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排序方式：

腊肠树叶绿体基因组序列特征及其系统发育分析被引量：2: 2022年; 目的获取腊肠树(Cassia fistula L.)叶绿体基因组信息特征,对其在决明属(Cassia Linn.)中的系统发育位置进行研究,为腊肠树有效的开发、保护和利用提供理论依据。方法使用Illumina测序技术对腊肠树进行测序,并结合生物信息学方法对其进行叶绿体基因组组装、注释和系统发育分析。结果腊肠树叶绿体基因组长度为161,724 bp,具有典型的四分体结构,总GC含量为36.1%,包含128个基因,其中83个蛋白质编码基因,37个tRNA基因和8个rRNA基因。系统发育分析表明,7个决明属物种被聚为3支,美丽决明S.spectabilis、望江南S.occidentalis、铁刀木S.siamea和决明S.tora聚为一支,腊肠树C.fistula与布鲁斯特决明C.brewsteri聚为一支,山扁豆Chamaecrista mimosoides单独聚为一支,且腊肠树与布鲁斯特决明C.brewsteri的亲缘关系最近。结论从叶绿体基因组系统发育的角度来看,本研究支持2010版的Flora of China的决明亚族植物种类的划分结论,决明属物种中的美丽决明S.spectabilis、望江南S.occidentalis、铁刀木S.siamea和决明S.tora应归为番泻决明属(Senna),腊肠树C.fistula应归为决明属(Cassia),山扁豆Ch.mimosoide应归为山扁豆属(Chamaecrista)。; 向如双段宝忠孙伟宋驰王艳Atia tul Wahab孟祥霄; 关键词：叶绿体基因组决明属系统发育分子鉴定传统药物

基于核基因分子多态性的葡萄属物种鉴定被引量：1: 2018年; 葡萄属(Vitis)植物主要分布于东亚、北美洲以及欧洲至中亚地区。由于葡萄主要采用无性繁殖方式,地区间品种交流较多,同名异物及同物异名现象较为普遍,给葡萄属物种的分类、鉴定造成一定困难。本研究通过序列同源性比对的方法对葡萄属4种植物基因组的保守编码区进行比对,挖掘保守序列93条,经过验证,找到了一条可用于开发多态性分子标记的KOG3174同源序列,并根据该序列设计得到3对引物,可用于4种葡萄的分类、鉴定。; 张天缘王白石宋驰张燕君徐小玉杨雪莹张瑾张颖刘开会彭笑天裴黎; 关键词：葡萄属单核苷酸多态性保守序列

阴道微生物多样性与女性不孕症相关性研究进展被引量：3: 2021年; 随着高通量测序技术的发展和成熟,其在临床诊疗中的作用和应用越来越广泛,其中对阴道微生物群的研究也逐渐展开。女性阴道微生物状况受自身内分泌状态、年龄、种族、生活习惯等多种因素影响,与女性生殖健康密切相关,并直接或间接影响女性妊娠率和妊娠结局。本文对不孕症妇女阴道微生物多样性进行了总结,并对阴道微生物的组成和功能进行探讨,有利于从微生物组学的角度对不孕症做更精确全面的认识,从而对女性不孕症的临床防治工作提供新的思考和方法。; 周鹭宋驰宋驰滕红丽; 关键词：不孕症高通量测序

苦荞BAC文库的构建及BAC末端序列分析: 2016年; 目的:为了深入挖掘苦荞的基因组信息,筛选与苦荞品质相关的功能基因。方法:以苦荞品种"晋荞麦2号"为材料,参考Peterson等方法通过提取高分子量核DNA,经酶切、连接和转化构建苦荞基因组BAC文库;随机挑选48个BAC克隆进行序列末端测序。结果:该文库包括30 000个克隆,插入片段平均大小约为123 kb,空载率小于1%,覆盖苦荞基因组6.9倍。共得到89条BAC末端序列,通过序列比对分析发现,7条(8%)有比对结果。其中,有末端序列与rpoTm2、Trrap、MDR1等已知基因相似,这些基因与DNA锚定,物质跨膜运输和磷酸转移酶活性等功能有关。分析还发现末端序列40G19-F可能是苦荞基因组的重复序列。结论:苦荞BAC文库构建为今后苦荞基因的克隆及全基因组测序奠定了基础。; 徐长江宋驰孙伟沈奇石桃雄陈庆富; 关键词：苦荞麦细菌人工染色体文库

