宋驰
- 作品数：2 被引量：2H指数：1
- 供职机构：中国科学院武汉植物园更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学院“百人计划”武汉市青年科技晨光计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 番茄和桃基因组的微同线性研究被引量：2
- 2010年
- 番茄和桃是茄科和蔷薇科的重要模式植物。近年来,随着它们基因组测序工作的展开,相关基因组序列快速累积,为番茄和桃遗传图谱和物理图谱的比较分析及深入了解其进化关系提供了可能。文章对番茄和桃的基因组进行了比较,通过番茄遗传图谱与桃物理图谱、番茄物理图谱与桃遗传图谱以及番茄物理图谱与桃物理图谱等3个层面的数据比对分析,结果揭示在这两个基因组间存在着大量的微同线性片段。这些同线性片段中所包含的保守同源基因对的数目较少(总计297个同线性片段中仅有36个片段包含有两个以上的同源基因对)。这些同线性片段都是小范围的,并且有部分微同线性片段在不同的染色体或者BACcontig之间构成了一个相互关联的网络结构。通过与番茄的EST文库比对,发现了9个与果实发育和成熟相关的微同线性基因。这些微同线性基因的发现对于进一步研究这两个亲缘关系比较远的物种在果实发育与成熟方面的共性提供了线索。
- 宋驰王瑛
- 关键词：番茄
- 检测番茄BAC序列中paralogs的blastn参数研究
- 2009年
- 并系同源(paralog)和直系同源(ortholog)是物种进化过程中产生的两种基本的同源序列类型。目前判断ortholog的方法已经基本确立,而paralog的判断却还没有统一的标准。番茄全基因组测序正在进行中,利用Gen-Bank中已有的番茄BAC序列进行一系列不同参数下的比对(blastn),根据比对结果确定了paralog预测的最佳参数,分别是E值为10-40,匹配序列长度为200bp,序列一致率为80%。这些参数值的确定为以后在番茄BAC序列中进行paralog预测提供了适用的参数。
- 葛静宋驰卢辰王瑛
- 关键词：基因复制番茄
