马婧
- 作品数：2 被引量：12H指数：2
- 供职机构：中国林业科学研究院林业研究所国家林业局林木培育重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 泡泡刺高通量转录组鉴定及其黄酮类代谢途径初步分析被引量：7
- 2016年
- [目的]为了更好的了解泡泡刺黄酮类生物合成途径及其潜在的抗逆作用,[方法]应用高通量RNA-seq测序技术对泡泡刺当年生新叶进行了转录组测序及相关生物信息学分析。[结果]表明:泡泡刺当年生叶中获得了13 013 444 total reads,总核苷酸数为1 171 209 960 bp(1.09 Gb),组装拼接后得到48 921条unigene序列;Nr、SwissProt、COG、GO、KEGG等数据库分析显示,有30 407个Nr注释,19 671个Swissprot注释,9 273个COG功能注释,46 153个GO功能注释,13 654个KEGG注释,并从KEGG通路中找到参与黄酮类化合物合成途径的关键基因片段186个。[结论]本研究获得了较好的泡泡刺转录组序列信息,并且其中富含黄酮类化合物代谢途径的相关基因,这为其抗逆机制、药用价值的研究及开发利用提供宝贵资源。
- 马婧邓楠褚建民纪敬史胜青江泽平成铁龙
- 关键词：泡泡刺转录组RNA-SEQ黄酮类化合物
- 草麻黄高通量转录组分析及黄酮类代谢途径相关基因的鉴定被引量：6
- 2016年
- 草麻黄(Ephedra sinica Stapf)植物富含黄酮类和生物碱类化合物,具有重要药用价值,并且适应性强,在防风固沙、改善沙漠环境等方面具有重要作用。通过对已测序草麻黄转录组的原始数据进行重新组装、拼接等生物信息学分析,共得到7 947 954个clean reads,13 389条unigene序列。经过Nr,KOGs,GO,KEGG和Swiss-Prot等数据库分析后,获得10 481个Nr注释,4 533个KOG功能注释,7 121个GO功能注释,5 833个KEGG注释,8 039个Swiss-Prot注释,并利用KEGG通路分析技术发掘草麻黄中参与黄酮类化合物代谢途径相关基因,为克隆草麻黄黄酮合成关键基因、黄酮类化合物的生物合成提供重要的遗传资源,同时为其抗逆机制的研究和药用价值开发提供依据。
- 马婧成铁龙孙灿岳邓楠史胜青江泽平
- 关键词：草麻黄转录组高通量测序黄酮类化合物
