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短程力分子模拟在Hadoop上的实现及优化被引量：1: 2013年; 在Hadoop开源云计算平台上运行分子模拟程序,具有节省软硬件投资、缩短模拟时间等研究意义。然而,该平台并不擅长科学计算类应用中所涉及的快速迭代和子任务间通信。为此,在原子分解法基础上提出了三种解决方案并利用"读写HDFS同步法"实现短程作用力有效的分子动力学模拟的并行算法。在一个Hadoop集群上测试和分析了程序的可扩展性、加速比和各部分耗时情况,结果表明在大规模体系模拟中有较好的效果,最高取得了28倍的加速比。实验证明,Hadoop并行技术在分子模拟中有着较高的经济价值和实用价值。; 焦善飞何晨豆育升唐红; 关键词：分子动力学云计算 HADOOP平台

云计算平台上分子动力学模拟的研究与实现: 云计算技术的飞速发展推动了信息化架构的大整合，但将高性能计算迁移到云服务上，仍面临着重重挑战。尤其是目前广泛用于海量数据处理的Hadoop体系，应用到科学计算的某些领域存在频繁通信和迭代的难题。另一方面，传统的基于HPC...; 焦善飞; 关键词：分子动力学计算机仿真程序设计编程模型

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焦善飞