为了解输入中国大陆的新型冠状病毒(新冠病毒,SARS-CoV-2)基因组型别和分布特征,本研究收集了采样日期在2021年1月1日至2021年5月31日间239例境外输入中国大陆的SARS-CoV-2核酸检测阳性人员病毒基因组序列,采用Pangolin在线分型平台(https://pangolin.cog-uk.io/)进行SARS-CoV-2基因组分析。结果显示,2021年1月1日至2021年5月31日间,中国大陆23个省份报告了SARS-CoV-2核酸检测阳性人员病毒序列,广东省报送的SARS-CoV-2基因组序列数最多(42.68%),其次为江苏省(12.13%)。有序列报告的病例来自5个大洲的59个国家(或地区),主要以亚洲(55.23%)和非洲(25.10%)为主,居前3位的国家为肯尼亚、菲律宾和阿联酋,均为14例。依据Pango命名法,239例感染者SARS-CoV-2基因组序列可划分为53个基因型,包括4种关切变异株(Variant of Concern,VOC):Alpha(B.1.1.7)、Beta(B.1.351)、Gamma(P.1和P.1.1)和Delta(B.1.617.2),占比分别为31.80%、14.23%、1.26%和9.62%,分别在14、8、2和6个省份监测发现。输入SARS-CoV-2的基因型以Alpha、Beta和Delta变异株为主。广东省监测发现的输入SARS-CoV-2基因型种类最多(36种),且包括4种VOC(Alpha、Beta、Gamma和Delta)和2种曾经定义的关注变异株(Epsilon和Eta)。本研究数据表明,2021年1月1日至2021年5月31日期间输入中国大陆的SARS-CoV-2基因型呈多样性,多个省份监测发现了国际流行变异株VOC,发现时间与占比与同期国际流行趋势相似,多数省份面临着较大的由输入病例引起本土疫情的风险。建议继续加强入境核酸检测阳性人员SARS-CoV-2基因组测序、感染者的隔离管控以及对重要流行变异株的研究,从而为我国新型冠状病毒肺炎疫情的防控和免疫策略的调整提供科学依据。
截至2021年5月11日,基于Pango命名法,依据新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组变异变迁将其划分为1281种亚型或分支。而SARS-CoV-2刺突(spike,S)蛋白的变异直接影响病毒的生物学功能。2020年下半年至今,全球多个国家和地区监测发现SARS-CoV-2的S蛋白发生氨基酸突变,特别是受体结合区或单克隆抗体结合位点氨基酸突变引起病毒的传播力和致病力改变以及部分免疫逃逸等。世界卫生组织将重要变异株划分为"关切变异株(variant of concern,VOC)"和"关注变异株(variant of interest,VOI)"。其中,VOC有4个,分别是VOC202012/01、501Y.V2、P.1和B.1.617;VOI有6个,分别是CAL.20C、P.2、B.1.526、B.1.525、B.1.616和P.3。一些氨基酸突变在多个VOC和VOI病毒株中交叉出现或同时出现,E484K/Q等重要氨基酸突变引起的部分免疫逃逸导致全球现有疫苗免疫效力下降,但现有新冠疫苗对VOC和VOI变异株仍然有效。本文通过对SARS-CoV-2变异株流行概况及S蛋白重要氨基酸突变特征进行归纳分析,为新冠病毒变异株的监测、防控和二代疫苗的研制策略提供科学参考。
