王先平
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：中国科学院生物物理研究所更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 脂分子对整合膜蛋白结构与功能的影响
- 2012年
- 生物体内,整合膜蛋白镶嵌在磷脂双分子层中,与膜脂分子形成一个动态的复合物。包裹在整合膜蛋白周围的脂类分子通常称为环形脂分子,而另一类脂分子通过氢键、疏水作用和静电力结合在整合膜蛋白的跨膜螺旋之间或膜蛋白复合物亚基间的界面上,这些分子被称为非环形脂分子。整合膜蛋白表面与非环形脂作用的位点称为非环形位点,是蛋白活性调控的重要位置。非环形位点对于分析细胞如何通过疏水分子实现对整合膜蛋白结构和功能的精确调节作用具有普遍意义。膜脂分子与整合膜蛋白的长期共进化,使二者间的化学相互作用具有一些明显的特征。例如,脂分子头部附近,常常有两个甚至更多的氨基酸残基与其形成氢键,这些氨基酸残基通常采用一个带正电的残基与一个极性残基的组合方式;Trp和Tyr常出现在脂相-水相的界面上,便于与脂分子形成范德华力相互作用,这为整合膜蛋白的结构和功能研究提供了一种思路和方法。
- 衡杰吴岩王先平张凯
- 类芽孢杆菌(Paenibacillus sp.)蛋白质组学研究中三种蛋白提取方法的比较分析
- 2024年
- 【目的】革兰氏阳性类芽孢杆菌(Paenibacillus sp.)本身细胞壁的结构特点导致其菌体全蛋白不易获得。本研究选取了3种破碎方法——溶菌酶联合超声破碎法(方法一)、溶菌酶联合SDS热处理破碎法(方法二)、液氮联合超声破碎法(方法三)进行革兰氏阳性菌的细胞破碎,以期获得适于样品菌株基于质谱技术进行蛋白质组学研究的制备方法。【方法】在蛋白样品的制备过程中,对3种不同破碎方法的蛋白提取得率和SDS-PAGE检测分析结果进行比较;随后将3种蛋白样品制备方法的样品用质谱技术进行鉴定,分析不同蛋白样品基于质谱技术鉴定蛋白的差异。【结果】在蛋白样品的制备提取过程中,不同破碎方法的蛋白提取率大致相同。用单因素方差比较3种提取方法质谱鉴定蛋白数的差异性,方法三鉴定的蛋白数最多(2638个),其次是方法一(2452个),方法二鉴定的蛋白数最少(2003个)。进一步用韦恩图分析比较不同提取方法的蛋白鉴定通量差异,综合考虑蛋白提取效率的结果以及液氮研磨法提取蛋白的缺点,最终选取溶菌酶联合超声破碎法(方法一)提取菌株全蛋白作为该菌基于质谱分析其蛋白质组学研究中最适合的方法。最后,对质谱鉴定菌株蛋白包括分子量、等电点、疏水性的基本性质进行分析,发现3种破碎方法质谱鉴定的蛋白与模式菌株多黏类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa)基因组中预测蛋白的各个组分分布占比基本一致,都保证了菌株蛋白质组数据信息的完整性。【结论】基于质谱技术开展革兰氏阳性类芽孢杆菌(Paenibacillus sp.)的蛋白质组学研究,溶菌酶联合超声破碎法是提取该菌株全蛋白最适合的方法。
- 宋丽丽张雪张更新魏鑫丽王先平
- 关键词：革兰氏阳性菌蛋白质组学
