薛晓丽
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：江南大学理学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项中央高校基本科研业务费专项资金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 基于H1N1型禽流感病毒的HA蛋白序列进化树研究被引量：1
- 2015年
- 为了从本质上揭示H1N1病毒分子的变异、流感流行等关系,提出一种构建H1N1病毒进化树新方法。在1902—2013年全球22 455条H1N1型禽流感病毒HA蛋白质序列数据的基础上,利用其特征向量构建基于内积的HA蛋白质序列相似度。采用基于相似度的完全聚类图的方法进行数据系统粗粒化的相似信息提取。最后,利用基于模糊邻近关系的结构聚类方法进行H1N1型禽流感病毒HA蛋白质序列的进化树研究,将病毒分为33大类。进一步分析表明,H1N1病毒的变异不仅与爆发时间密切相关,还与所分布地域及地域间的距离有很大关系,即分布地域间的距离越近,爆发的病毒进化的相似程度越高。对大量的病毒进行进化树分析,从宏观角度体现了各类病毒之间的进化关系。
- 薛晓丽李阳唐旭清
- 关键词：H1N1病毒结构聚类进化树
- H1N1流感病毒的HA、NA蛋白序列进化树
- 2016年
- 为了从本质上揭示H1N1病毒分子的变异、流感流行等关系,提出一种构建H1N1型流感病毒进化树的新方法。在1902—2013年全球22 455条H1N1型流感病毒HA蛋白序列和16444条NA蛋白序列数据的基础上,利用其特征向量构建基于内积的蛋白序列相似度;采用基于相似度的完全聚类图的方法进行数据系统粗粒化的相似信息提取;最后,利用基于模糊邻近关系的结构聚类方法构建H1N1型禽流感病毒HA、NA蛋白序列的进化树及算法研究。试验结果表明:H1N1病毒的变异不仅与爆发时间密切相关,还与所分布地域及地域间的距离有很大关系,且分布地域间的距离越近,爆发的病毒进化的相似程度越高。因此这种基于大数据处理的新方法能有效揭示流感病毒的进化关系,为进一步研究流感病毒的变异、进化与预测奠定了基础。
- 李建林薛晓丽唐旭清
- 关键词：H1N1病毒结构聚类进化树