茜草及其混伪品DNA条形码鉴定被引量：11: 2015年; 目的正确鉴别中药材茜草及其混伪品。方法本实验对茜草及其混伪品共13个物种的psbA-trnH、matK和rbcL共317条序列进行分析，建立DNA条形码鉴定体系。采用MEGA5．1进行种内种间变异及K2P（Kimura-2-Parameter）遗传距离分析，并构建NJ系统聚类树，评价psbA-trnH、marK和rbcL序列及其组合对茜草与混伪品的鉴定能力。结果76份基原植物样品的DNA均能成功提取。psbA-trnH、matK和r6cJ已序列扩增成功率分别为100％、96％和99％。psbA-trnH、matK和r6吐单个序列及其两两组合，能将茜草与不同属的混伪品成功区分，但对同属其他物种鉴定效果不理想。psbA-trnH＋matK＋rbcL组合序列鉴定效果最好，种内K2P遗传距离为0～0．0014，种间K2P遗传距离0．0007～0．6303；NJ树显示茜草能与其混伪品茜草属其他8个物种以及紫金牛、丹参、川赤芍、蓬子菜明显区分。市场购买的30份未鉴定的茜草药材中，22份样品能成功扩增3个基因片段，采用NJ树分析，其中11份样品与茜草聚为一支，剩余样品聚为单独3支，为茜草属其他物种。结论psbA—trnH＋marK＋rbcJ已组合序列能作为DNA条形码对茜草及其混伪品进行鉴定。; 陈一龙范刚刘悦宋驰张艺向丽赖先荣; 关键词：茜草 DNA条形码 MATK RBCL

中药材蟾皮及其混伪品的DNA条形码鉴定研究被引量：14: 2015年; 目的利用COI序列对中药材蟾皮及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究,为蟾皮药材的快速准确鉴定提供新的技术手段。方法收集16个不同地区的蟾皮药材、基原动物及其混伪品总计6个种54份样本,提取总DNA,进行PCR扩增及双向测序,测序结果采用Codon Code Aligner V 4.2进行拼接校对,运用MEGA5.0进行比对分析,计算种内及种间Kimura-2-Parameter(K2P)遗传距离并构建系统发育树。结果蟾皮两个基原物种的种内最大K2P遗传距离均远远小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离。NJ树图显示,蟾皮药材的两个基原物种及其混伪品分别聚为独立一支,得到了很好区分,并显示出良好的单系性。结论应用COI序列作为DNA条形码能够准确有效地鉴别中药材蟾皮及其混伪品。; 樊佳佳宋明宋驰向丽刘霞; 关键词：蟾皮 DNA条形码 COI序列

岗梅药材及其近缘物种的ITS2分子鉴定研究被引量：4: 2015年; 目的应用ITS2序列对93份岗梅药材及其近缘物种进行鉴定研究。方法对药材、基原植物样本进行基因组DNA提取,PCR扩增ITS2序列,用MEGA5.0进行序列分析,采用相似性搜索法、最近距离法、构建NJ树对序列鉴定能力进行评估。结果岗梅药材ITS2序列长度为241 bp,平均GC含量为63.4%,种内K2P遗传距离为0-0.030,岗梅药材及其近缘种的种间最小K2P距离为0.043。岗梅药材和基原物种在NJ树单独聚为一支,能有效地与其他物种分开,相似性搜索法结果表明ITS2序列能够准确鉴定岗梅药材及其近缘种。结论 ITS2序列能够准确鉴定岗梅药材及其近缘物种,可为保障岗梅药材临床用药安全提供新的技术手段。; 周红马双姣宋驰陈贝贝韩正洲姚辉; 关键词：岗梅 ITS2 冬青属

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宋驰

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