谢德金
- 作品数：22 被引量：100H指数：6
- 供职机构：福建农林大学林学院更多>>
- 发文基金：福建省科技创新平台建设项目福建省科技重大专项国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生生物学更多>>
- 基于巴戟天RNA-seq的bHLH转录因子的鉴定与分析
- 2024年
- 为探究巴戟天中参与生长发育及次生代谢产物合成的bHLH转录因子,本研究基于巴戟天的转录组数据,对巴戟天的bHLH转录因子进行筛选鉴定、亚细胞定位、保守结构域、GO功能注释、系统进化树及组织特异性表达差异分析。结果显示,鉴定出的90个巴戟天bHLH转录因子的保守结构域大约有60个氨基酸组成,包含2个不同的功能结构区,其中83个bHLH转录因子具有识别并结合E-box的能力。63个bHLH转录因子定位于细胞核中,27个位于细胞外基质。GO功能注释分类结果显示与生物过程、分子功能和细胞成分有关的GO terms数量分别为39、109和61个。系统进化树分析结果可知,除S2、S4、S12、S14、S17和S20亚家族外,90个巴戟天bHLH转录因子在其他亚家族均有分布。RT-qPCR结果验证了部分MobHLH转录因子在巴戟天不同组织中的表达模式。鉴定的90个巴戟天bHLH转录因子为后续进一步研究巴戟天bHLH转录因子家族提供了一定的理论基础。
- 任可谢德金万佳艺张盟荣俊冬陈礼光郑郁善
- 关键词：巴戟天生物信息学
- 不同处理对太子参产量及活性成分的影响被引量：3
- 2017年
- 通过对不同采收期、不同加工方式及连作方式对太子参产量及活性成分的影响研究表明:产量与多糖含量随着采收期的推迟而下降,采收中期的水分含量最小灰分含量最高;不同加工方式的灰分、多糖、皂苷含量差异显著,阴干的多糖含量最高,其次为烫参,阴干的皂苷含量最高,烫参最低,若考虑活性成分高低则建议采用阴干的加工方式,若考虑实际生产和经济效益则建议采用晒干的加工方式;太子参连作会对太子参的成分有影响,在对比中多糖含量呈显著差异,TR组为CK的1.20倍。
- 吴玉香王汉琪沈少炎谢德金陈剑成陈凌艳何天友郑郁善
- 关键词：太子参采收时间连作活性成分
- 光质对草珊瑚幼苗生长及其生理生化基础的影响被引量：11
- 2020年
- 研究3种不同光质[白光(WL)、红光(RL)和蓝光(BL)]对草珊瑚幼苗的生长状态和相关生理生化指标的影响。选取不同光质处理下的草珊瑚幼苗,测定生长状态(株高、地径、总鲜重、总干重、根系形态指标、根冠比)和相关生理生化指标[叶绿素含量、可溶性蛋白含量、可溶性糖含量、还原糖含量、淀粉含量、丙二醛(MDA)含量、过氧化物酶(POD)活性、超氧化物歧化酶(SOD)活性、净光合速率(Pn)、最大光能利用率(LUEmax)、最大水分利用率(WUEmax)和最大光合效率(Fv/Fm)],并结合方差统计方法进行分析比较。在不同光质处理下,大部分试验指标均有显著差异,与白光和蓝光处理相比,红光除了能促进幼苗株高及WUEmax增加外,其他相关指标都显著减少;与白光相比,蓝光的根系各形态指标、根冠比、可溶性蛋白含量、MDA含量、POD活性、SOD活性、WUEmax等相关指标显著增加,其他指标都相应减小。红光处理能够促进草珊瑚幼苗的株高和WUEmax增加,但导致其他指标显著降低。蓝光处理不仅显著增加幼苗根系的各形态指标,而且提高了其最大水分利用率,结果可为利用LED光质调控技术提高草珊瑚幼苗的培育技术提供一定的理论基础。
- 谢德金李静文叶友杰殷彪任可陈凌艳荣俊冬郑郁善
- 关键词：草珊瑚光质生理生化指标
- 草珊瑚叶片全长cDNA文库构建及EST序列分析被引量：2
- 2016年
