孟雅
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：西北工业大学计算机学院更多>>
- 发文基金：西北工业大学基础研究基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术更多>>
- 基于不确定PPI网络的功能模块挖掘
- 2011年
- 近年来,挖掘具有生物学意义的功能模块,吸引了很多人的关注。但是,生物信息学中的蛋白质交互(PPI)网络和其他的一些生物数据常常会由于实验检测方法的局限性而呈现出不确定性。以具有不确定性的PPI数据为研究对象,挖掘蛋白质复合物。引入了一些新概念,并给出了一个深度优先算法。使用MIPS数据库评估实验结果表明,该算法在精确度和覆盖率两个方面性能优良。在基因拓扑上分析实验结果证实了所得到的大多数蛋白质复合物具有很高的相似性。最后也对算法的可扩展性进行了验证。总之,可以有效地从不确定PPI网络中挖掘出功能模块。
- 孟雅尚学群缪苗王淼
- 关键词：功能模块相关度
- 基于不确定性PPI网络的最大稠密子图挖掘被引量：1
- 2011年
- 研究表明使用PPI数据进行蛋白质功能预测是很有意义的。然而,从生物学实验得到的PPI数据一般是含有噪声的、不完全的和不精确的,这使得将PPI网络作为不确定图来处理变得更加合理。提出了一种基于深度优先搜索策略和点扩展的挖掘算法,它可以有效地从不确定的PPI网络中挖掘最大稠密子图。该算法使用了几种高效的剪枝技术来提高挖掘的时间效率。在酵母菌PPI数据上的实验结果表明该算法在精度和效率上都有很好的表现。
- 刘加财尚学群孟雅王淼
- 关键词：PPI网络
