杨靖
- 作品数：9 被引量：47H指数：4
- 供职机构：华南农业大学更多>>
- 发文基金：国家现代农业产业技术体系建设项目广东省科技计划工业攻关项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 水稻种子活力核心遗传位点挖掘及候选基因鉴定
- 水稻是世界上最重要的粮食作物之一。近年来，随着农业生产方式的变革，水稻直播已经成为广受欢迎的新型种植方式。水稻直播时，种子直接在复杂的田间环境中萌发，一系列的生物和非生物胁迫会抑制种子正常萌发成苗，其中低氧和低温是两个主...
- 杨靖
- 关键词：水稻种子活力转录组候选基因
- 基于高密度Bin图谱的水稻抽穗期QTL定位被引量：10
- 2018年
- 以粳稻品种02428和籼稻品种玉针香进行杂交,按单粒传法连续自交10代,得到包含192个株系的重组自交系(RIL)作图群体。通过对两亲本重测序及RIL群体简化基因组测序,构建了包含2711个Bin标记的高密度遗传图谱。该图谱各染色体标记数在162~311个之间,标记间平均物理距离为137.68 kb。将亲本及192个株系分别于4个环境下采用随机区组种植,并记录抽穗期。使用Win QTL Cartographer 2.5软件的CIM分析方法,进行抽穗期相关QTL检测及定位。在4个环境下定位到影响抽穗期的QTL共14个,分布于第1、第2、第3、第7、第8、第9和第10染色体。其中,q HD2.2和q HD10.2能在3个环境中被重复检测到,表型贡献率分别为5.14%~11.15%和5.35%~16.97%,分别能缩短抽穗期1.66 d和1.56 d,具有聚合育种的应用价值。通过物理位置比对,14个QTL中有11个与前人定位在相同或邻近区域,q HD1.1、q HD2.2和q HD9.1尚未见报道。经对q HD2.2详细分析,在其染色体区间内找到3个与抽穗期相关的注释基因LOC_Os02g46450、LOC_Os02g46710和LOC_Os02g46940,其中LOC_Os02g46450已被克隆。测序分析发现,这3个基因在两亲本间都存在差异,可作为候选基因。
- 董骥驰杨靖郭涛陈立凯陈志强王慧
- 关键词：水稻抽穗期QTL定位
- 水稻萌发期激素信号转导和谷胱甘肽代谢转录分析被引量：3
- 2021年
- 【目的】利用转录组测序技术,探究水稻萌发过程中激素信号转导和细胞内部氧化还原平衡的调控机理,以期增加对萌发过程中复杂调控机制的理解,促进萌发期基因组转录调控网络的构建,并挖掘调控种子萌发的相关基因,为水稻直播稻新品种选育提供理论参考。【方法】利用萌发0、24和48 h的种子进行动态转录组测序分析,以差异倍数≥2、错误发现率≤0.05为阈值筛选差异基因,并利用Gene Ontology(GO)和KEGG Pathway数据库对萌发不同阶段的差异基因进行分析注释;同时利用实时荧光定量PCR对测序结果进行验证;最后运用String蛋白互作数据库以combinedscore≥0.9为阈值分析差异基因的蛋白互作网络。【结果】在种子萌发前期鉴定到8719个差异基因,而在萌发后期仅鉴定到3480个。GO和KEGG富集结果均显示与激素信号转导相关的基因主要在萌发前期被诱导,特别是生长素信号转导途径中的GH3家族基因在萌发前期均受到显著诱导;而谷胱甘肽代谢途径中的基因在萌发后期转录更为活跃,其中谷胱甘肽-S-转移酶基因富集最多。此外,两个异柠檬酸脱氢酶基因在萌发过程中被显著诱导,经蛋白互作预测发现两个异柠檬酸脱氢酶基因与GH3家族基因可能存在相互作用。【结论】在种子萌发前期,生长素信号转导途径中的GH3家族基因可能在减弱生长素信号以及降低生长素活性方面发挥着重要作用,其高表达能降低生长素对种子的休眠作用,促进萌发启动;在种子萌发后期,谷胱甘肽代谢途径中的谷胱甘肽-S-转移酶基因可能在细胞抵抗氧化胁迫中发挥主要作用;此外,在整个萌发过程中,GH3和异柠檬酸脱氢酶家族基因的相互作用可能在实现激素转导途径和谷胱甘肽代谢途径的交互串联作用、共同调控种子萌发方面具有重要意义。
