王洋
- 作品数：2 被引量：17H指数：1
- 供职机构：东北农业大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家教育部博士点基金教育部科学技术研究重点项目转基因生物新品种培育专项更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 大豆Glyma08g02580及其同源蛋白的生物信息学分析
- 2014年
- WRKY蛋白是一个植物特有的转录因子,最古老的WRKY转录因子具有2个高度保守的WRKY结构域,大概起源于15亿-20亿年前的真核生物。虽然所有的WRKY蛋白质主要通过特异地结合靶基因启动子区域的W盒序列而调控其表达,但各家族成员的生物学功能存在着各自的特异性。通过生物信息学方法,结合大豆基因组数据库、高等植物基因组注释数据库和NCBI等相关数据库,识别、筛选并获得了大豆WRKY基因家族的蛋白序列,以实验室前期克隆得到大豆基因Glyma08g02580.1为目的基因,分析其在拟南芥、水稻等高等植物中的同源蛋白,并对其进行了系统进化分析;同时利用GEO的芯片数据对大豆在碱胁迫下的根和叶基因表达谱进行了分析,通过相关分析,获得了大豆基因组中全部的WRKY蛋白及对应的分类结果,由表达谱分析结果进一步证明了WRKY基因表达的组织特异性。
- 刘冬冬王洋柏锡
- 关键词：WRKY转录因子生物信息学系统进化分析基因表达谱
- 大豆NAC基因家族生物信息学分析被引量：17
- 2014年
- NAC转录因子是植物特有的具有多种生物功能的一类重要转录因子,广泛参与植物生长发育以及生物与非生物逆境应答等。本文利用生物信息学手段,结合大豆基因组数据库及NCBI数据库,识别、筛选并获得了大豆NAC家族基因的蛋白序列,并对其进化关系、在基因组上的定位分布以及理化特性进行了预测和分析。结果显示具有NAC结构域的152条大豆氨基酸序列认为是假定NAC蛋白质,共分为10个亚家族,连锁群定位结果发现大豆的20条染色体上均有NAC转录因子的分布,其中第12号染色体上分布最多。不同亚族间的大豆假定NAC蛋白质理化特性存在一定的差异,无规则卷曲和α-螺旋是蛋白质二级结构最大量的结构元件,并散布于整个蛋白。本研究结果将为大豆NAC基因家族的进一步功能分析奠定重要的研究基础。
- 王洋柏锡
- 关键词：大豆生物信息学
