX1、COX2、ATP8等基因,其表达丰度在哈萨克羊和藏绵羊中分别高达29 724.20和28 818.80FPKM。而FABP4则是表达丰度最高的核基因,在哈萨克羊和藏绵羊中的表达量分别为3 194.03和2 667.09。差异表达基因分析共鉴定出627个差异表达的基因,与藏绵羊尾部脂肪组织的表达量相比,哈萨克羊的尾部脂肪组织中共有221个上调基因和406个下调基因。其中,HBB基因表达量的变化倍数最大,下调约98倍。差异表达基因的富集分析结果表明,哈萨克羊尾脂中上调表达的基因主要参与脂肪酸代谢过程。另外,在2个品种尾脂中鉴定出11 870个可变剪接事件,其中383个为差异剪接事件。对相关差异表达基因和可变剪接的进一步研究将有助于揭示绵羊肥脂尾形成的分子机制。; 陶海溪李贵林郭家中; 关键词：差异表达基因哈萨克羊藏绵羊转录组

影响家畜耳型变异遗传位点的研究进展: 2021年; 作为家畜的一个重要性状,耳型是家畜品种鉴定的重要指标,家畜小耳畸形还可作为人耳疾病研究的动物模型。目前,利用全基因组连锁分析、关联研究和基因表达数据,在家畜上鉴定到影响耳朵大小、外耳直立性的候选基因主要包括MSRB3和PPARD;特别是PPARD基因内的一个错义突变(G>A,G32E)被认为是影响家猪耳朵大小的因果突变。由于哺乳动物耳朵发育复杂,在不同家畜物种中控制小耳畸形的基因不尽相同,已鉴定到的候选基因包括GATA6、HMX1、HOXA1等。本文综述了影响家畜耳型变异遗传位点的研究进展,旨在为家畜遗传育种工作以及人类耳朵相关疾病研究提供参考。; 郭家中钟杰李鹏飞李利张红平; 关键词：家畜小耳畸形遗传位点

奶牛体细胞评分的变化规律研究被引量：12: 2010年; 【目的】研究影响奶牛体细胞评分(SCS)的因素,为奶牛体细胞评分性状的遗传分析和乳房炎防治提供依据。【方法】收集2000-10-2009-03西安地区2个奶牛场575头中国荷斯坦牛的10 620条奶牛群改良(DHI)测定记录,应用最小二乘法原理,配合线性固定效应模型,分析了牧场、年份、月份、胎次、泌乳月份等因素对SCS的影响。【结果】不同水平的牧场、年份、月份、胎次、泌乳月份对SCS影响的差异显著性分析表明,生产管理因素显著影响牛群的SCS(P<0.05);随着DHI项目的实施,牛群SCS值逐年显著降低(P<0.05);夏季高温和冬季低温显著提高SCS值(P<0.05);伴随胎次和泌乳月份的增加,SCS不断升高(P<0.05)。【结论】通过改善挤奶技术、加强卫生管理等措施,能够降低SCS。在体细胞评分性状的遗传分析中,必须考虑环境和生理因素的效应。; 郭家中刘小林徐阿娟夏志; 关键词：中国荷斯坦牛体细胞评分

奶牛乳房炎对奶牛血清若干生化指标的影响被引量：8: 2010年; 为研究乳房炎对奶牛生理代谢的影响,进而为深入分析乳房炎的致病理提供血液学依据。采用生化分析仪,对奶牛乳房炎感染组和阴性对照组的多项血清指标进行测定。结果表明,感染组和对照组相比,白蛋白(ALB)和丙氨酸氨基转移酶(ALT)等指标差异显著(P<0.05),其中白蛋白差异极显著(P<0.01);而超敏C反应蛋白(Hs-CRP)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)、葡萄糖(GLU)和总胆红素(TBIL)质量分数在对照组和感染组,差异不显著。因此,白蛋白和丙氨酸氨基转移酶可作为奶牛乳房炎的血液学指示指标。; 夏志刘小林郭家中徐阿娟; 关键词：乳房炎生化指标血清奶牛

奶牛CRP基因多态性与奶牛乳腺炎及乳质乳量的相关性研究及生物信息学分析: 2011年; 选用400头中国荷斯坦奶牛取血样400份,每份各2管。根据奶牛CRP基因序列设计2对引物,利用PCR-SSCP技术检测CRP基因的多态性,并用透射免疫比浊法测定奶牛血清CRP水平,然后运用SPSS等统计学软件对其与乳房炎及乳质、乳量的关系进行统计分析。结果显示,在第1对引物的扩增片段中检测到多态位点,出现3种基因型(AA、AB、BB),第2对引物的扩增片段中并未检测到多态位点。将第1对引物所扩片段的不同基因型与奶牛乳腺炎的相关性作关联分析,结果3种不同基因型奶牛的体细胞数、乳质率、蛋白率、305d产奶量均无显著差异,但患乳房炎奶牛个体全为AA型。而CRP含量检测结果可知患乳房炎的奶牛与正常个体之间的血清CRP含量并无显著差异。; 夏志刘小林徐阿娟郭家中贺花; 关键词：乳房炎易感性奶牛

顶空进样气质联用法分析公山羊气味的挥发性成分: 2008年; 以西北农林科技大学萨能羊原种场的西农萨能种公羊为试验材料,利用Therm o Finnigan TR AC E D SQ气相色谱-质谱联用仪,Finnigan H S 2000顶空进样器,D B-5M S(30 m×0.25 m m×0.25μm)色谱柱,采用静态顶空方法对公山羊气味中的挥发性成分进行测定。结果共鉴定出16种挥发性物质,占总挥发性物质的93.55%,包括酮类5种、酯类3种、烷烃类3种、苯类3种、醛类2种,含量分别为4.16%、1.16%、85.82%、0.97%、1.44%。在发现的所有气味成分中,主要为C 6及部分低碳数的醛、酮和酯(包括饱和及不饱和化合物)等化合物,这些物质成分可能是低碳链脂肪酸合成的前体或代谢产物。; 王海滨陈艳瑞郭家中罗军; 关键词：气相色谱-质谱联用静态顶空

奶牛重要经济性状的全基因组关联分析: 大多数奶牛重要经济性状如产奶量、乳脂量、乳蛋白量等属于受大量基因和诸多环境因素共同影响的数量性状。对影响奶牛重要经济性状遗传变异的鉴定不仅有利于揭示奶牛数量性状的遗传学机制,还能帮助我们理解长期以来的高强度定向选择对奶牛...; 郭家中; 关键词：全基因组关联分析估计育种值 SNPS QTL 奶牛; 文献传递

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