- 崔欢高巧丽罗立新杨靖陈淳郭涛刘永柱黄永相王慧陈志强肖武名
- 关键词：水稻萌发转录组谷胱甘肽
- 影响‘小凤兰’根状茎增殖、分化和壮苗的因素研究被引量：7
- 2016年
- 以‘小凤兰’根状茎为试材,研究了影响‘小凤兰’根状茎增殖、分化、生根壮苗的因素。结果表明：MS基本培养基、蔗糖30g/L、6-BA 2.0mg/L＋NAA 0.5mg/L、活性炭0.5g/L有利于根状茎增殖,而添加20%椰汁和番茄汁40g/L会抑制根状茎增殖。1/2MS基本培养基、蔗糖30g/L、6-BA 2.0mg/L＋NAA 0.2mg/L、20%椰汁、1 000lx光照强度有利于根状茎分化,不加活性炭有利于芽分化,但抑制根分化,而添加活性炭则抑制芽分化,促进苗分化。添加土豆泥60g/L显著促进试管苗生长,3-4cm高的苗在培养基1/2MS＋6-BA 0.1mg/L＋NAA0.5mg/L＋蔗糖20g/L＋土豆泥60g/L＋卡拉粉8g/L＋活性炭0.5g/L中培养40d即可移栽。
- 杨靖谢利曾瑞珍商瑞昕郭和蓉张志胜
- 关键词：兰花根状茎增殖分化壮苗
- 全基因组关联分析挖掘水稻种子耐淹萌发相关遗传位点
- 【研究背景】水稻直播生产,由于其省略了育苗和插秧两个步骤,极大的减少了生产投入,已逐渐发展成为适应现代农业生产要求的一种轻简化栽培方式。淹水造成的低氧环境是影响直播水稻种子萌发成苗的主要抑制因子。在低氧条件下,胚芽鞘快速...
- 杨靖王慧陈志强郭涛
- 关键词：直播稻全基因组关联分析胚芽鞘
- 文献传递
- 基于高密度遗传图谱定位新的水稻抽穗期QTLs被引量：2
- 2020年
- 【目的】挖掘新的控制水稻抽穗期的QTLs,为水稻花期调控的遗传机理研究和分子育种提供新的基因资源。【方法】以籼稻品种特籼占空间诱变突变体CHA-1和籼稻航恢7号空间诱变突变体H335为亲本进行杂交,构建包含275个株系的重组自交系(RIL)作图群体,利用由两亲本重测序及RIL群体简化基因组测序所构建的高密度遗传图谱,在2个环境下进行水稻抽穗期QTL定位。【结果】经两亲本重测序及RIL群体简化基因组测序,构建了包含2498个Bin标记的高密度遗传图谱。该图谱覆盖水稻12条染色体,各染色体标记数平均208.17,标记间平均遗传距离为0.95 cM。在2个环境下共定位到4个影响抽穗期的QTLs,分布于第3、第6和第8号染色体,其中qHD-6和qHD-8-1位于前人已报道定位的区域并被克隆,另外2个QTLs(qHD-3和qHD-8-2)尚未见报道,并且qHD-8-2能在2个环境中被重复检测到,贡献率分别为8.30%和10.89%。【结论】通过构建的高密度遗传图谱在2个环境中共检测到4个影响抽穗期的QTLs,其中qHD-3和qHD-8-2是新的抽穗期QTL位点,可用于后续抽穗期调控基因的精细定位及克隆研究,也可用于水稻抽穗期的分子调控机理研究与育种。
- 李冬秀杨靖孙凯李丹丹杨瑰丽郭涛王慧陈志强
- 关键词：水稻重组自交系抽穗期QTL定位
- 利用广泛靶向代谢组学方法分析和挖掘响应水稻种子低氧萌发的候选代谢产物
- 【研究背景】水稻(Oryza sativa. L)的低氧萌发是一个多基因控制的复杂性状。已有的研究集中于QTL位点鉴定和转录组差异分析,并克隆了少数重要基因,但有关水稻种子低氧萌发过程中的代谢谱分析及厌氧响应代谢物的筛选...
