吴宏清
- 作品数：4 被引量：28H指数：3
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- 白木香倍半萜合成酶基因As-SesTPS的克隆及生物信息学与表达分析被引量：13
- 2014年
- 目的从白木香Aquilaria sinensis总RNA中克隆倍半萜合成酶基因,并对其进行生物信息学及表达分析。方法对白木香总RNA进行反转录聚合酶链式反应(reverse transcription-PCR,RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE),获得完整的开放阅读框(ORF)。运用生物信息学的方法对该序列进行相似性比较和同源性分析,预测编码蛋白,并对其进行各种理化性质分析。通过半定量PCR检测该基因在白木香树干中不同部位的表达情况。结果获得As-SesTPS基因,ORF长1 629 bp,编码542个氨基酸,与葡萄Vitis vinifera的大根香叶烯-D合成酶[(-)-germacrene D synthas]相似性最高,且包含RRx8W和DDxxD的保守序列。As-SesTPS蛋白无跨膜区域,定位于细胞质中,且仅在白木香结香部位表达。结论首次从白木香中克隆得到可能编码大根香叶烯-D合成酶的基因,为白木香倍半萜生物合成代谢途径的研究提供参考。
- 吴宏清王磊何欣白玲高晓霞严寒静章卫民
- 关键词：白木香基因克隆生物信息学基因表达分析
- 药用植物白木香高质量总RNA提取方法的研究被引量：6
- 2013年
- 目的:白木香次生代谢产物成分复杂,干扰其总RNA的提取,一般的提取方法无法获得总RNA或总RNA降解严重。为获得高质量的总RNA,本实验开展了白木香正常及结香组织采集及高质量总RNA提取方法的研究。方法:对从野外采集的白木香样品,用改良CTAB-LiCl法、去温浴的改良CTAB-LiCl法、SDS酸酚法、改良异硫氰酸胍-CTAB法和EASYspin RN09试剂盒5种方法分别对白木香叶、白木香枝条、白木香树干中的白木样品和结香样品进行RNA提取。结果:研究表明白木香枝条的离体样品室温保存5 h内不影响总RNA质量,确定EASYspin RN09试剂盒是白木香叶RNA的最佳提取方法,改良异硫氰酸胍-CTAB法是其他白木香组织RNA的最佳提取方法。结论:用改良异硫氰酸胍-CTAB法大量提取白木香树干中的白木样品及结香样品RNA,其28S∶18S为1.2～1.4,RIN值为6.8～7.5,并应用于转录组测序。
- 吴宏清王磊郭维高晓霞白玲章卫民
- 关键词：白木香总RNA提取
- 化学诱导后白木香转录组文库的构建与测序被引量：11
- 2013年
- 采用改良异硫氰酸胍-CTAB法对5年生白木香树干经化学诱导后1年的各部分组织进行总RNA提取,提取到的总RNA经富集mRNA、打断、构建测序用cDNA文库后用于转录组测序,测序质量较高,Q20高达97.45%,共获得54 685 634条Clean reads,总测序长度达4 921 707 060 nt,经初步组装,获得190 109条Contigs序列,进一步组装,获得83 467条Unigenes序列,总长度为58 569 625 nt,平均长度为702 nt,N50值高达1 120,大于等于3 000 nt的Unigenes有1 691条,占总Unigenes的2.03%,组装质量较高,使白木香的转录组信息得到较好的保存,为进行白木香结香相关的表达谱分析奠定基础。
- 吴宏清王磊陶美华高晓霞白玲章卫民
- 关键词：白木香化学诱导测序
- 根癌农杆菌介导深红虫草菌株C033转化体系的建立被引量：3
- 2013年
- 利用根癌农杆菌EHA105介导,建立了深红虫草(Cordyceps cardinalis)菌株C033的遗传转化体系。遗传霉素(G418)的抗性筛选,gus基因活性检测和PCR分析结果表明,nptⅡ抗性筛选标记基因已经整合到转化子基因组DNA中,并能够稳定遗传;同时对影响该菌株的转化因素包括孢子浓度、农杆菌OD值、乙酰丁香酮(AS)的浓度及共培养时间进行分析,在优化条件下的转化效率为100个转化子/105个孢子。
- 郭维王磊吴宏清白玲章卫民
- 关键词：根癌农杆菌GUS基因
