邹琼
- 作品数：2 被引量：4H指数：1
- 供职机构：南方医科大学南方医院更多>>
- 发文基金：南方医科大学南方医院院长基金广东省科技计划工业攻关项目广州市科技计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 小鼠烧伤早期免疫细胞基因表达谱分析及靶基因的筛选被引量：1
- 2017年
- 目的利用生物信息学方法对小鼠烧伤早期免疫细胞差异基因表达谱进行分析并检测,筛选相关差异基因,以期找到潜在的诊断及治疗靶标。方法从GEO数据库中下载GSE7404数据集,通过配对样本t检验、倍比法及GO功能富集分析筛选差异表达基因,应用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络筛选相关基因靶标,运用实时荧光定量PCR及Western blotting进行试验验证。结果在烧伤后第1天,有1825个基因被选出,其中上调基因658个,下调基因1167个。运用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络分析,发现Stat1、Cdk1、Cd19、Lck及Jun基因在烧伤后免疫系统功能变化过程中可能起到重要作用。实时荧光定量PCR及Western blotting检测显示Stat1、Cdk1和Jun基因表达情况与分析结果相一致。结论通过对小鼠烧伤后早期全血游离白细胞基因芯片分析我们发现Stat1、Cdk1和Jun基因在烧伤早期免疫细胞功能变化的过程中发挥重要的作用,可能是烧伤早期诊断及治疗的潜在的生物学靶标。
- 邹琼高艳彬金辉卢志阳史鹏伟杨磊
- 关键词：烧伤差异表达基因
- 差异基因表达谱分析小鼠烧伤早期免疫细胞刺激反应的相关基因靶标被引量：3
- 2015年
- 目的利用生物信息学方法对小鼠烧伤早期免疫细胞差异基因表达谱进行分析,筛选烧伤早期应对刺激反应相关基因靶标。方法从GEO数据库中下载GSE7404数据集,通过配对样本t检验和倍比法筛选差异表达基因,利用DAVID数据库进行GO功能富集分析筛选刺激反应相关差异表达基因,并进行KEGG通路富集分析,同时应用STRING数据库及Cytoscape软件构建刺激反应相关基因的蛋白互作网络,运用荧光定量PCR技术验证其中部分基因差异表达。结果(1)在烧伤后第1天共有259个刺激反应相关差异基因被选出,其中上调基因118个,下调基因141个。KEGG通路富集分析显示差异基因主要富集于免疫相关通路及细胞生长与死亡相关通路;将259个刺激反应相关差异基因通过STRING数据库及Cytoscape软件进行蛋白互作网络分析,分析显示Lck、Stat1、Myd88、Stat3和Jun基因同时在蛋白互作网络中具有最大互作关系和在子网络中处于中心位置,可能是潜在的诊断及治疗靶标;(2)实时荧光定量PCR技术检测显示Lck、Stat1、Myd88、Stat3和Jun基因表达情况与分析结果相一致。结论通过对小鼠烧伤后第1天全血游离白细胞基因芯片分析我们发现Lck、Stat1、Myd88、Stat3和Jun基因在烧伤早期刺激反应过程中发挥重要的作用。
- 金辉高艳彬卢志阳邹琼史鹏伟杨磊
- 关键词：烧伤基因芯片
