张永芬
- 作品数：4 被引量：2H指数：1
- 供职机构：内蒙古大学物理科学与技术学院更多>>
- 发文基金：内蒙古自治区自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 鸟类基因组进化树的构建与分析被引量：1
- 2017年
- 本文选取了47种鸟类的基因组作为研究对象,根据靶定下一代DNA测序技术(targeted next-generation DNA sequencing)得到的394个保守片段的DNA序列数据,统计了从9联体到14联体的频数及其频率,基于k联体(k-mer)非联配算法得到了任意两种鸟类之间k联体的距离矩阵,并运用邻接(Neighbor-Joining)法构建了47种鸟类的进化树,发现当k = 12时达到稳定。最后,通过将该树与Prum和Jarvis构建的进化树进行了比较,分析了鸟类的进化和分类. 结果发现三个进化树基本一致, 只有部分姐妹分支有差别, 说明12联体的相对频数是能够较好描述基因组进化的动力学变量。
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- 关键词：鸟类DNA序列进化树
- 鸟类基因组核苷酸频数的进化模型被引量：1
- 2019年
- 鸟类是四足类动物中最丰富的一类脊椎动物,本研究以12种鸟类的全基因组核苷酸序列数据为研究对象,建立核苷酸频数进化方程,研究了鸟类基因组核苷酸频数的进化机制和规律。通过拟合基因组数据确定了方程中的进化惯性参数、耗散参数和环境参数,估算出进化速率,得到了基因组长度随时间的演化曲线,解出了基因组在短时间内快速增加,信息快速积累,然后进入进化停滞阶段,核苷酸频数不再明显变化。本研究的方法为定量研究鸟类和一般物种的进化提供了新的思路。
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- 关键词：鸟类基因组
- Establishment and Analysis of Avian Genome Evolutionary Tree
- Birds are the most species-rich class of tetrapod vertebrates[1].In all kinds of ecological environment,about ...
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- 基因功能区域的DNA甲基化分析
- 2016年
- 基于人类9种细胞系和15种组织的单碱基精度的甲基化数据,计算了基因范围六个功能区域(转录起始区域、第一外显子、中间外显子、最后外显子、内含子和转录终止区域)的甲基化水平,分析了各功能区域甲基化的分布.采用离散增量和欧式距离两类参数分别计算了细胞系和组织间的基因的甲基化差异,并对具有较高差异水平的前20个基因在六类细胞系的表达进行了分析.
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- 关键词：DNA甲基化基因
