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黄曦
作品数:
1
被引量:7
H指数:1
供职机构:
中央民族大学生命与环境科学学院
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发文基金:
国家自然科学基金
北京市大学生科学研究与创业行动计划
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相关领域:
医药卫生
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合作作者
李华云
中央民族大学生命与环境科学学院
韦春香
中央民族大学生命与环境科学学院
周宜君
中央民族大学生命与环境科学学院
高飞
中央民族大学生命与环境科学学院
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韦春香
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1篇
2017
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黄芪miRNA的预测及其干旱表达模式分析
被引量:7
2017年
目的利用生物信息学手段预测黄芪Astragalus membranaceus的miRNA及其靶基因,应用定量PCR分析其干旱胁迫表达模式,为黄芪miRNA研究奠定基础。方法下载公共核酸数据库中的黄芪高通量测序序列,使用Trinity软件拼接获得转录本数据。利用生物信息学预测方法进行黄芪miRNA及其靶基因的预测,并对靶基因进行功能分类分析。利用茎环引物荧光定量PCR方法验证miRNA的存在,并分析miRNA在干旱胁迫下的表达模式。结果序列拼接获得88 263条黄芪转录组数据。使用这些数据预测到分属于17个家族的17个miRNA序列以及相应的茎环结构前体。这些miRNA靶向的145个基因主要参与基因转录调控、物质代谢、信号转导、胁迫应答和蛋白翻译后修饰等生物学过程。随机选取8个miRNA进行茎环引物荧光定量PCR验证,其干旱逆境表达模式分析表明miR2118和miR166可能参与了黄芪的干旱胁迫应答。结论预测的黄芪miRNA、靶基因以及干旱应答miRNA,为理解miRNA在黄芪中的生物学功能提供了重要数据。
韦春香
肖自华
黄曦
李华云
高飞
周宜君
关键词:
MIRNA
生物信息学
定量PCR
干旱胁迫
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