孙海林
- 作品数：4 被引量：5H指数：1
- 供职机构：中国水产科学研究院珠江水产研究所更多>>
- 发文基金：中国水产科学研究院基本科研业务费专项基金国家现代农业产业技术体系建设项目广东省科技计划工业攻关项目更多>>
- 相关领域：农业科学自动化与计算机技术更多>>
- 翘嘴鳜转录组测序及SSR新标记的开发与应用被引量：5
- 2019年
- 为探讨翘嘴鳜转录组测序及SSR位点的分布和序列特征,为翘嘴鳜的SSR新标记开发及遗传研究提供便利,本研究利用高通量测序技术平台Illumina HiSeq 2500对翘嘴鳜(Sinipreca chuatsi)肌肉组织进行转录组测序及数据组装和分析,并对获得的Unigenes进行SSR检索和分析。研究共获得41533736条高质量Reads,组装为138728条平均长度为808.94 bp的非冗余Unigenes,其中57009条(41.09%)Unigenes至少于4个蛋白数据库(Nr,Swissprot,KEGG和COG)中的一个库内获得注释,7125条(5.14%)Unigenes在4个数据库中均获得注释。采用Misa、mreps和trf软件对上述138728条Unigenes进行检索,3个软件均能检索到的SSR位点共4692个,分布于4662条Unigenes,出现频率为3.36%。其优势重复基元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占转录组总SSR的62.66%、24.87%、10.83%。二核苷酸重复基元中又以AC(CA)/GT(TG)为优势重复基元,三核苷酸重复基元则以AGG(GGA,GAG)/CCT(CTC,TCC)为主。使用Primer 5.0对这4962条SSR序列进行引物设计,随机选取80对进行扩增有效性和产物多态性检验。结果显示41对引物可以扩增得到清晰稳定的目标条带,有效扩增率为51.25%;其中23对可扩增得到稳定可重复的多态性产物。利用此23个SSR位点对24份翘嘴鳜材料进行遗传参数分析,期望杂合度(He)和多态信息含量(I)分别为0.198~0.888和0.175~0.857。本研究结果表明,翘嘴鳜转录组测序产生的Unigenes信息既可实现批量功能基因的挖掘,也可作为SSR标记开发的有效来源;新开发的翘嘴鳜SSR位点可应用于翘嘴鳜的遗传多样性分析、种质资源保护以及遗传育种等研究。
- 孙海林孙成飞孙成飞田园园董浚键田园园
- 关键词：翘嘴鳜转录组SSR
- 翘嘴鳜生长激素基因多态性及生长性状的关联分析
- 翘嘴鳜(siniperca chusts)是我国重要经济淡水鱼类,经过长期的人工繁育,其生长和抗病特性逐渐减弱。为改善其遗传性状,有必要开展相关分子标记的筛选,以运用于翘嘴鳜的良种选育。前期研究中我们采用dd RAD-S...
- 孙海林孙成飞董浚键田园园胡婕叶星
- 关键词：翘嘴鳜生长激素基因多态性生长性状
- 文献传递
- 一种翘嘴鳜苗种快速标粗的培育方法
- 本发明涉及一种鳜鱼苗种的培育方法，尤其涉及一种翘嘴鳜苗种快速标粗的培育方法，包括养殖池处理以及培育步骤，培育步骤包括：(1)环道内孵化管理；(2)养殖池培育管理。本发明通过对于影响翘嘴鳜苗种成活率和培育周期的关键因素的研...
- 叶星孙海林孙成飞董浚键赵立祥曾庆凯
- 文献传递