- 苏玲杨靖杨蒙孙凯李冬秀黄翠红周丹华肖武名王慧陈志强郭涛
- 关键词：水稻胚芽鞘LC-MS/MS
- 文献传递
- 水稻耐淹成苗率相关性状全基因组的关联分析被引量：19
- 2019年
- 【背景】耐淹成苗率低是限制直播稻产量的重要因素,挖掘高种子活力、低氧萌发能力强的水稻材料是提高耐淹成苗率的关键,但控制耐淹成苗率的遗传位点的挖掘仍然比较有限。【目的】利用来源广泛的自然种质,分析影响耐淹成苗率的关键表型性状,挖掘相关的遗传位点和候选基因,为直播稻耐淹成苗机理研究提供一定的理论和材料基础。【方法】以200份来源广泛的水稻种质为材料,在有氧环境下进行发芽试验,测量种子发芽率、发芽指数和活力指数;在低氧条件下测量芽鞘长和芽鞘直径;进行耐淹成苗试验,水深10 cm,20 d后测量耐淹成苗率。分析各性状间的相关性,挖掘影响耐淹成苗率的关键性状;利用简化基因组测序对以上6个表型进行全基因组关联分析,鉴定与性状显著关联的SNP位点,并在关联区间内筛选候选基因;对02428和YZX 2份材料进行有氧、无氧以及氧气含量转换条件下的转录组检测,结合全基因组关联分析结果,分析候选基因的表达模式差异。【结果】种子活力、芽鞘表型和耐淹成苗率在200份材料间存在广泛的遗传变异,其中,芽鞘长和活力指数的变异系数最大;相关分析结果表明,芽鞘长、活力指数与耐淹成苗率呈极显著正相关;通过全基因组关联分析,共鉴定出8个与活力指数显著关联的位点,15个与芽鞘长显著关联的位点;结合基因组注释,在关联区间筛选出6个与活力指数相关的候选基因,7个与芽鞘长度相关的候选基因;进一步比较13个基因在有氧、无氧及氧气转换条件下的表达模式以及表达量的变化,发现Os02g0657000、Os03g0592500、Os08g0380100表达量变化显著,表现出对氧气处理的敏感性。【结论】种子活力、芽鞘长与耐淹成苗率密切相关,可作为筛选高耐淹成苗水稻材料的重要性状。全基因组关联分析、转录组分析与基因表达模式比较的联合应用可提
- 孙凯李冬秀杨靖董骥驰严贤诚罗立新刘永柱肖武名王慧陈志强郭涛
- 关键词：水稻种子活力全基因组关联分析
- 基于高密度遗传图谱定位水稻籽粒大小相关性状QTL被引量：8
- 2020年
- 【目的】通过对水稻籽粒大小相关性状进行QTL定位及候选基因的筛选,为水稻籽粒大小相关基因的精细定位、克隆及基因功能等研究奠定基础。【方法】以籼稻品种特华占搭载高空气球空间诱变后产生的特异矮秆突变体CHA-1为母本,以籼稻品种航恢7号搭载“神州八号”飞船经空间诱变后筛选出的突变体H335为父本杂交衍生出的275个RIL群体作为供试材料,利用GBS测序技术构建高密度遗传图谱,RIL群体及亲本分别于2017年早季和2017年晚季在华南农业大学实验教学基地种植。成熟收获后通过扫描仪获取水稻籽粒图像,利用SmartGrain软件获取籽粒大小相关性状表型数据。采用QTL IciMapping v 4.0软件基于完备复合区间作图法,对水稻籽粒大小相关性状进行QTL定位。【结果】构建的高密度遗传图谱包含2498个Bin标记,总图距2371.84 cM,标记间平均遗传图距为0.95 cM。两季共检测到26个籽粒大小相关QTL,分布于第1、2、3、4、7和9染色体上,单一QTL贡献率为0.16%-14.41%。在第1、2、3、7染色体上检测到5个QTL簇(qGS1、qGS2、qGS3-1、qGS3-2和qGS7)。其中qGS1、qGS3-2和qGS7与前人报道相似,qGS2和qGS3-1是新发现的籽粒大小相关QTL,qGS2在2个季别的不同性状中被检测在同一标记区间附近,LOD值介于4.00-8.08,贡献率为6.67%-11.38%。qGS3-1在2个季别下均检测到与籽粒厚度相关,LOD值介于2.94-8.59,贡献率为4.69%-14.41%。使用的高密度遗传图谱定位区间较小,结合功能注释和CREP数据库表达谱,在qGS2位点筛选到4个潜在的与籽粒大小相关的注释基因LOC_Os02g42310、LOC_Os02g42314、LOC_Os02g42370和LOC_Os02g42380。其中LOC_Os02g42310编码一个丝氨酸羧肽酶;LOC_Os02g42314编码一个泛素E2结合酶;LOC_Os02g42370编码一个类受体蛋白激酶;LOC_Os02g42380编码一个TCP转录因子。在qGS3-1位点筛选到3个潜在的与籽粒大小相关的注释基因LOC_Os03g39020、LOC_Os03g39150和LOC
- 张健杨靖王豪李冬秀杨瑰丽黄翠红周丹华郭涛陈志强王慧
- 关键词：水稻RIL群体籽粒大小QTL定位候选基因
