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KEGG数据库的进展及其在生物信息学中的应用被引量：27: 2012年; KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库作为整合了基因、酶、化合物及代谢网络信息的综合性数据库,在生物信息学研究中提供了非常重要的平台。首先,人工获得实验数据并将其组织为计算格式,构建成一个系统功能知识体系:包括KEGG通路图,BRITE等级分类以及KEGG modules。其次,建立并完善跨物种注释步骤KO,把基因组同分子网络联系起来。文章主要介绍KEGG数据库的最新进展以及KEGG在生物信息学中的应用。KEGG特有的图形代谢通路以及KO注释,对于重构代谢网络以及跨物种的代谢网络分析提供了很好的信息,KEGG数据库在生物合成以及药物设计方面将会得到越来越广泛的应用。; 李向真刘子朋李娟方慧生; 关键词：代谢网络生物信息代谢途径路径图

通量平衡分析的进展与应用被引量：1: 2015年; 代谢网络是系统生物学的一个热门话题,代谢网络包含生物体内编码酶的基因以及所有已知的代谢反应。通量平衡分析是分析代谢网络中代谢物通量的数学方法,通过计算代谢网络中代谢物的通量,可以预测生物体的生长速度或某个特定代谢物的生成速率。文章综述了通量平衡分析算法的原理、建模步骤,分枝菌酸通路的通量平衡分析实例,常用的通量平衡分析软件,并从安装要求、可用性、功能、模型交换、网络可视化5个方面比较了应用通量平衡分析算法工具的特性,以指导用户选择合适的软件工具。; 颜思奇李娟方慧生; 关键词：系统生物学代谢网络目标函数

Helicobacter pylori 26695基因组尺度代谢研究进展: 2014年; 代谢网络在代谢功能研究、生物代谢过程控制、疾病诊断分析和药物靶标设计等方面具有重要理论和实践意义。生物信息学研究利用序列同源、结构模拟、对接等手段与生化实验有效结合促进了生物体代谢网络的进一步完善。本文作者在构建幽门螺杆菌(Helicobacter pylori 26695,H.pylori 26695)代谢网络的工作基础上综合了近年来研究者对H.pylori 26695代谢通路关键酶的研究成果,并结合基因组信息,综述了H.pylori 26695特异性的重要代谢通路。本文从基因组水平阐明代谢通路与基因的关系,并详细分析了关键酶对H.pylori 26695生理的重要作用,最后探讨了重构一个连续、完整的代谢网络面临的困难及其在药物靶标设计方面的研究前景。; 游丽斌刘冬娟李娟方慧生; 关键词：基因组代谢通路分子靶标

RNAProbeDesigner:mRNA探针特异性序列搜索方法: 2012年; mRNA不仅是生物体内蛋白质合成的"图纸",还参与生命活动的很多调节过程。随着分子影像技术的发展,mRNA探针在医药领域的应用越来越广泛。探针的特异性是衡量探针效果的重要指标。本文基于BLAST的序列搜索方法,根据目标mRNA中的每个片段与细胞中其他RNA的相似程度,筛选可用于特异性识别mRNA的寡核苷酸片段,并将该方法编写为一套自动化的mRNA探针特异性序列的搜索程序——RNAProbeDesigner。选取4种蛋白的mRNA对该程序进行测试,结果显示,该程序搜索出的片段中,有部分结果在以往的文献中已被报道用于相应探针的设计,从而证明了该方法的可靠性。; 刘子朋艾观华李向真徐晓燕张莹李娟方慧生; 关键词：BLAST 探针设计

平均结构相似性方法在蛋白质侧链优势构象数据库建立的应用: 2011年; 蛋白质侧链的研究尤其是天然构象预测的侧链安装是非常重要的研究课题之一。文章基于结构平均相似性方法,初步构建了一个蛋白质侧链优势构象数据库,由于它在总体上与各种环境下的侧链构象相似性最大,为蛋白质天然构象预测的侧链安装提供了很好的构象,可以为蛋白质构象的优化节省一定的时间。; 李娟李向真郭诚薛林锋陆佳方慧生

分子动力学模拟哇巴因对钠钾ATP酶构象的影响被引量：1: 2014年; 通过对钠钾ATP酶及其与哇巴因的复合物进行分子动力学模拟来研究哇巴因对该酶构象的影响,首先利用对接得到复合物,然后在相同环境中模拟酶单体及其复合物。结果显示,哇巴因的结合使酶αM1与αM2向小分子靠拢,酶的A区向P区发生轻微移动。酶活性腔中疏水残基Phe783,Thr797,Val322,Gly319,Ile320,Ile321,Leu125,Ile315,Ala112与哇巴因形成疏水作用,极性残基Asp121,Thr797,Gln111与哇巴因形成氢键。通过复合物与酶单体比较,在复合物中,A区的212TGES215基序loop区与侧翼残基的移动掩埋了磷酸化Asp369残基,使其不能自身水解,妨碍了酶执行其功能时E2与E1构象转变,从而抑制酶的活性,并且激发钙离子介导的信号传导通道。此方法不仅直观的展现出酶构象的变化并且很好的解释了哇巴因抑制该酶的机制,同时得到的数据结论对传统实验进一步研究该酶起到指导性作用。; 方彩云徐金兵李娟方慧生; 关键词：哇巴因钠钾ATP酶对接分子动力学模拟 P区

人类CCR5三维结构的同源模建被引量：3: 2012年; 趋化因子受体(Chemokine receptor)是GPCR(G-protein coupled receptors)的超级家族成员,在各种免疫反应中有着重要的作用。CCR5是CC亚族趋化因子RANTES,MIP-1a,和MIP-1b的特异性受体。该文采用同源模建的方法,并通过胞外环区优化,动力学优化和能量最小化的方法初步得到了一个较为合理的CCR5的结构模型。说明该文采用的模建流程方法,在跨膜蛋白的同源模建中有着重要的作用,能给实际工作带来很好的指导作用。; 张莹杨洪乾李娟方慧生; 关键词：趋化因子受体同源模建

一种新的基于平均相似性方法的蛋白质天然构象预测模型质量评测方法被引量：1: 2010年; 建立一种简便有效的蛋白质预测模型质量评估方法。通过近几年实验室的研究结果,建立一种新的蛋白质天然构象预测模型质量的预测方法——平均相似性方法,选取3种不同种类总共104个数据集分析平均相似性与模型质量之间的关系。平均相似性方法要明显好于聚类分析方法,但改善的程度不很高。建议在平均相似性方法与聚类分析方法两个方法中,首选平均相似性方法。; 李娟方慧生

蛋白质相互作用界面设计的研究进展: 2013年; 蛋白质-蛋白质相互作用在细胞生命活动中起着十分关键的作用,包括信号转导,细胞骨架的重新构建以及转录控制。重新设计蛋白质-蛋白质相互作用可以指导新药开发,疾病治疗,可以为探讨重大疾病的机制提供重要的理论基础。由于蛋白质之间通过复杂多样的界面发生作用,不同的蛋白质相互作用的界面氨基酸残基组成以及残基之间的相互作用倾向性都有所不同,因此对蛋白质-蛋白质相互作用界面进行研究设计就显得尤为重要。近年来关于蛋白质相互作用界面的设计已有不少成功的例子。该文对蛋白质界面设计的研究进展进行了综述,主要包括蛋白质相互作用界面的性质,结构特点以及它的研究方法等。; 沈素萍刘言李娟方慧生; 关键词：蛋白质-蛋白质相互作用设计方法

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李娟