李琴
- 作品数：1 被引量：11H指数：1
- 供职机构：中央民族大学生命与环境科学学院更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金教育部“新世纪优秀人才支持计划”留学人员科技活动项目择优资助经费更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 蒙药冷蒿转录组SSR信息分析被引量：11
- 2016年
- 利用MISA（Micro SAtelite）软件对测序得到的蒙药冷蒿转录组序列143 700条跨叠群（contigs）进行简单重复序列（SSR）位点的挖掘,发现3 614条序列含有3 753个SSR位点,发生频率为2.51%,共有122种重复基元,平均每18.46 kb出现1个SSR位点。冷蒿转录组序列的SSR主要集中在三核苷酸重复（56.12%）,其次是二核苷酸重复（31.60%）。AC/TG、AT/TA、CA/GT、AAT/TTA和AAC/TTG是二核苷酸、三核苷酸中的优势重复基元。冷蒿转录组SSR以5~12次重复为主,基序长度主要集中于12~36 bp。冷蒿转录组共注释43 415个contigs,其中578个SSRs位于编码区,主要以三核苷酸重复为主（397,68.69%）。从分子水平和生物信息学角度介绍了蒙药冷蒿转录组SSR信息的开发利用,其出现频率高、重复类型丰富,将为冷蒿的分子标记辅助育种、遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因挖掘提供了候选序列。
- 岳春江陈川川郭凤仙李华孙洪波裴丹宁马晓清陈富欣杨获莉李琴刘越
- 关键词：转录组