- 目的构建草珊瑚Sarcandra glabra叶片全长c DNA文库,进一步发掘与草珊瑚代谢及抗逆相关的基因,为草珊瑚功能基因的发现提供实验基础。方法以草珊瑚的嫩叶为实验材料,利用SMART法(即Clontech公司SMARTer试剂盒)构建草珊瑚全长c DNA文库。利用ABI3730 DNA序列分析测序获得大量的EST序列,利用生物信息分析方法对EST序列进行功能注释。结果构建了草珊瑚叶片的全长c DNA文库,经过鉴定草珊瑚c DNA文库的文库滴度为1.14×107 cfu/m L,平均插入片段为1 000 bp。利用该文库测序了221个单克隆,共获得EST序列177条,拼接出151个单一序列;利用NCBI数据库进行同源比对分析,共有119条(79%)与已知基因有显著的同源性,进行GO功能注释,显示其表达术语涉及了细胞生长,信号转导,蛋白质合成、转录,抗逆反应以及能量代谢等。结论构建了符合要求的草珊瑚叶片全长c DNA文库,并对相关EST序列进行了生物信息学分析,为草珊瑚基因组学研究提供一定的参考。
- 谢德金沈少炎姚旺荣俊冬何天友陈礼光郑郁善
- 关键词：草珊瑚全长CDNA基因注释
- 巴戟天MoDXR基因及其启动子的克隆与分析被引量：4
- 2020年
- 从巴戟天中克隆MEP途径中的1-脱氧-D-木酮糖5-磷酸还原异构酶基因MoDXR及其启动子序列,并进行生物信息学分析、启动子区顺式作用元件分析,以及进行原核表达分析。根据巴戟天转录组中DXR基因原始序列和NCBI-ORFfinder分析,设计特异性引物,并进行RT-PCR扩增和生物信息学分析;采用染色体步移克隆MoDXR基因的5′端启动子序列;通过亚细胞定位分析MoDXR基因在细胞中的位置;构建原核表达载体pET-28a-MoDXR,导入BL21(DE3)表达感受态细胞后,在IPTG诱导下表达。从巴戟天中克隆的MoDXR基因,其cDNA全长2015 bp,预测的阅读框大小为1425 bp,编码474个氨基酸,分子质量为51.27 kDa;BlastP序列比对分析表明MoDXR基因与其他植物的DXR基因具有高度同源性,如:咖啡树DXR(CaDXR)、萝芙木DXR(RvDXR);系统进化发育树分析显示,巴戟天MoDXR蛋白与小粒咖啡和栀子的DXR蛋白聚为一类,其亲缘关系最近;由亚细胞定位可知MoDXR基因所编码的蛋白定位于叶绿体上;MoDXR基因5'端启动子序列长度为1493 bp,包含了与光响应、胁迫响应和激素响应有关的多种调控元件;SDS-PAGE结果表明pET-28a-MoDXR重组蛋白的大小与预期相符,但是以不容性的包涵体的形式表达。成功克隆了MoDXR基因及其启动子序列并对其进行了生物信息学分析和启动子区顺式作用元件分析;后期需要优化MoDXR原核表达体系,为进一步纯化MoDXR蛋白,研究其结构和功能奠定基础。
- 谢德金叶友杰杨德明张娅欣何天友陈礼光郑郁善
- 关键词：巴戟天启动子生物信息学分析
- 基于GC-MS的福建柏萜类挥发物及其器官差异分析被引量：2
- 2021年
- 为探究福建柏萜类挥发物成分组成及其在不同器官间的差异,采用气相色谱—质谱联用(GC-MS)技术,对福建柏鳞叶、树皮、根进行分析鉴定,结果表明:共检测出45种萜类挥发物,分成五大类,包括10种单萜烯、10种单萜类衍生物、17种倍半萜、6种倍半萜类衍生物、2种二萜类衍生物;其中α-蒎烯、γ-杜松烯、δ-杜松烯、长叶烯、顺式菖蒲烯和柠檬烯是福建柏萜类挥发物中的主要物质,在福建柏树皮中萜类挥发物的总量多、种类丰富.器官间差异萜类挥发物的分析结果显示,柠檬烯、β-蒎烯、长叶烯、α-蒎烯和双环水芹烯这5种物质在福建柏不同器官间的差异较大且含量较高,对进一步分析福建柏萜类物质的合成与转运机制具有重要意义.
