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2-甲基异茨醇降解菌阴沟肠杆菌Z5的分离鉴定及BAC文库的构建被引量：3: 2010年; 从采集到的污水样品中分离得到1株高效降解2-甲基异茨醇(2-methylisoborneol,2-MIB)的菌株Z5,通过16S rDNA序列分析,鉴定为阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae)。该菌在以2-MIB为唯一碳源的培养基中能正常生长代谢。经气相色谱-质谱分析,发现该菌对2-MIB的降解率高达89.7%。同时,测定了Z5在不同质量浓度2-MIB中的生长情况,结果表明:当2-MIB质量浓度为16μg/L时,其生长状况与在LB中最为接近。为了克隆降解2-MIB关键酶的编码基因并进一步研究其降解途径,本研究构建了E.cloacaeZ5的全基因组BAC文库,该文库覆盖了大约8倍的基因组,共计810个转化子,外源片段平均大小为40 kb。; 么敬静赵有文邹霞崔翠何进喻子牛; 关键词：阴沟肠杆菌 BAC文库气相色谱-质谱联用

黄单胞菌中c-di-GMP二鸟苷酸环化酶和磷酸二酯酶的生物信息学分析: 2014年; 黄单胞菌是一类重要的作物病原菌,其信号转导机制及其与寄主植物的相互作用一直是微生物学、植物病理学及植物学工作者研究的热点问题。c-di-GMP是一种广泛存在于细菌中的第二信使分子,参与细菌的粘附、胞外多糖的合成、生物膜形成、运动性及毒力等许多细菌生理过程的调节。c-di-GMP主要由含有GG(D/E)EF结构域的二鸟苷酸环化酶合成,由含有EAL或HD-GYP结构域的磷酸二酯酶降解,其在胞内的浓度受到二鸟苷酸环化酶与c-di-GMP特异性磷酸二酯酶的协同调节。本文对黄单胞菌属中十五株具有完整基因组序列的菌株中含有这三类结构域的蛋白进行了包括分布规律、进化树、COG及GO分析在内的生物信息学分析,揭示了GG(D/E)EF、EAL与HD-GYP结构域蛋白在黄单胞菌属中的进化差异及其与侵染对象的关联性;研究结果也表明这些结构域蛋白主要为信号转导蛋白,参与基因转录和细胞运动。这些结果为构建c-di-GMP介导的调控网络和寻找新的控制黄单胞菌的药物靶标奠定了良好的基础。; 邹霞黄良博何进; 关键词：黄单胞菌 C-DI-GMP 磷酸二酯酶

黄单胞菌双组分信号转导系统的生物信息学分析: 2012年; 双组分信号转导系统是原核生物感知与响应刺激的重要代谢调节机制,广泛参与细菌的各种生理生化反应。本文采用生物信息学手段,利用多序列对比、系统进化树分析、跨膜区分析、二级结构预测等,对已完成全基因组测序的8株黄单胞菌中的双组分进行系统分类、结构分析和功能预测,初步构建了部分双组分信号转导系统的调控网络关系图,揭示了黄单胞菌致病性与双组份之间的联系,并初步阐明了黄单胞菌种间的进化关系,同时也为寻找新的药物靶标奠定了基础。; 胡芬邹霞梅寒唐清何进; 关键词：黄单胞菌双组分系统调控网络生物信息学

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邹霞