张雯
- 作品数：3 被引量：19H指数：2
- 供职机构：上海交通大学更多>>
- 发文基金：上海市科学技术发展基金全球变化研究国家重大科学研究计划国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 激光显微切割分离细胞的微量RNA质量鉴定体系的建立被引量：4
- 2008年
- 探索一套激光显微切割(Laser capture microdissection,LCM)分离细胞后获得的微量RNA质量鉴定标准操作流程。选取3个低温保存的胃癌旁组织样本,冰冻切片进行甲酚紫染色和病理学检查,利用激光显微切割技术分离非癌上皮细胞,提取RNA并以Agilent 2100生物分析仪鉴定RNA的纯度和完整性。同时,选择高、中、低3种不同表达丰度的6个基因(EF1A,ACTB,GAPHD,B2M,MED1,CK20),在每个基因的5′和3′端设计引物,RT-PCR扩增。以3个培养细胞制备的高质量RNA和3个有降解的胃癌旁组织样本RNA作对照,RT-PCR扩增结果与Agilent 2100生物分析仪的结果高度一致。结果显示冻存组织进行冰冻切片结合病理学检查后,LCM获取细胞提取微量RNA采用RT-PCR进行质量鉴定是一种操作简单的稳定方法,可以作为肿瘤基因组研究的有效和常规方法。
- 杨燕青张雯张宝峰郜恒骏张庆华
- 关键词：激光显微切割RT-PCR
- 胃癌组织miRNA差异表达的初步分析被引量：13
- 2010年
- 目的分析胃癌组织特异性微小RNA(miRNA)表达谱,为深入研究miRNA与胃癌发生和发展的关系以及寻找新的胃癌分子标志物奠定基础。方法利用miRNA芯片就21对胃癌和癌旁配对正常组织的miRNA表达谱进行检测和初步生物信息学分析,Real-TimePCR验证miRNA芯片检测结果。结果 miRNA芯片检测发现,在胃癌及其癌旁配对正常组织中共有88个差异表达miRNA,其中上调最明显的是miR-21、miR-196b、miR-301a、miR-431*、miR-550*、miR-18a和miR-135b;下调最明显的是miR-139-3p、miR-628-3p、miR-596、miR-99b*和miR-638。Real-TimePCR对其中2个上调(miR-181、miR-19b)和2个下调(miR-134、miR-31)miRNA的验证结果与芯片检测所示具有较好的一致性。结论胃癌组织具有特异性的miRNA表达谱,这些差异表达的miRNA有可能成为新的胃癌分子标志物。
- 阳圣张雯杨燕青张小燕郜恒骏张庆华
- 关键词：微小RNA表达谱胃癌基因芯片REAL-TIME
- 用于高通量测序的基因组靶序列捕获方法的建立被引量：2
- 2010年
- 文章旨在建立一种基因组目标靶序列捕捉文库的方法,并结合第二代测序技术,以实现候选基因区段的深度测序。利用Agilent公司的eArray在线平台,对1250个基因的11824个外显子共2414977bp的基因组序列进行120个碱基长度的捕捉探针(钓饵)设计,并制备成SureSelect液相靶序列捕获试剂。选用2例人基因组DNA,超声打断后末端补平并磷酸化,连接SOLiD接头,回收150bp～200bp的DNA片段,与靶序列探针杂交捕获目标序列,油包水微乳滴PCR扩增后,磁珠分离富集,上SOLiD测序系统通过工作流程分析(WFA)进行文库质量的评价,或正式测序反应。结果显示对所包含的11147个基因外显子片段设计出并合成了46509个捕捉探针,制备成SureSelect试剂盒。探针可有效地捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段,定量PCR显示富集效率可达29倍。WFA分析表明文库可以在SOLiD仪器进行正式测序。测序结果显示靶序列区域的测序数占有效总测序数的比例达到70%,覆盖率均在200×以上。结果表明本研究所建立的SureSelect基因组靶序列捕捉、富集建立测序文库的技术路线可行,可直接用于SOLiD测序仪的测序。
- 陈丹张雯朱智东黄银王平周贝贝杨晓楠肖华胜张庆华
