钱媛媛
- 作品数：3 被引量：8H指数：2
- 供职机构：淮海工学院海洋学院更多>>
- 发文基金：国家大宗蔬菜产业技术体系建设项目江苏省高校自然科学研究项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici)实时荧光定量检测方法的研究被引量：1
- 2012年
- 为建立快速准确的检测土壤中辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici Leonian)的实时荧光定量体系的方法,根据辣椒疫霉菌保守的ITS序列设计的特异性荧光实时定量PCR的引物,通过对保守序列构建克隆文库,筛选阳性克隆子,制备用于实时荧光定量体系的标准品,从而构建优良的标准曲线。利用构建的标准曲线和优化的实时荧光定量体系对人工接种含梯度浓度的辣椒疫霉菌的土壤样品进行实时荧光定量PCR检测。辣椒疫霉菌荧光实时定量PCR检测体系的标准曲线的相关系数为R2=0.980,斜率为-3.295,扩增效率为101.1%,线性方程为Y=-3.295X+44.484,标准品的检测下限为1.000×102拷贝,带菌土壤的检测下限为1.236×103拷贝,约为4.887pg基因组DNA。经过土壤样品试验,得出标准曲线相关系数为0.9845,表明所建立的辣椒疫霉菌实时荧光定量PCR检测方法合理有效。
- 王淑芳马桂珍暴增海李世东陈月钱媛媛尹璐
- 关键词：辣椒疫霉菌实时荧光定量PCR
- 采用实时荧光定量PCR技术比较提取土壤真菌DNA方法的差异被引量：5
- 2011年
- [目的]采用实时荧光定量PCR技术比较手提方式和OMEGA微量土壤DNA提取试剂盒获得土壤中真菌DNA的差异。[方法]接种5个梯度稀释的辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici)菌丝到灭菌土壤中,并设置不接种的样品为阴性对照。采用手提方式和OMEGA土壤微量DNA提取试剂盒分别提取制备的土壤样品,采用实时荧光定量PCR方法和辣椒疫霉菌的特异性引物对土壤样品中的辣椒疫霉菌进行定量,并对结果进行比较,分析两种方法的特点。[结果]手提方式和试剂盒方式获得的土壤真菌DNA受土壤中杂质的影响较小,并且均能获得适合实时荧光定量PCR技术的模板DNA。采用试剂盒方式获得的辣椒疫霉菌定量结果比手工提取方式获得的辣椒疫霉菌定量结果平均高2.78倍。[结论]采用OMEGA微量土壤DNA提取试剂盒方法获得的菌体基因组DNA的量较多,定量结果更精确;手提方法所需试剂均为常用生化试剂,方便获得且价格低廉。因此,两种方法各有优势,可以根据实际情况选择。
- 王淑芳马桂珍钱媛媛陈月
- 关键词：实时荧光定量PCR真菌
- 深海热液喷口金属硫化物中甲烷菌的多样性研究被引量：2
- 2012年
- 对两个来自太平洋洋脊胡安·德富卡的两个热液烟囱的金属硫化物4136．2和4148-B1进行甲烷菌甲基辅酶M还原酶的编码基因mcrA的序列扩增，构建克隆文库并进行分子进化分析。结果表明在这个甲烷富集的热液喷口周围含有丰富的甲烷产生菌，没有任何甲烷氧化菌存在。两个硫化物样品的甲烷产生菌种类完全不同。在4136—2硫化物中的甲烷产生茵郝与热液口的高温环境有关系，主要属于甲烷球菌目的甲烷暖球菌（Methanocaldococcus），少部分属于甲烷火茵目甲烷嗜高热菌属的坎氏甲烷嗜高热菌（Methanopyruskandleri）。与这两个属的可分离菌株的氨基酸同源性为89％-97％，核苷酸同源性高达92％～100％。4148-B1硫化物中发现的一类疑似甲基辅酶M还原酶的编码序列，它们与已知的甲烷菌mcrA序列核苷酸同源性为69％～72％，氨基酸同源性仅为43％～47％。这可能是由于4148．B1来自于正在喷发的超高温热液喷口相关。由于与已发表的甲烷菌克隆子或菌株同源性较低，有可能是热液口特有的以前未发现的甲烷茵。
- 王淑芳陈月钱媛媛
- 关键词：金属硫化物MCRA
