吕嘉伟
- 作品数：2 被引量：6H指数：1
- 供职机构：北京工业大学计算机学院更多>>
- 发文基金：河南省科技计划项目河南省教育厅科学技术研究重点项目河南省科技攻关计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 多粒度PPI网络描述模型及其蚁群优化的功能模块检测方法被引量：1
- 2014年
- 针对蚁群算法在大规模蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络中进行功能模块检测所暴露的时间性能方面的不足,提出了一种基于多粒度描述和蚁群优化的快速求解算法。首先,从粒度计算的角度,给出了一种新的多粒度PPI网络描述模型;然后,基于该模型,设计了融合功能和结构信息的粒度划分,粗粒度的蚁群寻优,解的还原与优化3个阶段的求解过程。在大规模PPI网络上的实验表明:算法在保证检测质量的同时,能显著降低利用蚁群算法进行功能模块检测的求解时间,而且与近年来的一些经典算法相比在检测精度上也具有一定的优势。
- 冀俊忠吕嘉伟
- 关键词：蛋白质相互作用网络蚁群优化
- 融合时序保持特征和蚁群聚类的动态PPI网络复合物识别被引量：6
- 2017年
- 由于蛋白质的相互作用是动态变化的,因此使用常规检测方法从静态PPI网络数据中识别蛋白质复合物具有一定的局限性.本文结合时序基因表达数据,提出了一个基于时序功能保持特征和蚁群聚类的复合物检测算法.算法首先根据相邻时刻的子网结构,选出在相邻时刻都具有表达活性的种子节点集合.然后结合复合物的保持特征,构建一组与前一时刻复合物集合具有功能相似性的初始蛋白质簇集合,并利用蚁群聚类的拾起、放下规则,完成对其他蛋白质的聚类,从而形成最终的复合物.实验结果表明使用时序功能保持特征可以提高复合物预测的准确性,与其他方法相比,新算法在精度方面也具有较好的性能.
- 赵学武程新党吕嘉伟刘向娇
- 关键词：蛋白质复合物蚁群聚类