- 周成城黄霞谢德金杨德明荣俊冬何天友郑郁善
- 关键词：福建柏
- 基于巴戟天转录组数据的R2R3-MYB转录因子的鉴定和分析被引量：8
- 2020年
- 为了挖掘参与巴戟天生长发育及次生代谢产物合成的MYB转录因子,本研究基于巴戟天根茎叶的转录组数据,筛选并鉴定巴戟天的R2R3-MYB转录因子,为以后通过遗传改良的手段调控巴戟天的代谢机制提供理论基础。根据巴戟天根茎叶的转录组数据,利用PFAM和plantTFDB等5个数据库,对预测的巴戟天R2R3-MYB转录因子进行鉴定, GO功能注释和分类、保守结构域分析、进化树比对分析和组织特异性表达差异分析。基于巴戟天的转录组数据共鉴定109个MYB转录因子,其中R2R3-MYB的数量为51个。亚细胞定位结果显示多数序列定位于细胞核,少部分位于细胞外基质。与分子功能、生物过程和细胞组分相关的GO terms的数量分别为112、76和239个。51个巴戟天R2R3-MYB转录因子中的R2-MYB和R3-MYB的保守基序分别为:-W-(X19)-W-(X19)-W-,-F-(X18)-W-(X18)-W-。通过与拟南芥R2R3-MYB转录因子的序列比对分析可知,除了S10、S19和S21亚家族没有分布,其他亚家族中都存在同源序列。RT-qPCR的结果验证了部分R2R3-MYB基因在3个组织差异性表达。获得的51个R2R3-MYB转录因子为进一步研究巴戟天MYB转录因子家族提供了一定的理论基础。
- 谢德金叶友杰杨德明杨柯周成城陈凌艳荣俊冬郑郁善
- 关键词：巴戟天MYB转录组功能注释
- 林业有害生物的防治被引量：7
- 2015年
- 通过对国内林业有害生物灾害现状和林业实践上诊断林木病虫害的基本方法进行论述,提出防治林业有害生物的基本措施,并具体阐述林业上常见病虫害的防治,以期对未来森林资源的保护途径和开发利用进行探讨。
- 张龙辉陈佳谢德金何天友荣俊冬郑郁善
- 关键词：林业有害生物病虫害森林资源
- 巴戟天MoDXS基因及其启动子的克隆与分析被引量：1
- 2021年
- 从药用植物巴戟天根部组织中克隆了3个1–脱氧–D–木酮糖5–磷酸合成酶基因MoDXS1、MoDXS2-1和MoDXS2-2,其全长cDNA分别为2676、2667和2610 bp,编码区序列长度为2154、2121和2190 bp,编码717、706和729个氨基酸。BlastP序列比对分析表明MoDXS蛋白与其他植物的DXS蛋白高度同源;系统进化发育树分析显示,MoDXS蛋白与中粒咖啡和小粒咖啡DXS蛋白亲缘关系最近。MoDXS1、MoDXS2-1和MoDXS2-2蛋白被分别归为clade 1、clade 3和clade 2。MoDXS1在巴戟天根中表达量最高;MoDXS2-1在巴戟天根、茎、叶中的相对表达量差异显著,叶中最高;MoDXS2-2在根中表达量最高,而在茎和叶中最低。MoDXS1、MoDXS2-1和MoDXS2-2基因的5′端上游启动子序列长度分别为2538、732和1744 bp。亚细胞定位预测3个MoDXS均在叶绿体上。
- 谢德金周成城杨柯任可杨德明陈凌艳荣俊冬郑郁善
- 关键词：巴戟天启动子序列亚细胞定位
- 凹叶厚朴用于细胞悬浮培养的愈伤组织的制备研究被引量：3
- 2017年
- 目的研究凹叶厚朴适用于细胞悬浮培养的愈伤组织。方法通过对基本培养基(B5、MS和1/2MS)、外植体(茎段、顶芽和叶片)、激素浓度及组合进行筛选的方法进行厚朴愈伤组织诱导和继代研究。结果 B5为最适合厚朴愈伤组织诱导的基本培养基;顶芽是最佳诱导愈伤组织的材料;最适合厚朴愈伤组织诱导的培养基为B_5+2.0 mg/L 2,4-D+1.0 mg/L 6-BA;最佳继代培养基为B_5+2.0 mg/L NAA+1.0 mg/L 6-BA,愈伤组织生长倍数达到2.87倍。结论初步筛选出凹叶厚朴用于细胞悬浮培养的愈伤组织,为凹叶厚朴细胞培养奠定基础。
- 谢燕燕卫梅谢德金陈剑成杨德明荣俊冬陈礼光郑郁善
- 关键词：凹叶厚朴愈伤组织
