胡世贤
- 作品数：3 被引量：0H指数：0
- 供职机构：东华大学生物科学与技术研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- B6-Chr1^(LY)和B6-Chr1^(SJ)小鼠1号染色体遗传变异信息的解析
- 2017年
- [目的]鉴定B6-Chr1LY和B6-Chr1SJ小鼠品系1号染色体上的遗传变异。[方法]采用Illumina测序平台获得B6-Chr1LY和B6-Chr1SJ品系的全基因组序列并比对到参考基因组。利用Samtools/Bcftools以及speedseq软件鉴定单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)、插入缺失(indel)和结构变异,并对其进行功能注释。[结果]两个品系共鉴定380万个SNPs、55万个indels、10 123个大片段缺失、152个重复和87个倒位。二者共享1 642 629 SNPs和190 248个indels;近16.1%SNPs和20.7%indels未在小鼠基因组计划和db SNP142数据集中报道。大片段缺失长度在51~70 kb之间,<2 kb的占总数的76%。功能注释发现上百个蛋白编码基因含有非同义突变、移码突变、编码序列缺失等功能性变异。[结论]B6-Chr1LY和B6-Chr1SJ小鼠1号染色体上含有丰富的遗传变异信息,可为后续利用这两个品系的遗传学研究奠定基础。
- 徐福意胡世贤李凯周宇荀肖君华
- 关键词：染色体替换功能注释
- 利用表达谱芯片数据筛选不同表达丰度的内参基因
- 2017年
- 目的基于表达谱芯片的检测结果,筛选多个内参基因,用于小家鼠肝脏组织中具有不同表达丰度基因的定量检测。方法应用表达谱芯片技术,完成小鼠肝脏组织的表达谱检测;依据基因表达丰度将基因分为3组,并进一步通过变异系数(coefficient of variation,CV)组内筛选候选内参基因;采用实时荧光定量PCR技术(realtime quantitative polymerase chain reaction,q PCR)和ge Norm软件确定内参基因。结果表达谱芯片成功采集超过60000个小鼠肝脏组织中转录本的表达量数据,并将之分为低、中、高3个组合。最终筛选了低表达Casp2和Lrrc14、中表达Nrd1和Trpc4ap、高表达Atp5a1和Clu,共6个内参基因。结论基于表达谱芯片数据筛选的6个内参基因,可适用于q PCR技术准确定量小家鼠肝组织转录组中不同表达丰度基因的表达量。
- 胡世贤陆佳涛徐福意晁天柱周梁良李凯周宇荀肖君华
- 关键词：内参基因表达谱芯片实时荧光定量PCR
- 中国野生小鼠来源1号染色体替换系缺失突变的发掘及功能注释
- 2017年
- 目的基于野生小家鼠来源1号染色体替换系群体(population of specific chromosome 1 substitution strains,PCSSs)中18个品系的全基因组重测序结果,鉴定1号染色体上的缺失突变并对其进行功能注释。方法采用Illumina二代测序平台获取18个品系的全基因组序列信息,通过Speed Seq软件鉴定缺失突变,进一步利用Snp Eff软件完成功能注释。结果在18个品系的1号染色体上共检测到13 803个缺失突变。缺失长度从51 bp到70 kb不等,其中长度<500 bp的缺失突变约占总数的50%。多数缺失突变位于内含子区(50.361%)和基因间隔区(28.745%)。发现31个蛋白编码基因含有功能性缺失,其中有3个基因和人类疾病相关,7个基因参与了11条KEGG通路。结论 PCSSs的1号染色体上含有丰富的缺失突变,是在研究复杂性状的重要遗传标记。
- 徐福意晁天柱胡世贤李凯周宇荀周梁良肖君华
- 关键词：功能注释
