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基于人类信号网络和表达谱数据挖掘动脉粥样硬化相关模块被引量：1: 2015年; 目的:动脉粥样硬化是一种高致死率的慢性炎症疾病,其发生和发展的机制尚不明确。本文基于人类信号网络和基因表达谱数据对动脉粥样硬化相关模块进行挖掘,以探究其在疾病发生发展中的作用机制。方法:结合人类信号网络和基因表达谱数据,设计显著差异模块筛选策略,通过功能分析,挖掘动脉粥样硬化相关模块,对动脉粥样硬化的致病机制进行研究。结果:基于网络模块的平均表达值改变量,采用两种随机方法,进行显著差异模块筛选,最终获得8个动脉粥样硬化相关的显著差异模块。结论:应用本文提出的整合筛选策略,能识别与动脉粥样硬化相关的模块,获得潜在的致病基因,并从外周血的基因表达改变来探究动脉粥样硬化致病机制,这对动脉粥样硬化的诊断、治疗以及发生发展机制的研究具有重要意义。; 黄昊杜悠雯谢瑞强侯敏冯陈晨李琬陈丽娜; 关键词：动脉粥样硬化基因表达谱

基于人类信号网络和表达谱数据研究静脉血栓复发机制: 2015年; 目的:静脉血栓是一种高复发风险和高致死率的疾病,其形成和复发的分子机制尚不明确。基于人类信号网络和基因表达谱数据可针对静脉血栓经华法令抗凝治疗后的复发机制进行研究。方法:结合表达谱数据和人类信号网络,设计差异模块筛选策略,通过功能分析、差异表达分析和已知血栓相关基因及药物靶基因的互作关联研究,获得与静脉血栓复发相关的显著差异模块。结果:最终获得8个与静脉血栓复发密切相关的显著差异模块,评估了华法令治疗静脉血栓的效能,提出了联合用药的3种可能途径。结论:应用本文提出的整合筛选策略,能识别与静脉血栓复发相关的模块,探究静脉血栓复发的分子机制和评估华法令的治疗效能。还提供了潜在的联合用药途径,这对治愈血栓、防治血栓复发及复发机制的研究具有重要意义。; 张思雅周艳艳谢瑞强曲晓莉史宇晨吕亚娜贾婿冯陈晨李琬何月涵黄昊侯敏陈丽娜; 关键词：静脉血栓华法令

基于人类信号网络和表达谱数据挖掘动脉粥样硬化相关模块: 目的：动脉粥样硬化是一种高致死率的慢性炎症疾病，其发生和发展的机制尚不明确。基于人类信号网络和基因表达谱数据对动脉粥样硬化相关模块进行挖掘，以探究其在疾病发生发展中的作用机制。方法：结合人类信号网络和基因表达谱数据，设计...; 黄昊杜悠雯谢瑞强侯敏冯陈晨李琬陈丽娜

基于SNP互作识别潜在冠心病致病基因被引量：1: 2016年; 目的:基于全基因组关联分析(Genomewideassociationstudy,GWAS)数据与生物信息学方法,识别冠心病潜在致病基因。方法:利用生物信息学方法和GWAS数据,对单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphisms,SNP)进行疾病风险打分,依据特定距离阈值内的SNP-SNP互作关系,筛选出疾病相关SNP显著风险模块,识别潜在致病基因。结果:设定阈值20kb,经筛选获得279个SNP显著风险模块,映射到79个基因,文献验证率为71.01%。结论:基于SNP互作识别的潜在致病基因,能更加准确的分析冠心病的发生发展过程。; 黄昊张一骅赵锡磊李怡然谢瑞强姜晶陈彬彬李琬吕俊杰何月涵陈丽娜; 关键词：SNP 冠心病

整合冠心病风险SNPs功能及分子网络特征筛选疾病易感基因: 2016年; 目的:冠心病(Coronary Heart Disease,CHD)是一种由多因素(遗传因素、环境因素以及它们之间的相互作用)引起的复杂疾病。本文从遗传因素和分子互作模式识别新的冠心病易感基因。方法:结合冠心病群体遗传SNPs数据和PPI数据,通过群体遗传数据的风险评估、功能SNPs的判定和PPI网络基因的分类,以功能SNPs属性、网络拓扑属性和基因功能属性为特征,利用两步分类的方法筛选新的冠心病易感基因。结果:获得了69个新的冠心病易感基因,其中43个被文献证实与冠心病的发生发展密切相关,且识别的新的易感基因注释的KEGG通路中有很多是已知的易感基因所没有注释到的,如MAPK signaling pathway,Calcium signaling pathway,Focal adhesion和Chemokine signaling pathway等,其中Chemokine signaling pathway被证实是CHD发展的关键通路。结论:应用本文提出的整合筛选策略,能识别与冠心病相关的新的易感基因,可为冠心病的预防、诊断和治疗提供新的研究方向。; 周艳艳朱莉娜谢瑞强姜晶陈彬彬史宇晨李琬何月涵黄昊李怡然陈丽娜; 关键词：PPI网络易感基因

基于共病性原则筛选PCOS潜在治疗药靶被引量：2: 2016年; 目的寻找多囊卵巢综合征的潜在治疗药靶。方法采用Grapweb软件中的MCL clustering算法,在蛋白质互作网络中,分别以2型糖尿病和多囊卵巢综合征的已知致病基因为种子,挖掘两种疾病共病性模块;以DAVID功能富集分析软件进行模块中基因的GO功能注释和通路富集显著性分析(FDR<0.05)。结果获得了68个共病性模块,其中2个为多囊卵巢综合征的潜在药靶模块。结论得到PPARG、ESR1与ESR2等潜在治疗药物靶点。; 何月涵韦文青谢瑞强黄昊吕俊杰李琬陈丽娜; 关键词：多囊卵巢综合征 2型糖尿病

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谢瑞强